閻應(yīng)元從容答道：“江陰士民，三百年來(lái)食毛踐土，深戴國(guó)恩，不忍望風(fēng)投降。我是大明典史，深知大義所在，絕不服事二君。將軍位為侯伯，掌握重兵，進(jìn)不能恢復(fù)中原，退不能保衛(wèi)江左，有何面目見(jiàn)我江東忠義士民呢？”
劉良佐聽(tīng)罷，慚愧退回。次日，劉良佐又以清廷召諭相示，勸江陰士民接受招安。
閻應(yīng)元怒喝道：“有投降將軍，無(wú)投降典史!”一聲令下，城上火箭齊發(fā)。
劉良佐慌忙打馬逃走，嘆息道：“江陰人沒(méi)有救了！”
此時(shí)，多鐸還未離開(kāi)南京，聽(tīng)聞江陰久攻不下，極為震怒。先派恭順王孔有德率軍助戰(zhàn)，接著又派貝勒博洛和貝勒尼堪帶兵，攜紅衣大炮前往攻城，以博洛為主將。
博洛平定了松江，將所部二十萬(wàn)人馬全部帶到了江陰，以師久無(wú)功為由，嚴(yán)厲責(zé)備劉良佐。
他觀察完江陰城的地形，對(duì)部將說(shuō)道：“這座城就像一艘船，南面是頭，北面是尾。若是攻擊南北，必然不成功。只有攻打中間，才能破城?！?
他派人綁縛降將黃蜚、吳志葵，押送到城下，命他們寫(xiě)信勸降。
黃蜚說(shuō)道：“我在城里又沒(méi)有相識(shí)，寫(xiě)信又有何用？”
吳志葵涕淚交加，當(dāng)場(chǎng)寫(xiě)了封勸降信，情詞甚是悲楚。
閻應(yīng)元看了清兵射入城內(nèi)的勸降信后，向城下的黃蜚、吳志葵痛斥道：“朝廷大將，束手被縛。有何臉面活在人間，還不速死報(bào)國(guó)！”
二人滿面羞慚退去。博洛許以高官厚祿，力勸閻應(yīng)元降清，被閻應(yīng)元斷然拒絕。
博洛見(jiàn)勸降無(wú)效，先是分兵切斷了城內(nèi)與外部的聯(lián)絡(luò)，再用紅衣大炮日夜轟城。又用竹籠盛放火藥，放置在城南的一側(cè)，炸得五處城恒崩裂。
清軍向缺口處沖來(lái)，皆被義軍殺退。閻應(yīng)元領(lǐng)人用裹有鐵皮的門(mén)板、添滿泥土的棺材等物將缺口堵實(shí)，再用棉絮浸水覆在城墻上，以防清軍火攻。
中午時(shí)，義軍將士正在吃飯。陳明遇忽然聽(tīng)到錚錚的聲音，向城下看去。只見(jiàn)六個(gè)身穿重甲的清將，背著鋼刀，用鐵釘插在城墻的縫隙上，慢慢地向城上爬來(lái)。大群清兵緊隨其后，接踵而上。陳明遇大聲呼喊，士兵們用長(zhǎng)槍刺落清將，余者皆退下。
清軍數(shù)日攻城不息，江陰軍民浴血抵抗，力保城池不失。他們還把廟里的神像抬上城墻，在上面張了黃蓋，抬著巡游各處。以磁石捻動(dòng)神像胡須，遇到鐵器，胡須就會(huì)自動(dòng)關(guān)閉；用機(jī)關(guān)扶住神像的手動(dòng)作，使得看上去像在指揮。
清兵見(jiàn)之，恐懼萬(wàn)分，以為是天兵天將下凡。劉良佐讓其子攻城，正當(dāng)神像張開(kāi)口，其子嚇得膽戰(zhàn)心驚，被義軍士兵用箭射死。
二十八日，閻應(yīng)元在守城戰(zhàn)斗中，右臂被清軍的炮火擊傷。他包裹傷口后繼續(xù)戰(zhàn)斗，用左手握刀，一連砍殺了數(shù)個(gè)爬上城墻來(lái)的清兵。閻應(yīng)元號(hào)令嚴(yán)肅，對(duì)茍且偷安、不守法紀(jì)的人，必然重加責(zé)罰，以警示眾人，即使時(shí)士紳亦不例外。
而當(dāng)士兵受傷時(shí)，他又會(huì)親自熬藥斟酒，溫言慰勞；當(dāng)有人遇難，他親自購(gòu)置棺木，哭奠而殮葬；對(duì)義軍士兵，不稱姓名而稱兄弟。閻應(yīng)元凡事以身作則，誠(chéng)懇待人，所以軍民都懷德畏威，雖死不悔。
二十九日，清軍再次攻打北城，被閻應(yīng)元率軍痛擊，就轉(zhuǎn)去攻打南城。清兵搶掠居民家中木箱千余只，在十方庵的后面疊成將臺(tái)，高與城齊。
清將登上高臺(tái)指揮，其部將與親兵圍在臺(tái)旁。接著調(diào)來(lái)百門(mén)大炮，對(duì)準(zhǔn)城墻的東南角猛轟。頓時(shí)炮聲震天，百里之外都能聽(tīng)到。一晝夜用掉火藥一萬(wàn)五千斤，城墻幾乎被轟塌。
