隋唐王朝的行政中樞機(jī)構(gòu)采取三省六部制。以后中書、門下兩省權(quán)勢(shì)漸衰，金朝廢二省，止用尚書省領(lǐng)六部。由于大蒙古國(guó)時(shí)期借用“尚書省”作為大札魯忽赤衙署的漢語(yǔ)譯名，忽必烈改用“中書省”作為行政中樞的名稱，以之領(lǐng)吏、戶、禮、兵、刑、工六部。元初用重臣帶中書省職銜到地方協(xié)調(diào)處理特殊事務(wù)，稱為某處行中書省事，事畢撤罷。到忽必烈后期，派駐各地的行中書省（簡(jiǎn)稱行省）逐漸成為常設(shè)的最高地方行政機(jī)構(gòu)。依元代定制，除中書省直轄地區(qū)（含今山東、河北、山西、遼寧、內(nèi)蒙等省區(qū)的大部或一部），全國(guó)劃分為嶺北、遼陽(yáng)、河南江北、陜西、四川、甘肅、云南、江浙、江西、湖廣等十余個(gè)行省，并設(shè)宣政院兼理吐蕃（今西藏及云、貴、川、青藏地區(qū)）軍政。天山南北的諸多綠洲城池，元代中后葉大都在察合臺(tái)系后王的控制下。原駐畏兀兒地區(qū)的高昌王亦都護(hù)家族退居永昌（在今甘肅）。元廷在位于元西北邊境的哈迷里（今新疆哈密）安置了忠于元朝的一支察合臺(tái)后裔，封為豳王。
中統(tǒng)三年（1262），山東益都世侯李璮趁忽必烈正與北邊的阿里不哥開戰(zhàn)，降宋反元。李璮經(jīng)營(yíng)益都近30年，勢(shì)力及于益都以東和東南的差不多整個(gè)山東半島，南至與宋交界的淮水北岸。他長(zhǎng)期利用自己的勢(shì)力范圍地處蒙宋對(duì)峙的戰(zhàn)略要沖的便利，“恫疑虛喝，挾敵國(guó)以要朝廷”，益兵自雄。這一次他倉(cāng)促發(fā)難，聲稱降宋而不曾事先與宋取得確實(shí)的聯(lián)絡(luò)，自以為華北各地會(huì)群起響應(yīng)，但大多數(shù)世侯卻加入了朝廷組織的討璮大軍；在戰(zhàn)略上他猶疑保守，坐失主動(dòng)出擊、擴(kuò)大戰(zhàn)果的時(shí)機(jī)。占領(lǐng)濟(jì)南后，李璮屯兵不進(jìn)達(dá)幾十日，坐等元廷調(diào)度各路軍隊(duì)，包圍濟(jì)南。從這些情況看，李璮本人似乎先已陶醉在本為迷惑元廷而布設(shè)的虛張聲勢(shì)的煙霧中。他的失敗自然不過是時(shí)間問題。
元軍從中統(tǒng)三年夏歷四月初起樹柵鑿塹，圍困濟(jì)南。五月中旬，將之完全困死。至六月中旬，城中以屋檐茅草喂馬，人相食。又歷一月，城破。李璮自沉于大明湖，因水淺不死，生擒后被處死于軍前。
李璮稱亂后，漢地世侯們雖然多站在朝廷一邊，但李璮敢于盼望他們起而響應(yīng)，說明他們之間一定有過某種隱秘不法的交往。忽必烈抓住這些在地方上盡專兵民之權(quán)的世侯們?nèi)巳俗晕５臅r(shí)機(jī)，以“懲青徐之亂”為由，采取了一系列“潛銷諸侯之橫”的措施。元廷在地方上推行兵、民分治的制度，許多世侯被削去軍權(quán)，保留文職；接著又罷各地管民官世襲，立遷轉(zhuǎn)法，收世侯符節(jié)，易地為官；對(duì)一家有數(shù)人居于要職者，規(guī)定兵民權(quán)不可聚于一門，諸侯總兵者，其子弟勿復(fù)任兵事。制下，河北大軍閥史天澤子侄同日解兵符者凡17人。此后又制定官員俸祿，頒職分田；確定官吏員數(shù)、官職品從；省并州縣，減縮地方建制二百余處。李璮之亂反而成為元廷推行地方行政制度改革的一個(gè)重要的促進(jìn)因素。
