1941年6月21日晚，古老的莫斯科城在經歷了白晝的喧鬧之后，已歸于寧靜，靜得讓人陶醉，讓人流連，仲夏的莫斯科，夜色真美。
一陣急促的電話鈴聲驚動了朱可夫，他預感到一種危險，他抓起話筒，聲音有些顫抖，急切地說：“我是朱可夫，有什么新情況。”
一向沉穩的基輔軍區參謀長普爾卡耶夫中將給他帶來了壞消息。他說，一個德軍司務長向蘇軍邊防部隊投誠，供稱德軍已開始進入出發地域，將在22日晨向蘇聯發動大規模進攻。
朱可夫立即將這一消息向鐵木辛哥、斯大林作了匯報。斯大林沉默了一會，然后命令鐵木辛哥、朱可夫、瓦圖京立即到他那里去。朱可夫等人匆匆趕到克里姆林宮，接著政治局委員們也來了。
斯大林很憂慮，在桌旁踱來踱去。他問：“我們該怎么辦？”
沒有人應聲。
“應該立即命令邊境各軍區所有部隊進入一級戰備狀態。”鐵木辛哥打破令人窒息的寂靜，輕聲對斯大林說。
“把命令讀一下。”斯大林說。
朱可夫把在總參謀部擬訂的命令草稿讀了一遍。他強調說：“必須根據既定地擊退敵人任何進攻的作戰計劃采取堅決行動。”
這時，斯大林有點不耐煩地打斷朱可夫的話說：“現在下達這樣的訓令太早，也許問題還可以和平解決。應該下達一個簡短的訓令，指出進攻可能從德軍的挑釁行動開始。邊境各軍區的部隊決不要上挑釁的當，以免引起麻煩。”
朱可夫立即叫來第一副總參謀長瓦圖京，兩人根據斯大林的指示迅速擬定了一份國防人民委員的命令草稿，即第一號命令，然后回到斯大林辦公室。斯大林詳細閱讀了命令草案，并作了一些修改。命令全文如下：
列寧格勒軍區、波羅的海沿岸特別軍區、西部特別軍區、基輔特別軍區、敖德薩軍區軍事委員會：
抄送：海軍人民委員會。1941年6月21日到23日德國可能在列寧格勒軍區、波羅的海沿岸特別軍區、西部特別軍區、基輔特別軍區、敖德薩軍區正面實施突然襲擊。襲擊可能從挑釁行動開始。
我軍的任務是：不受任何挑釁行動的影響，以免使問題復雜化。與此同時，列寧格勒、波羅的海沿岸、西部、基輔、敖德薩各軍區部隊進入一級戰斗準備，以防德軍或其盟軍可能的突然襲擊。
命令：
1941年6月21日夜間，隱蔽占領國境筑壘地域各發射點；
1941年6月22日拂曉前，將全部飛機、包括陸軍航空兵的飛機，分散到各野戰機場，并加以周密偽裝；所有部隊進入戰斗準備，軍隊應分散、偽裝；防空部隊不待補充兵營到達，立即進入戰斗準備。城市和目標地區應采取燈火管制的一切措施；在沒有特別命令的情況下，不得采取任何其他措施。
鐵木辛哥、朱可夫等人懷著不安的心情離開克里姆林宮以后，回到國防人民委員會的辦公室里。
斯大林在朱可夫等人走后自言自語地說：“我想這是希特勒的挑釁，難道他真的敢發動對蘇戰爭？”
斯大林望著寂靜無人的大街有些出神。他絕沒有想到，德國的飛機已經侵入蘇聯的領空轟炸蘇聯的城市和機場，法西斯的坦克正隆隆開向蘇聯邊境，希特勒的將領們正越來越頻繁地看著自己的手表，表盤上的指針正一分一分地向發起進攻的決定性時刻逼近。
6月22日3時許，德軍出動約2000架飛機，突然襲擊蘇聯西部66個機場以及其他軍事基地、交通樞紐和重要城市，并以數千門火炮猛烈轟擊蘇聯西部邊境地區，揭開了“巴巴羅薩”行動的序幕。
德軍選擇6月22日作為進攻蘇聯的發起日，是經過精心計算的。
首先，這一天是星期天，蘇軍的大部分軍官都去度假了，只有一小部分軍官留在崗位值班；其次，這一天恰好是夏至后的最后一天，晝長夜短，在戰役的最初日子里，德軍一天可以戰斗18個小時，這對于迅速取得對蘇戰爭的勝利是極為有利的。
