長孫皇后13歲時與唐太宗成婚，當時年齡很小，不可能對唐太宗有什么幫助。公元618年（武德元年），她被冊立為秦王妃，此時就開始對唐太宗有所影響了。公元626年（武德九年），被冊封為皇太子妃。八月，太宗即皇帝位，立為皇后。

長孫皇后崇尚節儉，為人十分平和，服飾用具，力求簡省。太宗覺得她深明大義，對政務往往有很好的見解，就經常與長孫皇后談論朝廷賞罰之事。皇后卻非常謙虛，她引用《尚書·牧誓》中的話回答道：“‘牝雞之晨，惟家之索。’我是個婦人，不能干預國家的政事！”太宗堅持與皇后談論，皇后始終不發一言。在這一點上，她是十分明智的。但這并不是說她就什么都不管，而是用自己特殊的方式來影響唐太宗。

長孫皇后有個異母兄長，名叫長孫安業，他酗酒，脾氣暴躁，經常尋釁滋事，不務正業。皇后的父親長孫晟去世的時候，皇后和長孫無忌都還年幼，長孫安業就把他們兄妹倆趕回他們的舅舅家里，自己獨霸了家業，不管他們兩人。皇后對此事毫不介意，時常請太宗厚待長孫安業，長孫安業的官位做到監門將軍。但他并不知道感恩戴德，后來長孫安業與劉德裕密謀叛亂，按照法律，太宗要殺掉長孫安業，長孫皇后叩頭流淚說：“長孫安業死有余辜，可是他早年對我不仁慈的事，天下人都知道，現在若您對他處以極刑，人們會猜測是我倚仗皇帝的寵幸而報復自己的兄長，這對我倒沒有什么，但損害了陛下和圣朝的威德和名譽卻是件大事，您要慎重考慮。”唐太宗聽了他的這一番話，覺得十分有道理，長孫安業才得以免去死刑。

長孫皇后確實是出于為唐太宗和朝廷的聲譽著想才這么做的，并不是為了替自己的哥哥說情。皇后的哥哥長孫無忌與太宗皇帝早在少年時期就交往密切，二人可謂情投意合，又是輔佐太宗取得成功的元勛，并且很有才能，太宗對他十分信任，他經常出入內宮。太宗把朝廷重任委托給他，讓他來幫助自己治理國家。而這一次，皇后堅持認為不可，對太宗說：“我既已托身紫宮，尊貴已到了極點，實在不愿讓我的兄弟子侄在朝廷提任要職。漢朝呂氏、霍氏兩家外戚專權，最后的結局是禍國殃民，應該引為教訓，本朝不要重蹈覆轍，讓我的兄長擔任宰相。”太宗沒有采納皇后的意見，最終任命長孫無忌為左武侯大將軍、吏部尚書、右仆射。后來，雖然沒有發生像長孫皇后所說的那樣嚴重的情況，但長孫無忌的結局也是很悲慘的。

長孫皇后對太子李承乾的要求也十分嚴格。太子的起居條件很簡陋，他的乳母遂安夫人常對長孫皇后說：“東宮的用具缺少，想奏請皇上、皇后予以添置。”皇后不答應，說道：“作為太子，所擔憂的是美德不立、美名不揚，何必計較用具少呢？”

長樂公主為長孫皇后所生，太宗特別疼愛。到長樂公主將要出嫁時，太宗命令有司，陪送的嫁妝要是長公主的一倍。魏征進諫道：“長公主，應該比公主尊貴，感情遠近雖有差別，但禮義是沒有等級差別的。如果讓公主的禮儀超過長公主，恐怕于理不合，請陛下考慮。”太宗回到內宮后，把魏征的話告訴了長孫皇后，皇后非常佩服魏征，嘆息著說：“我聽說陛下十分器重魏征，但不了解其中的緣故，聽陛下剛才說的事，我才知道他實在是能用義來制止皇上感情用事的，他真稱得上是國家正直的大臣了。我與陛下是結發的夫妻，深受禮遇，情義深重，可是每當進言時，我還要看陛下臉色行事，不敢輕易冒犯陛下的威嚴，何況臣下感情比我與您要遠，禮節上又有君臣之隔呢。魏征實在是難得啊！韓非子因為向君主進言難專門寫了文章來提醒君王注意，東方朔也說向君方進言不容易，確實是這樣啊！忠言雖然逆耳，可是對行事有利。有關國家事務的意見，若采納，則社會安定，若拒絕，則政局混亂，我誠懇地希望您仔細考慮，則天下人都十分幸運。”長孫皇后就是用這種方式來鼓勵唐太宗聽從忠臣的勸告的。她為了表明自己的態度，不讓魏征覺得因為減少自己女兒的嫁妝而對他有什么看法，就派內宮太監帶著五百匹帛，前往魏征的住宅賞賜給他。