忽必烈朝在行政體制的臨民部分大規(guī)模采納漢法，并不意味這個(gè)北族政權(quán)會(huì)按照中原王朝的范式全方位地實(shí)行“漢化”。公元10世紀(jì)的遼政權(quán)及其以后的北族王朝（金、元和清），與它們之前的北族王朝（如“五胡十六國(guó)”時(shí)期的絕大多數(shù)非漢族政權(quán)，北魏及其繼承王朝，后唐、后晉、后漢等沙陀政權(quán)）相比，有一個(gè)重要特點(diǎn)，就是它們?cè)诮y(tǒng)治了人口密度遠(yuǎn)遠(yuǎn)超過其原居地的漢族社會(huì)之后，仍然保留著“龍興之地”作為種族和文化認(rèn)同的重要資源。因此它們的制度體系必然會(huì)包含這樣一些制度成分，其主要功能乃是反映與保障該支配種族及其文化認(rèn)同、維護(hù)支配種族的至上地位。
在建立漢語(yǔ)國(guó)號(hào)“大元”以后，元政權(quán)并沒有放棄它原先的“大蒙古國(guó)”的蒙語(yǔ)國(guó)號(hào)。元代后期的蒙、漢文合璧碑銘中，漢文“大元”國(guó)號(hào)，蒙語(yǔ)譯作“稱為大元的大蒙古國(guó)”，或者“大元大蒙古國(guó)”，或者譯作“大蒙古國(guó)”。與漢、蒙語(yǔ)國(guó)號(hào)并行使用一樣，元代紀(jì)年方式也是漢、蒙兩種形式并用。元?dú)v代帝的尊號(hào)，亦有漢、蒙兩種名號(hào)。如忽必烈的漢式尊號(hào)為“憲天述道仁文義武大光孝皇帝”，蒙語(yǔ)尊號(hào)作“薛禪合罕”，意即賢明的大汗；兩種名號(hào)之間不存在不同語(yǔ)辭之間的對(duì)譯關(guān)系，而是各自出于兩個(gè)本不相同的符號(hào)體系。元帝的即位儀式，也需要依漢法和蒙古法的方式分別履行。可見即使是在元時(shí)期，元王朝的皇帝其實(shí)同時(shí)擔(dān)當(dāng)著兩種角色：對(duì)漢族臣民，他是皇帝；而對(duì)蒙古民眾，他仍然是一個(gè)大汗。
所以，處在從大蒙古國(guó)到元王朝的轉(zhuǎn)型時(shí)期，忽必烈為他的后代所奠定的統(tǒng)治體系，是一個(gè)在蒙古人、漢人、回回人（蒙古統(tǒng)治者主要用回回人理財(cái)）之間保持著適當(dāng)張力和微妙平衡的制度及政策體系。他的漢族謀士們反復(fù)向他宣傳的“用漢法治中國(guó)，則為中國(guó)之主”，不過是他們一廂情愿的臆想而已。
在中原漢地綱紀(jì)粗張、制度稍具以后，攻宋便被提上元廷的議事日程。元朝攻取宋重鎮(zhèn)襄陽(yáng)的軍事行動(dòng)從至元五年（1268）開始，至元十年，襄陽(yáng)破。翌年元軍揭開大舉滅宋的戰(zhàn)幕。至元十三年，宋都臨安（今浙江杭州市）獻(xiàn)降。又越三年，漂流在壓山（在廣州灣內(nèi)新會(huì)南百里洋面上）海面上的宋流亡小朝廷被元軍追滅。同年，堅(jiān)持抗戰(zhàn)三十多年的四川合州宋軍也被迫款附。南宋版圖至此全為元有。
與征服中原期間蒙古軍隊(duì)大規(guī)模的殺戮相比，元軍在攻滅南宋的過程中，已明確地意識(shí)到盡可能避免殘破南方經(jīng)濟(jì)、擾動(dòng)江南社會(huì)的必要性。南中國(guó)在此期間遭受的破壞，總的說來不算太嚴(yán)重。