德軍進攻的具體時間也是經過精確計算的。德軍在確定具體進攻的時間時有幾種不同的意見，德軍陸軍總司令部一向奉行傳統的軍事理論，認為德軍進攻的時間應定在6月22日清晨，也就是在拂曉發起進攻。
德國空軍總司令部卻堅決反對陸軍的觀點。空軍將領們認為，參加第一波攻擊的大約900架飛機在黑夜中無法找到目標。
如果陸軍在拂曉時分發起進攻，空軍的飛機從前沿和內地，頂多能夠與地面部隊同時越過邊境，此后平均還要飛30分鐘才能對蘇聯機場實施攻擊，這就給蘇聯空軍大約30分鐘的預警時間，這樣德國空軍將無法實現將蘇聯飛機消滅在地面上的任務，這對“巴巴羅薩”計劃追求的突然性是十分不利的。
兩種意見各執一詞，最后陸軍的觀點略占上風。
4時30分，德軍北方、中央和南方3個集團軍群共152個師以裝甲摩托化部隊為先導，在空降兵部隊的配合下，從波羅的海至喀爾巴阡山一線約1500公里寬的正面上，分北、中、南三路向蘇聯發動全線進攻。
德軍北方集團軍群在處事謹慎、行動保守的勒布元帥指揮下，以第四裝甲集群為中路，第十八和第十六集團軍為左右兩翼，由第一航空隊支援，自東普魯士的柯尼斯堡以東地域向陶格夫匹爾斯、普斯科夫、列寧格勒總方向實施進攻，企圖消滅波羅的海沿岸地區的蘇軍集團，占領那里的港口和海軍基地，攻取列寧格勒，與芬軍會師。
中央集團軍擔任主攻任務，轄第四、第九集團軍和第三、第四裝甲集群，第二航空隊擔任支援任務，由在西線戰役中立下赫赫戰功的博克元帥指揮，德國裝甲兵的締造者古德里安擔任先鋒。中央集團軍的任務是由東普魯士的蘇瓦烏基地域和波蘭的華沙地域向比亞韋斯托克突出部、明斯克方向實施鉗形突擊，圍殲蘇軍西方面軍主力，爾后向斯摩棱斯克方向發展進攻。
南方集團軍群轄第六、第十七、第十一集團軍和第一裝甲集群，第四航空隊進行空中支援，由龍德施泰特元帥指揮。其任務是：左路從波蘭的盧布林地域向基輔方向和第聶伯河下游實施突擊，通過迂回包圍阻止蘇軍退過第聶伯河；右路從羅馬尼亞向第聶伯河下游發起進攻。
忙了一夜的斯大林正準備睡一會兒，感覺有人在輕輕地敲門。斯大林心里一陣發緊，已經是6月22日凌晨4時，還從來沒有人在這個時候把自己叫醒。難道德國真的向蘇聯進攻了？
斯大林裹緊睡衣走了出來，衛隊長有些不安地報告說：“朱可夫大將有急事向您請示，請您接電話。”
斯大林走到電話機旁，拿起電話。
朱可夫語言急促，簡明扼要地向斯大林報告了德國空襲的情況，他說：德國的飛機空襲了基輔、明斯克、塞瓦斯托波爾以及其他一些城市。
斯大林發出了急促的呼吸聲。這太出乎他的意料了。斯大林還清楚地記得兩年前希特勒在他60歲生日時發來的賀電，賀電說：
約瑟夫·斯大林先生：
在你60壽辰之際，請接受我最衷心的祝賀，并為此表達我最良好的祝愿。祝你健康長壽，祝友好的蘇聯各族人民前程似錦。
斯大林默不做聲。朱可夫又急切地說：“斯大林同志，您明白我的意思了嗎？”
斯大林驚了一下，遲疑了一下，然后用嘶啞的嗓音說：“你讓鐵木辛哥他們到克里姆林宮來吧，然后告訴波斯克列貝舍夫，讓他把政治局的全體委員都叫來。”
斯大林放下話筒，在桌邊呆呆地站了一分鐘。希特勒怎么敢同時在兩線作戰？他簡直是一個瘋子！應該再與柏林方面聯系一下。
這時政治局委員們躡手躡腳、小心翼翼地進來了。朱可夫、鐵木辛哥跟在后面。此時，斯大林臉色蒼白，手里拿著裝滿煙絲的煙斗，默默地坐在桌旁，他吩咐了一句：“同德國大使聯系一下吧！”
莫洛托夫很自覺地出去了。屋子里一片寂靜，只聽見人們的呼吸聲。在座的除朱可夫、鐵木辛哥外，還有安德烈耶夫、卡岡諾維奇、米高揚、加里寧、貝利亞、馬林科夫等人。
