柳生善太郎帶領警視局參與了八一八政變，趕走了長州藩，隨后在第二年發現長州奸細以及長州藩醞釀的火燒京都，搶奪孝明帝的計劃。

善太郎直接突襲池田屋，抓捕逆賊，長州藩被朝堂宣布為朝敵。

幕府準備討伐長州藩，長州藩自知不敵，選擇了投降。

第二年，高杉晉作等人奪取長州藩政權，暗中與薩摩藩聯手倒幕，將軍德川家茂親自擔任總大將討伐。

善太郎請命，讓一橋慶喜要來了御錦旗，作為幕府軍先鋒攻打長州藩，只是幕府軍其他部隊不是長州藩新軍對手，戰事陷入焦灼。

警視局雖然壓制了長州藩新軍，因為彈藥不足難以為繼，但是將軍德川家茂病死，一橋慶喜繼位后，反而宣布撤軍。

隨后長州薩摩倒幕。

孝明帝病死，明治帝繼位，朝堂變向。

隨后鳥羽伏見之戰爆發，警視局千人參戰，擊敗薩摩軍，但幕府軍被長州藩擊敗，德川慶喜逃亡江戶，之后投降。

善太郎帶著警視局因為彈藥不足，只能后撤，最終退到北海島建立北海共和國，與明治政府抵抗。

最終在西方列強調解下，雙方罷戰，善太郎開始治理北海共和國。（完）