統(tǒng)一全國(guó)以后，忽必烈仰慕漢唐“萬(wàn)方來朝”的聲威，不斷遣使到海外各國(guó)去“宣布朕意”，招諭他們?nèi)氤Ｓ捎谡兄I的結(jié)果不能滿足忽必烈以世界霸主自詡的期望，遂使他漸生開邊之心。他自稱不取爪哇，“猶癢在心”，所以需要得力的戰(zhàn)將為他“爬搔”。忽必烈朝后期，元軍連續(xù)征討日本、安南、占城、緬國(guó)、爪哇等“海外諸番”。這些遠(yuǎn)征的后果，重者全軍覆滅，輕者“糧盡師老”、無(wú)功而返，徒然給元朝本國(guó)和戰(zhàn)爭(zhēng)所在地的民眾帶來沉重的經(jīng)濟(jì)負(fù)擔(dān)和生命犧牲。這時(shí)候，為籌劃海外戰(zhàn)爭(zhēng)引起的對(duì)元代經(jīng)濟(jì)和社會(huì)秩序的破壞，其程度甚至遠(yuǎn)遠(yuǎn)超過征服南中國(guó)的大規(guī)模平宋戰(zhàn)爭(zhēng)。
至元三十一年（1294）初，80歲的忽必烈病死于大都。他曾經(jīng)冊(cè)立第二子真金為皇太子，可惜真金早死。忽必烈晚年屬意于真金幼子鐵穆耳，授以皇太子舊印；并且將全真道士張留孫推薦給真金遺孀，說他“必能善事太子”。病危之前，他選擇平宋戰(zhàn)爭(zhēng)的主帥伯顏為顧命大臣，代表自己在帝位繼承問題上“揚(yáng)命群王”。鐵穆耳靠伯顏“握劍立殿陛，陳祖宗寶訓(xùn)，宣揚(yáng)顧命”，終得即位為帝，是為成宗。事成后，伯顏表示從此只愿“與諸王飲于宮前，余非所知也”。另一位顧命大臣玉昔帖本兒也如釋重負(fù)地說：“大事既定，吾死且無(wú)憾。”可見忽必烈的遺志并非是在風(fēng)平浪靜中實(shí)現(xiàn)的。
成宗即位后起用的軍國(guó)重臣，差不多全是忽必烈后期政府的原班人馬，這從人事方面保證了按忽必烈遺規(guī)“持盈守成”的基本國(guó)策。但他雖然能夠承襲忽必烈的“成憲”，卻無(wú)法輕易地將乃祖在半個(gè)多世紀(jì)的文治武功中所積累的豐富經(jīng)驗(yàn)和巨大聲望據(jù)為己有。他只有到自己更熟悉的草原傳統(tǒng)中去尋取必要的資源。因此，強(qiáng)調(diào)寬宥“惟和”，成為成宗時(shí)期朝政的重要特點(diǎn)。元廷在這時(shí)罷征安南，拒絕臣下再次用兵日本的建議，已奏準(zhǔn)彈壓廣西洞寨騷亂的成命，廷議后也被追回，改為遣人招諭。雖然在西南和西北仍有過軍事經(jīng)略，為遠(yuǎn)征“八百媳婦”地區(qū)（在今泰國(guó)清邁一帶）而調(diào)運(yùn)饋餉還引起過荊湖全省民怨沸騰，但總的說來，經(jīng)歷了忽必烈治下幾十年朝廷多事的時(shí)期后，本朝對(duì)內(nèi)對(duì)外凡事“處之以安靜”，給予整個(gè)社會(huì)以休養(yǎng)生息的時(shí)機(jī)。成宗的“垂拱而治”，收到了一定的成效。
古代風(fēng)景畫鑒賞1307年初，成宗在連年衰病后死去。皇后卜魯罕惟一的兒子已死于此前。卜魯罕企圖以成宗堂弟、安西王阿難答輔國(guó)，臨朝稱制。阿難答本人因手握重兵，也有以忽必烈嫡孫（忙哥剌之子）身份奪取皇位的意圖。兩人互為奧援，可能與他們對(duì)伊斯蘭教都頗有同情乃至信仰之誠(chéng)有關(guān)，甚至還可能是因?yàn)樗麄冎g有私通情節(jié)。而蒙古高級(jí)貴族中反對(duì)卜魯罕的人，利用漢式官僚中樞在皇權(quán)暫時(shí)中斷時(shí)對(duì)政治結(jié)構(gòu)的關(guān)鍵性影響力，竭力阻撓卜魯罕的計(jì)劃，一面秘密遣人分別遠(yuǎn)赴漠北和懷州（治今河南沁陽(yáng)），邀成宗兄答刺麻八剌的兒子海山和愛育黎拔力八達(dá)母子迅速赴都。愛育黎拔力八達(dá)在漢人謀臣的反復(fù)敦勸下，為避免卜魯罕“邪謀得成，以一紙書召還”而束手被擒的命運(yùn)，勉強(qiáng)赴都。接著他又在隨行心腹的鼓動(dòng)和反皇后集團(tuán)的蒙古大臣配合下，于阿難答發(fā)難前一日率衛(wèi)士秘密馳入禁中，拘捕阿難答和卜魯罕，最終以爭(zhēng)位斗爭(zhēng)中實(shí)力最弱的一方“廓清宮闕”。