過了不一會兒，莫洛托夫走了進來。斯大林與他的同事們緊張地看著莫洛托夫，希望從他那里能得到好消息。莫洛托夫回到自己的座位前，用有些沙啞的聲音輕聲說道：“舒倫堡通知我們，德國政府為了預先防止俄國人正在準備的進攻，向我們開戰了。”
房子里靜悄悄的，除了人們的呼吸聲外，一點聲音也沒有，就連一根針掉到地上也能聽見。
這時鐵木辛哥打破沉默，輕聲問斯大林：“斯大林同志，我們是不是立即分析一下當前的局勢？”
斯大林答應說：“談談當前的情況吧！”
第一副總參謀長瓦圖京中將走了進來。但是他并沒有帶來多少新的消息，他說：“邊境的情況尚不十分清楚，就目前掌握的情況看，德國的大部隊在猛烈炮火和飛機的掩護下，已經在西部和西北部許多地區越過邊界，侵入我國，至于雙方的傷亡情況目前尚不清楚。”
朱可夫補充說：“應該集中西部所有的兵力猛烈還擊德軍的進攻，制止他們的進攻。”
鐵木辛哥進一步補充說：“應該以還擊敵人的打擊，不是制止，而是殲滅！”
斯大林說了一句：“就照此下命令吧！”
6月22日7時15分，蘇聯國防人民委員會向各軍區發出了第二號命令。命令要求各部隊使用一切力量及手段進攻德軍并將其殲滅在邊境地區，轟炸航空兵和強擊航空兵要以強大打擊將德空軍消滅在機場上并轟炸其地面部隊的主要集團。航空兵應深入德國領土100至150公里實施打擊。
很顯然，蘇軍的意圖是頂住德軍的進攻，并迅速將戰火推向德國。
結果，許多師只是在德軍轟炸和炮擊后才緊急動員起來，一些部隊和兵團尚沒有到達指定地域，就在途中遭遇了德軍的坦克部隊，被迫在行進中投入戰斗。
第二道命令由于通訊設施遭到德軍的破壞，各軍區和各集團軍沒能迅速接到命令，而且接到命令的部隊也無法按照命令的要求去執行。蘇軍在德軍的突然襲擊下，陷入一片混亂。潰散的蘇軍與連綿不斷的難民群混在一起，局勢十分混亂。
斯大林焦慮不安地在辦公室里走來走去，他不知道德軍統帥部會不惜一切代價，不顧在他們的身后留下多少蘇軍，徑直地向蘇聯縱深挺進。
戰爭已經燒向蘇聯領土，必須將這一消息告訴蘇聯人民。由誰來把德軍進攻蘇聯的消息告訴人民呢？大家很自然地想到了斯大林，可是斯大林卻出人意料地拒絕了。
斯大林為什么會拒絕呢？
在蘇聯歷史上曾流傳著一種觀點，認為斯大林作出這樣的決定，是因為他心灰意冷，他不知道對人民說什么好，因為他一直在告訴人民不會發生戰爭，即使發生戰爭，敵人也將在他自己的領土上被粉碎等。而現在，必須承認蘇聯正在遭受失敗。
其實，這一說法是沒有多少說服力的。因為在決定發表講話時是在清晨，那時在莫斯科還沒有人知道蘇軍在初期的戰斗中遭受了失敗，因此斯大林不愿發表講話，并不完全是因為這一點，更大的可能性是此時斯大林還不知道邊境上的事將如何發展。他不愿意在局勢不明時輕易向人民說什么，因為這樣有可能動搖他的威信，他不愿為此去冒無謂的風險。
22日清晨，斯大林還沒有聽到勝利的戰報，但是他心中還是堅信，兩三周之后他將懲罰希特勒的背信棄義，到那時他才會出面向人民宣布，我們打敗了背信棄義者的無恥進攻。
中午12時整，莫洛托夫遵照斯大林的指示，發表了廣播講話。
今天早晨4點，德國軍隊未向蘇聯政府提出任何口實，未經宣戰就對我國發動了進攻，在許多地方侵入了我國國境，派出飛機轟炸了我們的城市，我國人民面對兇惡敵人的進攻已經不是第一次了。我們的人民用衛國戰爭回敬了拿破侖的進攻并使他遭到失敗。
