崇禎十七年四月二十二日下午，林火根在首輔大臣、兵部尚書史可法陪同下，乘舟抵達南京城外燕子磯，南京百官均在碼頭迎接，請其為監國。
在給南京官員的信中，史可法告知了福王的意見，就是監國，一旦崇禎三子南來，他便即讓位。
南京百官也認為確實應該等待一段時間，福王暫用監國名義很好，一旦登基后就沒有改變的余地了，監國則尚有退步。
二十三日，林火根登岸，騎馬自三山門環城向東，拜謁孝陵和懿文太子陵，隨后經朝陽門入東華門，謁奉先殿，出西華門，以南京內守備府為行宮。
二十四日，群臣至行宮勸進，福王以太子及定王、永王不知下落，且惠王、桂王均為叔父行，認為應擇賢迎立。
諸臣再三勸進，程序走完，福王便根據明代宗故事監國。
崇禎十七年四月二十五日，林火根自大明門入大內，至武英殿行監國禮。
用黃金鑄造監國寶，頒諭天下說：……孤避亂江淮，驚聞兇訃，既痛社稷之墟，益激父母之仇。矢不俱生，志圖必報。然度德量力，徘徊未堪。
神器不可久虛，因序謬推，連章勸進，固辭未獲，勉循輿情，于崇禎十七年四月二十五日暫受監國之號，朝見臣民于南都。
孤夙夜競競，惟思迅掃妖氛，廓清大難。德涼任重，如墜谷淵，同仇是助，猶賴爾臣民。其與天下更始，可大赦天下……
就任監國之后，朱由崧依照廷臣會推，任命原南京兵部尚書史可法為文淵閣大學士兼兵部尚書，入閣為首輔；
任命原南京戶部尚書高弘圖為禮部尚書，東閣大學士，入閣辦事，任命崇禎朝大學士蔣德璟為戶部尚書，東閣大學士，入閣辦事。
任命原右都御史張慎言為吏部尚書，王鐸為工部尚書，原詹事府詹事姜曰廣為刑部尚書，召劉宗周為都察院左都御史，其他衙門官員也先后作了安排。
一時間，東林黨“正人”占據要津，馬士英和路振飛均加大學士銜，仍任原職。
傍晚，一系列繁雜冗余的儀式過后，林火根回到后宮，長長出了口氣。
他的心情激動異常，事情終于成功，他這個假的林火根、冒牌的福王朱由菘，登上了大明監國的位置。
這一世，經過林火根一系列精心策劃，江北四鎮沒有得到任何‘定策擁立’之功，或許暗流涌動過，但四鎮跋扈、軍閥操縱朝廷的局面根本沒有出現。
此刻，大明朝廷保留著起碼的尊嚴，在林火根看來，整件事以最小的代價實現了。
這幾天，林火根與李操、趙虎子過的戰戰兢兢、如履薄冰，生怕一匹快馬帶來有關福王朱由菘的消息。
三人制定了幾個脫身方案，好在目前還沒用上，不過，事情依然不能大意，危機隨時可能降臨。
……
崇禎十七年四月二十四日中午，淮安府盱眙縣最大的謫仙酒樓里，朱賀正在二樓與朋友趙志邦喝酒。
突然，樓下的街道上傳來喧鬧聲，朱賀就坐在窗邊，看見一個胖子正氣喘吁吁地在街上跑，一邊跑一邊喊救命。
朱賀定睛一看，那不是都梁寨那個四寨主林火根嘛？
兩淮一帶的鹽商大都在揚州，淮安也有，盱眙縣境內只有一家，就是朱家。
幾十年來，朱瑤朱開山父子勾連官府，經營淮揚一帶幾塊大鹽池，家世豪富，朱家第三代有兩個男丁，嫡長子朱賀和庶次子朱力，去年年底，朱賀被都梁寨土匪給綁了。
當時已經談好了贖金，但朱力老婆與三個妻舅暗中重金收買了淮安府駐扎在金湖縣的守備營，會同盱眙縣捕快去圍剿都梁寨，試圖害死朱賀。
官軍贏了，朱賀死路一條，官軍輸了，土匪惱羞成怒，一刀砍了朱賀，那樣的話，朱家所有家產便都是朱力的了。
但事實未如他們所愿，四寨主林火根神箭發威，打退了官軍，然后土匪們只是提高了五倍贖金而已，并沒有殺了朱賀，在贖金米糧送到后，土匪如約放人。
在山寨待了將近一個月，朱賀對都梁寨的幾位寨主自然臉熟。
林火根跑的踉踉蹌蹌，已經差不多脫力，他實在跑不動了，到酒樓門口栽倒在地，然后對門口伙計嘶啞著嗓子嚷了一句什么。
一陣風吹過，朱賀隱隱約約聽到了幾個字，好像是稟告縣衙來救命之類的話。
林火根話還未說完，從后邊跑過來幾條大漢，幾個人對著他揮刀就砍。
令朱賀震驚萬分的是，都梁寨大當家的林水根就在其中，其他幾人也是都梁寨山賊頭目，他們怎地兄弟相殘起來了？
幾個人下手極為狠辣，不僅把林火根砍死，還把他的臉部剁的血肉模糊，這一幕嚇的街上行人紛紛逃竄，門口那個酒樓伙計當即癱軟在地。
林水根幾個人砍死了林火根后，又一刀捅死了那個酒樓伙計，便迅速離開了。
兄弟相殘至此！讓朱賀見識到了土匪們的狠辣，那一幕他久久不能忘懷，六天后，福王在南京就任監國的消息傳到盱眙縣，朱賀聽了，突然臉色一變。
本來那天林火根被砍死前嚷的那句話，聲音嘶啞且低微，四周應該沒什么人能聽清，除了距離他最近的那個酒樓伙計。
朱賀就在窗邊，恰好又來了一陣順風，就模模糊糊聽了一耳朵，當時并沒有在意，因為林氏兄弟相殘的狠辣程度讓他震驚不已，顧慮不到其他了。
聽到福王就任監國的消息，朱賀頭腦里一個睡眠朦朧的記憶被觸動，他一下子想起林火根死前說的那句話里：‘稟告縣衙來救命’之前，好像還說什么‘孤是……福王’。
孤是福王？那明明就是都梁寨四寨主林火根啊？
朱賀是個極為精明之人，一想到那個胖子不僅被砍死，還被毀容，而且距離他最近的酒樓伙計也被捅死了，他當即想到了一種可能性，驚懼不已。
他想驅除腦中可怕的念頭，但是，倘若并非自己想象的那種情況，林水根為什么把自己弟弟殺了還要毀容？豈非多余之舉？
又為什么捅死那個伙計？他們那種盜匪殺人還怕別人看見嗎？除非那伙計聽到了什么！
可是，如果事情像自己想象的那般，那也太可怕而令人驚駭了！