閻應(yīng)元來(lái)到南城，忽然看到清將站在高臺(tái)上，正指揮清兵發(fā)炮。他立即讓士兵們搬來(lái)一門(mén)大炮，對(duì)準(zhǔn)高臺(tái)安放好，裝上了火藥和開(kāi)花彈。閻應(yīng)元瞄準(zhǔn)清將調(diào)整大炮，直到絲毫不差，便點(diǎn)火發(fā)射。炮聲響過(guò)，清將及周圍的近百個(gè)清兵被炸得不見(jiàn)蹤影。
進(jìn)入八月，清軍久攻不下，博洛心中焦急，重新勸降，并使出離間、緩兵之計(jì)，皆被城中軍民識(shí)破。
攝政王多爾袞曉諭招安，言道：“明已亡，何苦死守？”博洛命人用箭射入城中。
閻應(yīng)元在信后補(bǔ)上：“愿受炮打，寧死不降！”射還清軍。
博洛大怒，令清軍向城內(nèi)發(fā)炮，城墻多處被損壞。
初八日半夜，閻應(yīng)元派水性好的將士，攜帶木頭、錘頭等物，渡外城河，摸到清軍炮兵陣地，用木頭釘入炮眼中。結(jié)果清軍因清理大炮，兩日沒(méi)有進(jìn)攻，城內(nèi)乘機(jī)修砌城垛。
江陰被困既久，城內(nèi)傷亡慘重，戰(zhàn)斗力日減，物資缺乏。中秋節(jié)時(shí)，閻應(yīng)元令人把小麥磨成面粉，制成月餅，分發(fā)給士兵們。
他端坐城樓上，與將士舉杯痛飲，讓諸生許用模仿楚歌，作《五更轉(zhuǎn)曲》，讓善歌的人登高傳唱，歌聲悲壯，響徹云霄。
清兵們爭(zhēng)著靠前傾聽(tīng)，有人怒罵，有人悲嘆，有人痛哭流涕。劉良佐見(jiàn)士氣不振，命人作勸降詞，讓士卒相倚而歌，自己與幕僚在帳中飲酒。不多時(shí)，城上火炮、火箭齊發(fā)，打得清兵死傷累累，狼狽逃跑。
二十日，清軍從南京運(yùn)來(lái)二十四門(mén)大炮，又收集百姓家里的鐵器鑄造炮子，每個(gè)重二十斤。
二十一日，雨勢(shì)甚急，清軍用牛皮帳護(hù)炮裝藥，集中二百多門(mén)火炮轟擊城墻東北角。黃昏時(shí)，清軍轟塌大段城墻，蜂擁而入。
城破之時(shí)，守衛(wèi)在東城樓的閻應(yīng)元知道城已難保，取筆墨在城樓上寫(xiě)道：“八十日帶發(fā)效忠，表太祖十七朝人物。十萬(wàn)人同心就義，留大明三百里江山。”寫(xiě)罷，擲筆上馬，帶領(lǐng)千余名義軍將士沖向缺口，與清軍展開(kāi)殊死搏斗。
半個(gè)時(shí)辰后，義軍士兵們大部分壯烈犧牲，閻應(yīng)元背部亦中三箭，但他仍英勇殺敵，直至力竭難支，遂對(duì)身邊的義軍士兵說(shuō)道：“為我謝百姓，吾報(bào)國(guó)事畢矣！”即自拔短刀自殺，未死，跳入湖中。
義民陸正先感其恩義，不忍閻應(yīng)元就此身亡，又將他從水中扯起，卻被劉良佐屬下擒獲。閻應(yīng)元挺立不屈，大罵劉良佐、博洛，終被清軍殺害。家丁十余人及義民陸正先等人誓死不降，一同殉難。
典史陳明遇持刀與清兵血戰(zhàn)，身負(fù)重傷后倚墻而立，至死不撲。訓(xùn)導(dǎo)馮厚敦自縊于明倫堂，妻與姊投井死；中書(shū)戚勛、諸生許用舉家自焚而死。
二十二日，江陰城中百姓有的與清兵巷戰(zhàn)，有的自盡，無(wú)一投降順從。博洛下令屠城，縱兵搶掠劫殺。黃毓祺、葛明鑒隨義軍士兵從北門(mén)撤下來(lái)，在安利橋處擊退了清兵多次進(jìn)攻。義軍士兵們大部分陣亡，尸體填滿河道，剩下的義軍士兵被清兵沖散。
葛明鑒身上多處負(fù)傷，保護(hù)著黃毓祺且戰(zhàn)且退。黃毓祺熟悉江陰城地形，領(lǐng)葛明鑒甩開(kāi)清兵，來(lái)到古梅禪院。方丈給葛明鑒包扎好傷口，送他到塔上躲藏。又為黃毓祺剃光頭發(fā)，換上僧袍，取法名“印白”。
清兵搜查禪院，沒(méi)有發(fā)現(xiàn)葛明鑒，亦沒(méi)有傷害和尚。葛明鑒透過(guò)塔上小孔，看到清軍正血腥屠殺百姓，城中尸橫遍地，血流成河。他咬緊牙關(guān)，緊握鐵棍，恨不得立即報(bào)仇雪恨。
夜色深沉?xí)r，清軍停止殺戮，吃飯休息，但是戒備森嚴(yán)。
黃毓祺到塔上送飯，葛明鑒吃驚地問(wèn)道：“先生，你怎么做了和尚？”
黃毓祺道：“方丈要老夫剃度，方能保得性命。再者，老夫?qū)幙袭?dāng)和尚，也不愿留金錢(qián)鼠尾辮?！?
葛明鑒吃下三個(gè)饅頭，又喝了碗水，悲憤地說(shuō)道：“先生，我想晚上摸到清虜軍營(yíng)，趁天黑擊殺韃子報(bào)仇。”
黃毓祺憤怒地說(shuō)道：“韃子屠城，城里的同胞大多沒(méi)能幸免，今晚咱們一起去殺韃子！”