天子被劫走后，崔胤便使太子太師盧渥等二百余人共同列狀，請朱溫西迎車駕，又派王溥來到朱溫帳中議事。為向世人掩飾自己內心真正的企圖，讓人們為自己的“忠誠”感動，朱溫狡詐的回書道：“我若前進則懼有脅君之謗，若退則有負國之愧。進退兩難，審之再三，吾寧遭誹謗亦不能使吾之赤心有愧于國家?！坝谑侵鞙匕l兵向長安進發。
到達長安，宰相帥百官迎接于長樂坡。朱溫賞李繼昭之功，賜給甚厚，繼昭則全部分賞給其兵八千人。隨后朱溫就西擊鳳翔。李茂貞遣其將符道昭屯兵武功以拒，朱溫派其將康懷英一戰擊破李繼遠之眾。
十月二十，朱溫大軍來到鳳翔，在城東駐扎。李茂貞登城說道：“天子是因避災才來到這里，并非是臣下無禮，請明公誤聽讒言，我實不愿與公為敵。“朱溫回道：“韓全誨劫持天子，怎能說無罪？真是可笑。岐王若沒有預謀，怕是天子也來不到你這吧！我今番就要問罪賊臣，接陛下回宮。“唐昭宗李曄這時也感覺出了朱溫之心難測，便下詔使朱溫還鎮，可朱溫怎肯聽旨？他心想很快你這個皇帝就要唯我之命是聽了，老子現在還聽你的？煮熟的鴨子怎能讓它飛了？他必欲奪鳳翔、挾天子而后快。
朱溫先分兵去攻李茂貞的邠州。邠州節度使原名楊崇本，自幼便為李茂貞做事，李茂貞養以為子，變名姓為李繼徽。李繼徽見汴軍勢重，識相的他趕忙向朱溫請降。朱溫不戰而得邠州，很是高興，就讓李繼徽繼續守邠州，恢復他的原名楊崇本。但是，狡猾的朱溫留了一手，為防楊崇本背叛自己，他把楊崇本的妻子等族人全部遷往河中作為人質。
十二月，朱溫又派侄子朱友寧攻盩厔，一連攻打了十天仍未攻下。朱溫惱了，親自前往督戰，汴軍凡是作戰不力、稍有返顧、退后者立即斬首。于是汴軍奮力而前，前赴后繼。前排倒下，后排踩著前者的尸體繼續向前，蜂擁蟻附，盩厔終于被克。殘暴的朱溫竟圖殺一城之民以發泄其怒氣。
在朱溫西入關時，韓全誨曾使皇帝下詔書，遣中使二十余人分道往征江、淮兵，以威脅朱溫，附于朱溫的戎昭節度使馮行襲得知后將這二十余人全部殺掉，收其詔書送給了朱溫。韓全誨又遣中使征兵于蜀地王建，而朱溫知蜀地與李茂貞相接，王建勢力不可小視，也遣使修好于王建。王建心想，鷸蚌相爭，正是漁人得利之時。他表面上答應修好于全忠，上表列李茂貞之罪。暗中卻勸李茂貞堅守，許諾會提供救援。而事實上王建卻是趁李茂貞有危之際，派出大將王宗佶、王宗滌，將兵五萬，聲言要迎天子車駕，實則是去襲擊李茂貞山南諸州縣。
朱溫西入關前，韓全誨還與李茂貞讓天子作詔書，令河東出兵勤王。李茂貞還以私書求援于李克用。晉王就先派周德威將三千騎兵自沁州前往攻打晉州，以牽制汴兵，正好也可以收復失地。守晉州的氏叔琮帶領數千兵士出城，在州北的平陽與周德威對陣，汴軍被殺的大敗，斬首五百級，周德威臨陣生擒汴將王友通。氏叔琮只得嬰城固守，向朱溫求援兵。此戰后，周德威在蒲縣扎營。不久后，晉王又派李嗣昭帶步騎兵二萬前來與周德威合軍。
朱溫聽說河東兵攻打晉州、絳州，心想若失此兩地，河東軍會向河中地區進發，斷了自己的后路，屆時當腹背受敵。于是他趕忙派侄子朱友寧帶軍前往去援助晉州刺史氏叔琮，自己將帶余眾隨后而進。
902年二月中旬，朱友寧帶汴軍大眾與氏叔琮相會，汴軍十萬扎營于蒲南。夜晚，氏叔琮率勇士夜襲河東軍營壘，殺百余人而退。十日后，朱溫也統領大軍來到，汴軍列陣，四面云和，將河東營壘圍的鐵通也似。身陷重圍，汴軍數倍于己，眾寡懸殊，河東軍人人心生畏怯。月末這天，又有白虹貫日，穿河東軍營而過，這更加給人一種不祥之兆。李嗣昭決定與周德威連夜突圍退軍。然而還未做好準備，汴軍已經發動總攻。李嗣昭、周德威血戰不解，只得保軍而退。汴軍乘勢進擊，河東軍已然潰散，無復行列，被追殺的極慘。周德威對李嗣昭說道：“公請帶軍先退，我領精騎斷后。不然，吾輩無遺類矣?！敝艿峦]舞大刀拼命擋住狂追之敵，然而汴軍四面八方都是，擋得了這邊，擋不了那邊。周德威也只得且占且退，河東軍損失甚為慘重。李克用聽聞李嗣昭之敗，趕忙派李存信帶千余騎兵前往接應，然而來到清源時就遭遇一股汴軍，被擊潰后，李存信逃回了晉陽。
這一戰，河東軍被殺被俘者數千，還有不少路上逃散的，李嗣昭、周德威回到晉陽城時所帶的殘軍僅剩一萬。汴軍乘勝又拿下了慈州、隰州、汾州。晉陽已是孤城一座，氏叔琮長驅而進，朱溫大喜道：“哈哈，破晉陽，非氏老不可?！本土钏俅伟鼑鷷x陽。氏叔琮扎營于晉祠，令兵士治攻城器具于西北角，四面營柵相望。氏叔琮時常令人在城下喊話道：“晉王，你們沙陀本塞外一小部落，賴我朝多難，立了些小功，做到河東節度使已是天大造化了。你們不該貪得無厭，屢攻鄰鎮。更不該得罪我們粱王。如今十余萬大軍圍城，你們插翅也難飛。晉王你若聽勸的話，早早開門迎降。梁王寬懷，定能選一小鎮給你做養老之地。若負隅頑抗，到時城破被俘，恐性命休矣，爾沙陀一族也要滅亡！”
三月中旬，攻城器械都打造完畢，氏叔琮即刻開始急攻晉陽城之西門。自恃兵多將廣，此城不日即下，氏叔琮每于城下巡視之時，寬衣緩帶，以示閑暇，意氣甚驕。李克用則日夜登城指揮防御，吃飯睡覺的時間都沒有。