雖然愛育黎拔力八達(dá)對(duì)近在手邊的皇位難免有垂涎之心，但他的兄長(zhǎng)、真金嫡傳中“次序居長(zhǎng)”的海山這時(shí)已躊躇滿懷地從阿勒泰軍營(yíng)返抵和林，在那里大會(huì)諸王勛戚，接著又分三路率領(lǐng)大軍南下，來與“宗親畢會(huì)”。是年夏，海山會(huì)愛育黎拔力八達(dá)母子于上都，接受宗王勛臣“推戴”，即位為新汗，他就是武宗。
武宗入都前“捍御邊陲，勤勞十年”的經(jīng)歷，賦予他個(gè)人性格的塑造以最后的影響。他在位的三年半，專從對(duì)貴族官僚“溥從寬大”、濫封泛賞的角度去加倍發(fā)揮成宗的“惟和”國(guó)策。對(duì)諸王勛戚從優(yōu)頒發(fā)朝會(huì)賞賜，致使給者未及半而兩京府庫(kù)空虛。獲得“遙授”職銜而佩相印的人以百數(shù)計(jì)，甚至宮廷演員、販肉賣酒的人、和尚道士都有授予中樞政要職銜的，稱國(guó)公、司徒、丞相者相望于朝；朝廷有大事，詔告尚未脫稿，“奸民已復(fù)群然誦之”。官僚機(jī)構(gòu)的膨脹和吏治的腐敗，最終的受害者是廣大民眾。武宗像前兩任大汗一樣，重用回回大臣主持理財(cái)大事，雖然使長(zhǎng)期存在的慢性財(cái)政危機(jī)獲得緩解，但勢(shì)家權(quán)要侵貪蔽占、征斂橫出，種種負(fù)擔(dān)都落在一般民眾的身上。
《元史》的編者寫道，武宗一朝，“至元（忽必烈年號(hào)）、大德（成宗年號(hào)）之政，于是稍有變更云”。就社會(huì)關(guān)系逐漸惡化而言，這樣說似乎有一定的道理，但就元朝統(tǒng)治體制來說，成宗和武宗基本上是延襲忽必烈蒙古法和漢法相參并用的格局而少有變動(dòng)。恰恰是在武宗之后，元代政治中進(jìn)一步漢化的趨勢(shì)明顯增強(qiáng)。它最初似乎表現(xiàn)出沖破前代的體制格局從而使制度一新的跡象，但隨著各種政治勢(shì)力之間的反復(fù)較量，最后卻演變?yōu)橐幌盗蟹埏棥拔闹巍钡男袆?dòng)。
在元武宗千里迢迢趕到漠南，登上皇弟為他預(yù)備的皇位后，就把愛育黎拔力八達(dá)立為“皇太子”，約定“兄弟叔侄，世世相承”。舊歷正月似乎是對(duì)元朝諸帝很不吉利的月份。武宗在即位后的第四個(gè)年頭（1311）正月病死，愛育黎拔力八達(dá)終于熬過刻意韜晦的“潛龍”歲月，即位為帝。他后來以“崇文右儒”而獲得“仁宗”的廟號(hào)。他先后建立過“皇慶”（1312～1313）、“延祐”（1314~1320）兩個(gè)年號(hào)。皇慶、延祐時(shí)期以用漢法進(jìn)一步改革元王朝體制而著稱于世。
但是，仁宗的改革實(shí)際上在延祐中葉差不多就停止了。就像他的哥哥海山一樣，現(xiàn)在輪到仁宗為推翻兄弟叔侄相繼的前約而煎心焚內(nèi)了。為換取母后答己和權(quán)相鐵木迭兒對(duì)他立嫡子碩德八刺為皇儲(chǔ)的支持，仁宗后期幾乎完全放棄了銳意于“安百姓以圖至治”的初衷。又是一個(gè)舊歷正月（延祐七年正月），被順利傳子的迫切愿望攪擾得身心疲憊的仁宗死于大都，年36歲。碩德八刺即位，是為英宗。
