十一月，朱棣已經收編了寧王的部隊歸來，包括能征慣戰的朵顏三衛騎兵，實力大為增加。李景隆派陳暉率一萬騎兵東行，尋找機會迎擊燕軍，不期兩隊人馬沒有走到一條路上，未曾相遇。后陳暉發現了燕軍，從后面尾隨而來，準備前后夾擊。燕王朱棣察覺后，命精騎回頭迎擊，將其一舉擊潰，陳暉只身逃回軍中。燕軍士氣大振，燕王乘勢派朵顏三衛猛沖朝延軍隊。朵顏騎兵銳不可當，疾風暴雨般連破朝延軍隊七營。李景隆整頓軍馬，在鄭村壩與燕軍決一死戰。這場戰斗，數十萬軍馬從中午一直打到晚上，尸橫遍野，十分慘烈。燕王朱棣趁著天黑，派奇兵左右沖殺，攪亂了朝延軍隊的陣營，然后燕軍正面猛攻，占據了上風。當日未分勝負，雙方各自收兵回寨。李景隆沒有經歷過這樣慘烈的戰斗，初戰不利，感到難以取勝，連夜拔營南遁，匆忙之中竟然沒有通知圍攻北平九門的將士。攻打九門的將士失去主力的掩護，僅兩天就被燕王朱棣擊敗，北平之圍始解。

鄭村壩大戰之后，原本銳意削藩的建文帝朱允炆卻變得軟弱起來，罷齊泰、黃子澄職，希望燕王息兵。這種做法無異于向朱棣示弱，是不會起到任何積極作用的。明惠帝建文二年（公元1400年）二月，李景隆致信朱棣，請求息兵。燕王朱棣現在兵強馬壯，自然不會講和。雙方厲兵秣馬，積蓄力量，準備在春天再戰。然而，燕王朱棣使用了一個小花招，戲弄李景隆于股掌之間。二月，燕王朱棣佯攻大同，李景隆率軍救援。燕王朱棣卻不與之戰斗，由居庸關退回北平，李景隆奔波一場，勞而無功。當時天氣尚寒，朝延軍隊衣衫單薄，不少士兵被凍傷，部隊也沒有得到很好的休整。

四月一日，李景隆誓師于德州，號稱百萬（實則60萬），大舉北伐。雙方在白溝河擺開陣勢，雙方殺得難解難分，互有勝負。忽然一陣風將朝延軍隊大旗刮倒，朝延軍隊陣營產生了混亂。燕王朱棣抓住這難得的時機，指揮部隊猛沖，一舉擊潰朝延軍隊。

白溝河之戰是決定性的戰役。此后，建文帝朱允炆再也組織不起來大規模的軍事征討。燕王朱棣由此轉守為攻，取得戰事上的主動。

明惠帝建文三年（公元1401年），朱棣又率軍在靈壁之戰中擊敗朝延軍隊。此戰之后，朱棣再也沒有遇到過大的戰斗，順利地于明惠帝建文四年（公元1402年）六月十三日，兵臨南京城下，取得了靖難之役的勝利。

明惠帝建文四年（公元1402年）六月，燕軍渡過長江，兵臨城下。此時的建文朝廷已經亂作了一團，很多地方將領按兵不動。齊泰、黃子澄借募兵為由，離京奔廣德、蘇州。左都督徐增壽密謀私通燕王朱棣作為內應，被朱允炆察知，親手將他砍死。

面對嚴重局勢朱允炆萬般無奈，又見警報迭傳，下令縱火焚毀皇宮。燕王朱棣殺入宮中，搜尋了三天，始終沒有找到朱允炆。追問內侍，他們也不知朱允炆是死是活，只知他下令縱火后就不見了蹤影。馬皇后和大多數妃子、內侍都被燒死，內侍們怕燕王朱棣不信，找了一具殘骸，說成是建文帝的尸骨。朱棣命人從灰燼撥出殘骸，已是滿身焦爛，四肢不全，分不清男女，只得下令以天子禮殮葬。此時，朱棣的靖難之役宣告成功，自己也登上了帝位，改年號永樂。

千秋功過

任用賢士，寬刑減賦；用人多疑，猶柔寡斷

任用賢士，寬刑減賦建文皇帝朱允炆即位之后，重用黃子澄、齊泰、方孝儒等文人，一反明太祖朱元璋的做法，推行了一系列新政。首先是重德省刑，銳意文治，崇尚禮教。以致刑部的囚犯比往年減少了三分之二。同時，朱允炆又選派廷臣二十四人為采訪使，分巡天下，觀風俗，燭幽隱，興辦利民之事。其次是均免賦役。減免歷年逋租和天下荒田租稅。針對江浙賦役過重的情況，建文帝特下詔“江浙賦獨重，宜悉與減免，畝不得過一斗。”

