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第三節(jié) SNOMED CT概念模型

一、SNOMED CT概念模型介紹

(一)概述

SNOMED CT作為一種基于本體的醫(yī)學(xué)術(shù)語體系,其中的概念代表了醫(yī)學(xué)上的臨床含義(clinical meaning),或者說是盡量接近醫(yī)生腦中對某種臨床現(xiàn)象或者臨床過程的認(rèn)知。經(jīng)過多年的專業(yè)學(xué)習(xí)及臨床實(shí)踐,醫(yī)生會(huì)對各種醫(yī)學(xué)知識根據(jù)領(lǐng)域的不同形成不同的認(rèn)知。如何將這些認(rèn)知模式轉(zhuǎn)換成計(jì)算機(jī)能夠“理解”和“處理”的形式,是SNOMED CT概念模型(concept model)要解決的問題。

SNOMED CT概念模型是一組規(guī)則,用于指定如何定義概念,它約束了可以應(yīng)用于每種類型概念的允許的屬性(attribute)和值集(range)。概念模型主要包括以下內(nèi)容:根概念(root concepts)和頂層概念(top level concepts)、子類型關(guān)系(subtype relationship)和屬性關(guān)系(attribute relationship)、概念定義(concept definitions)和概念表示方式[25]

(二)概念定義

概念通過子類型關(guān)系和屬性關(guān)系進(jìn)行定義,圖5-12中“病毒性肺炎”定義中包括2個(gè)父概念和4個(gè)屬性關(guān)系,通過這些關(guān)系使“病毒性肺炎”無歧義性,在SNOMED CT中為充分定義(fully defined)概念。當(dāng)然與之相對的是非充分定義(primitive)概念,表示概念具有歧義性,在SNOMED CT中可能存在其他概念與此概念具有相同的定義,圖5-13中“灼痛”是非充分定義概念,原因在于僅通過兩個(gè)父概念的限定并不足以對其充分定義,導(dǎo)致此概念具有歧義性。充分定義概念在SNOMED CT中非常重要,其應(yīng)用價(jià)值包括兩方面:一方面,可通過邏輯推理機(jī)對概念自動(dòng)分類;另一方面,基于充分定義概念的概念模型可以計(jì)算概念和表達(dá)式之間的等價(jià)性和包含關(guān)系,進(jìn)而可應(yīng)用于計(jì)算信息檢索、查詢、決策支持及臨床研究。SNOMED CT中充分定義概念10萬余個(gè)。

圖5-12 SNOMED CT充分定義概念

(三)充分定義和非充分定義概念

在SNOMED CT中,每一個(gè)概念都要明確是充分定義(Fully Defined)還是非充分定義概念(Primitive Concepts)。

如果一個(gè)概念是充分定義,其定義特征就足以將其與其他類似概念區(qū)分開。例如,|acute disease|概念可以通過兩個(gè)關(guān)系定義,形成完整定義。第一個(gè)關(guān)系是|is a|,它的值為|disease|;第二個(gè)關(guān)系是|clinical cause|,它的值為|sudden onset AND/OR short duration。值得注意的是,一個(gè)充分定義的概念意味著其他任何概念只要符合這樣的規(guī)則,就是該概念的子類型(或者就是該概念本身)。

如果一個(gè)概念的定義特征不足以把它和其他類似概念明確區(qū)分開,則該概念稱為非充分定義概念。例如,盡管非充分定義概念|disease|和|drugaction|指代不同的臨床意義,但二者的定義特征是一樣的。

(四)域和值集

概念模型是一組規(guī)則,用于指定如何定義概念,它約束了可以應(yīng)用于每種類型屬性允許的域和值集。域是可以應(yīng)用特定屬性的層級結(jié)構(gòu),通常是頂級層級結(jié)構(gòu)。值集指定每種屬性類型可使用的值域,由SNOMED CT概念集合組成。

圖5-13 SNOMED CT非充分定義概念

圖5-14中,“臨床表現(xiàn)”層級及其子概念的“臨床表現(xiàn)部位”屬性的值集為“解剖或后天身體結(jié)構(gòu)”概念及其所有子概念,對于“病毒性肺炎”的“臨床表現(xiàn)部位”屬性對應(yīng)的屬性值為“解剖或后天身體結(jié)構(gòu)”的子概念“肺部結(jié)構(gòu)”。

圖5-14 概念模型域和值集示例

二、概念表示方式

SNOMED CT概念表示方式包括本章第二節(jié)中介紹的前組表達(dá)式和后組表達(dá)式,同時(shí)使用可伸縮矢量圖(Scalable vector graphics,SVG)對后組表達(dá)式進(jìn)行可視化展示。

圖5-15中“病毒性肺炎”在SNOMED CT中對應(yīng)表達(dá)式:

前組表達(dá)式:75570004 Viral pneumonia(disorder)

后組表達(dá)式:

此概念對應(yīng)的SVG圖見圖5-15。

圖5-15 “病毒性肺炎”概念SVG圖(充分定義概念)

圖5-13中“灼痛”對應(yīng)表達(dá)式:

前組表達(dá)式:36349006 |Burning

pain(finding)|

后組表達(dá)式:

此概念對應(yīng)的SVG圖見圖5-16。

圖5-16 “灼痛”概念SVG圖(非充分定義概念)

三、臨床表現(xiàn)的概念模型

臨床表現(xiàn)(Clinical finding)表示臨床觀察、評估或診斷結(jié)果,包括正常和異常的臨床狀態(tài),例如哮喘、發(fā)熱、咳嗽等概念。臨床表現(xiàn)概念定義可用的屬性,如表5-6所示。

四、臨床操作的概念模型

操作描述的是在提供醫(yī)療保健服務(wù)中執(zhí)行的多種行為,這個(gè)概念層級體系用來描述的行為較為寬泛,包括但并不局限于侵入性操作、藥品使用、影像操作、教育性操作和管理型操作等,例如287309009|Lungcystremoval(procedure)|、767002|White blood cell count(procedure)|等。操作概念定義可用的屬性如表5-7所示。

表5-6 臨床表現(xiàn)屬性類型

表5-7 臨床操作屬性類型

續(xù)表

五、解剖部位的概念模型

包括正常及異常的解剖結(jié)構(gòu),“正常解剖結(jié)構(gòu)”概念可被用來指定某種疾病、操作所涉及的身體部位,如表5-8所示。

表5-8 身體結(jié)構(gòu)屬性類型

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