少年英宗是元朝歷帝中沒有受任何困厄體驗(yàn)就臨朝執(zhí)政的惟一一人。他在聚集起足夠強(qiáng)大又可以信賴的政治勢(shì)力之前，急于推行孤家寡人式的新政來貫徹他所仰慕的儒家學(xué)說。雖然幾乎處于“孑然宮中”的境地，未經(jīng)磨煉的剛愎之心和偏隘的個(gè)性卻促使他走向果于刑戮以實(shí)現(xiàn)個(gè)人意志的極端。不出三四年，由于引起全部蒙古上層的普遍怨懼，英宗最終被權(quán)臣刺殺在行帳里。
仁、英二朝推行漢法的中心，都是以加強(qiáng)皇權(quán)，來抑制諸王貴戚基于蒙古舊制而獲得的權(quán)益；以儒術(shù)澄清吏治，來強(qiáng)化官僚君主制下的政治運(yùn)行程序。但是蒙古宗親和軍事集團(tuán)成員心目中的大汗角色，與中央集權(quán)制下中原王朝的皇帝角色有極大的差別。在當(dāng)時(shí)情形下，大汗企圖僅依靠漢地的政治文化資源強(qiáng)行將蒙古種人集團(tuán)納入中原王朝的君臣體制，這顯然是十分困難的。仁宗因?yàn)閯e有所求而中途妥協(xié)，所以還能善終；英宗銳氣過盛，結(jié)果在危機(jī)似乎已進(jìn)入余波時(shí)慘遭殺身之禍。
英宗被刺后，真金長(zhǎng)子甘麻刺的次子、鎮(zhèn)守漠北祖宗故地的晉王也孫鐵木兒，在“其余爭(zhēng)立的哥哥、兄弟也無(wú)有”的情形下，被蒙古的宗親勛貴擁戴為新汗，史稱泰定帝。帝位異常順利地從真金次子答刺麻八剌系轉(zhuǎn)到甘麻剌系，既是因?yàn)闀x王具有“宗盟之長(zhǎng)”的地位，并且重兵在握，也因?yàn)榫哂忻晒疟疚粌A向的“迤南諸王大臣”對(duì)仁宗和英宗犧牲他們既得利益來推行漢法的行為深為不滿。也孫鐵木兒個(gè)人歷武、仁、英三朝，“不謀異心，不圖位次，依本分與國(guó)家出力氣行來”，在蒙古上層中口碑應(yīng)當(dāng)說也比較好。
也孫鐵木兒在元朝最高統(tǒng)治集團(tuán)剛剛經(jīng)歷了一次重大變故的情形下君臨天下。他在位期間自然災(zāi)害頻仍不斷。西北連年雨雹、地震，其影響達(dá)于荊湖北部地區(qū)；東南從浙西到蘇北沿海屢次發(fā)生海溢：華北則時(shí)而雨雹山崩，時(shí)而蝗旱。也孫鐵木兒先建元泰定，末年又改年號(hào)為致和，表明他的國(guó)策又回到以惟和來求穩(wěn)定的著重點(diǎn)上。在竭力彌平蒙古、色目貴族怨情的同時(shí)，泰定帝也注意到籠絡(luò)漢族大臣以增強(qiáng)元王朝的合法性。過去被冤殺和流放的御史臺(tái)官員，死者獲昭雪，生者召還錄用。英宗朝的漢族老臣或受“三老”尊禮，或得常朝免拜跪。許乘小車至殿門下。由名儒向皇帝進(jìn)講儒術(shù)的作法，在泰定元年（1324）正式發(fā)展成為經(jīng)筵制度。南方名儒吳澄在他的文集中留下一篇為泰定帝執(zhí)經(jīng)進(jìn)講的白話文講稿。其中這樣寫道：
“大概天地的心只要生物。古來圣人為歹人曾用刑罰來。不是心衷歡喜做來。孟子道：‘不愛殺人的心廝似。’前賢曾說這道理來。只有漢高祖省得這道理來，漢家子孫四百年做皇帝。我世祖皇帝不愛殺人的心，與天地一樣廣大。比似漢高祖不曾收服的國(guó)土，今都混一了。皇帝依著祖皇帝行，可萬(wàn)萬(wàn)年太平也者！”
然而，雖然有這些虛崇儒術(shù)的措施，與漢人儒臣們?cè)谌省⒂沙母邼q情緒相比，他們?cè)谔┒ǖ壑蜗率冀K懷有一種難以言狀的受挫感，大多數(shù)人的政治態(tài)度是消沉的。