另外，朱元璋特意規定江浙人不許擔任戶部的職位，目的在于防止江浙人偏袒家鄉。建文帝則認為江浙重賦只是用懲一時，不應該形成定制，既然田賦減輕了，浙東人自然也可以擔任戶部的官職。朱允炆還針對寺廟侵占民田的情況，下令僧道每人占田不得超過5畝，多余的要退官分給農民。在朝廷內，建文帝對宦官管教甚嚴，同時又詔諭地方官，一旦發現宦官奉使橫暴、虐害士民即擒送京師，加以嚴懲。這也引起了不法宦官的怨恨，在日后“靖難之役”中或投靠燕王朱棣，或是做為內應。

在吏制方面，朱允炆也進行了改革，重新更定官制，大力精簡機構，革除冗員。朱允炆在位的四年間，撤銷了九個州、三十九個縣以及一大批冗官冗吏和稅務機構，增加了中央財政收入，減輕了人民的負擔。

可以說建文帝的一系列措施，充分體現了朱允炆以仁義禮樂化民的治國思想，改革了洪武時期的不少弊政，給社會帶來了一陣清風。為無論是百姓，還是官吏都創造了一個寬松的環境，緩和了社會矛盾，對社會的安定產生了積極作用，一時政通人和，所以后人有“四年寬政解嚴霜”之譽。而在朝廷內卻是另一番情景，“靖難之役”后，朱棣當上皇帝，建文朝延投降的文臣只有24人，其他或逃跑、或自殺卻有數千人。永樂朝廷幾乎無人可用，因此可見建文帝在文人士大夫心目中的地位是相當高的。

用人多疑，猶柔寡斷但是，宅心仁厚的建文帝在性格上有一個嚴重的缺點，就是優柔寡斷，遇事無決斷力。削藩之前，燕王依禮入覲新君侄子建文帝，“行皇道入，登陛不拜”。大庭廣眾之下，朱棣憤然不行君臣之禮，顯然不僅老奸巨滑，確實還氣勢凌人。當時就有監察御史奏劾其“不敬”之罪。而建文帝宅心仁厚，表示說“至親勿問”。

燕王來到北京自投羅網，本是抓捕歸案的絕佳機會，戶部侍郎卓敬再次密奏：“燕王智慮絕人，酷類先帝（朱元璋）。夫北平者，金、元所由興也，宜徙封南昌以絕禍本。”建文帝覽奏后變色，藏于袖中，不置可否。轉天，朱允炆親自召見卓敬，問：“燕王骨肉至親，何得及此？”卓敬逼問他，說：“隋文帝、楊廣兩人難道不是親父子嗎？”建文帝默然良久，仍舊下不了決心，只是擺擺手說了聲“愛卿不要再講了”，示意卓敬退下。

明惠帝建文元年（公元1399年）四月，燕王朱棣歸國。建文帝的婦人之仁給了燕王一個絕妙的機會，在南京如果想處置燕王朱棣，兩個獄卒就可以辦到了。可以隨便給燕王朱棣安個什么罪名，先抓起來再說。可惜建文帝太過柔仁，一直出主意削藩的齊泰和黃子澄關鍵時候集體失語，不力勸建文帝下手，放虎歸山，養虎反噬，悔之無及。燕王朱棣歸國后，馬上托疾不出。不久，朱棣對外又稱病危，以此迷惑朝廷。

五月，太祖朱元璋小祥忌日，依照禮制：諸候王皆應親臨陵墓致祭。燕王朱棣自稱病篤，派其世子朱高熾及另外兩個兒子朱高煦、朱高燧入京。當時有參謀勸朱棣不要把幾個兒子都派入京師參加祭禮。燕王朱棣一語道破天機：“此舉，只為令朝廷對我不再懷疑。”

燕王世子朱高熾等三兄弟入京，兵部尚書齊泰就勸建文帝把三個人都一并軟禁起來。又是黃子澄表示異議：“不可。疑而備之，不是好事。不如遣還。”秀才參政，思前想后，怪不得有“百無一用是書生”之言。倒是燕王兒子三兄弟的親舅魏國公徐輝祖入殿密奏，表示說：“我這三個外甥中，惟獨朱高煦勇悍無賴，非但不忠，又會叛父，他日必為大患。”建文帝猶豫，向徐輝祖弟弟徐增壽和駙馬王寧問計。這兩人平時和燕王及其三子關系密切，飲酒縱馬歡歌，自然都是說好話，建文帝就在儀式后把三人好好打發歸國。

本來，朱棣派三個兒子入京后不久，便忽然生悔，生怕三個小子被他們當皇帝的堂兄弟一網打盡。現在，看見三個人尾無恙返回，朱棣喜出望外，大叫“吾父子復得相聚，天贊我也！”

建文帝放燕王朱棣回北平，一錯；又縱放燕王世子朱高熾等人歸國，使朱棣起兵更無所顧忌，二錯；特別是放走了強悍敢戰的朱高煦，三錯。日后，朱棣之兵鋒最銳者，關鍵時刻加最后一把力者，當屬這位朱高煦。彼時，建文帝大嘆“吾悔不用輝祖之言！”為時已晚。