有一次，唐太宗在宮廷上被魏征毫不客氣地頂撞了，他嫌魏征總是與他過不去，下朝后說：“早晚殺了這個鄉巴佬！”長孫皇后聽說后，立刻換上一套衣服，給唐太宗道喜說：“我聽說，君明臣直，陛下有魏征這樣的直臣，正說明陛下是明君。”唐太宗聽了她的一番話，覺得十分有道理，于是就轉怒為喜，魏征因此避免一場大禍。

公元634年（貞觀八年），長孫皇后陪太宗住在九成宮，不幸染病，病勢沉重，太子李承乾入宮侍奉，秘密啟奏皇后道：“醫藥已經用盡，您的病不見好轉，請讓我奏請父皇赦免囚犯，并度人入道觀，希望能得到上天賜福。”皇后不同意這種看法，說：“人的死生由命注定，不是人力所給予的。若做善事就能延長壽命，那么我平時從未做惡；若做善事無效，又有什么福可求呢？赦罪是國家的大事，佛教、道教不過是產生在不同地域的宗教罷了，不僅國家政體無此弊端，而且是皇上所不做的，豈能因為我一個婦人而擾亂國家的法令？”

聽了母后的這番話，太子十分感動，不敢向父皇提出這個要求。太子把皇后的話告訴了左仆射房玄齡？房玄齡又把這些話奏聞太宗，太宗和侍臣們聽了這些話，無不流淚嘆息。朝臣們都請求大赦天下罪犯，太宗答應了朝臣的請求，長孫皇后聽說以后，堅決要求撤銷赦罪的決定，這個決定才沒有實行。

長孫皇后在病危時與太宗訣別。當時，宰相房玄齡因為小的過失觸怒了太宗，被免官回家，皇后強撐著病體對太宗說道：“房玄齡侍奉陛下最久，小心謹慎，可謂是個至忠至勤的人。您的各種定國大計，都是他參與策劃，他始終不曾透露過一個字，他沒有什么大的過失，希望您不要拋棄他。另外，我家族之人，僥幸成為皇親，既然不是因德高望重而被抬舉，就容易踏上危險境地，若要永久保全，一定不要讓他們把握重權，只以外戚的身份朝見皇上就很幸運了。我在世時，既對國家沒有什么益處，死了也不要厚葬。況且所謂葬，就是藏的意思，就是讓人們看不見。自古以來的圣人、賢人，都崇尚節儉、薄葬，只有無道的朝代，才大造陵墓，勞民傷財，被有智識的人們嘲笑。我死后只求依山而葬，不起墳墓，不用棺槨，埋葬我所需的物品，都用瓦木造就。儉薄送終，就是對我的懷念。”

公元636年（貞觀十年）6月，長孫皇后在立政殿去世，享年36歲。

長孫皇后曾撰述古代婦女的善事，刻成十卷《女則》，皇后親自為這部書寫了序言。還著論批評東漢明帝馬皇后，認為她不抑退外戚，使他們當朝掌握重權，是開其禍患之源而節其末節。并且告誡主管的官員道：“這些文章是我用來約束自己的。婦人的著述沒有條理，不想讓皇上看到，千萬不要對皇上說。”皇后去世后，宮中的官員把這些事奏明太宗，太宗讀了以后，把這些書拿給臣下們看，并且說：“皇后此書，足可以流傳后代。難道是我能割斷思念之情嗎？她常能規勸我，補足我的缺漏，如今，我再也不能聽到她的話了，我失去了一位賢德的助手，因此令人哀痛啊！”