現在我們面對著兇惡的希特勒分子發動的反對我國的新的進軍，紅軍和全體人民一定要把保衛祖國，保衛幸福，保衛自由的勝利的衛國戰爭進行到底。我們的事業是正義的，敵人必敗，勝利一定屬于我們。
斯大林焦急地在等待著前線的消息，他不斷詢問鐵木辛哥、朱可夫和瓦圖京，要求得到邊境戰況和第二號命令執行的情況。
斯大林不時地問：“你們究竟什么時候才能把邊境的戰斗情況清清楚楚地報告上來？西方面軍司令巴甫洛夫、西南方面軍基爾波諾斯、西北方面軍司令庫茲涅佐夫都在干什么？總參謀部在干什么？現在戰斗到底在什么地方進行？敵人在哪里？”
情況不明使斯大林的情緒十分壓抑，他再也不能等待了，他在辦公室里走來走去，最終決定，派人到前線實地了解一下戰斗情況。
13時，斯大林指出：“我們的各個方面軍司令員缺乏足夠的作戰指揮經驗，看來有點慌。因此決定緊急派遣大本營有權威的代表到西南方面軍和西方面軍去。去巴甫洛夫處的是沙波什尼科夫和庫利克，去基爾波諾斯處的是朱可夫。現在就立即出發，乘飛機去。”
總參謀長朱可夫問了一句：“在目前復雜情況下，有誰來領導總參謀部呢？”
斯大林答道：“把瓦圖京留下，我們這里還可以對付。”
斯大林終于等來了消息。據有關消息說，由于蘇軍的頑強抵抗，德軍的進攻已被擊退。鐵木辛哥立即發布了第三號命令。
命令要求：
西北方面軍及西方面軍應采取集中突擊的辦法包圍并殲滅敵蘇瓦烏基集團，至24日黃昏時占領該地區。
西南方面軍應以若干機械化軍和全部空軍，以及第五、第六集團軍其他部隊的集中而強大的突擊包圍并殲滅在弗拉基米爾—沃倫斯基及布羅德方向上進攻的德軍集團。
至6月24日黃昏時占領盧布林地區。
斯大林補充說：“在從波羅的海直至與匈牙利接壤的國境線上，我允許越過國境線，可不受國境線的限制。”
但是，這些命令要么是根本就沒有送達，要么是難以執行，要么是無力執行，要么是在執行中遭受慘敗。
完全沒有準備的蘇軍在德軍的突然打擊下，損失慘重，僅戰爭第一天，蘇軍就損失飛機約1200架，其中800余架被擊毀在機場上，德國空軍成功地奪取了制空權。
德軍的裝甲、摩托化部隊也迅速突破蘇軍防線，向前推進了50公里至60公里，邊境地區的軍用倉庫、儲備的武器裝備和軍需物資幾乎全部落入德軍之手。
西方面軍損失最為嚴重。西方面軍的兵力集中在比亞韋斯托克突出部，該突出部是一個凸向波蘭的弧形區域。
西方面軍把3個集團軍一線部署在突出部的北、西、南三個方向，北邊是庫茲涅佐夫指揮的第三集團軍，中間是戈盧別夫指揮的第十集團軍，南邊是科羅布科夫指揮的第四集團軍。3個集團軍孤零零地部署在突出部，就像并肩排列在德軍張開的大口中，德軍只要上下一合牙，就能把他們吃掉。
博克將自己的部隊分成兩路，像鐵鉗一樣從突出部的南北兩翼夾向蘇軍集團，沒有任何準備的蘇軍很快陷入了極為不利的局面，僅戰爭第一天，博克的中央集團軍就將蘇軍的3萬余人重重包圍，第四天就攻到了蘇聯西部重鎮明斯克。
聽到這一消息，斯大林大發雷霆。德軍在幾天內就逼近了明斯克，如果不迅速堵住它的進攻，德軍將很快突入斯摩棱斯克，直接威脅蘇聯的首都莫斯科。看來，德軍進攻的主要方向不是自己預想的西南方向，而是最直接、能給蘇聯帶來最大威脅的正西方向，必須加強對這一方向的指導。
他迅速打電話給正在西南方面軍的朱可夫，急切地說：“西方面軍形勢嚴重，敵人逼近了明斯克。我不明白巴甫洛夫是怎么了？庫利克元帥在哪里？沙波什尼科夫在這關鍵時刻又生病了，你能不能馬上飛到莫斯科來！”
6月26日深夜，朱可夫急匆匆趕回莫斯科，從飛機場直接來到斯大林的辦公室。當他走進斯大林辦公室時，國防人民委員鐵木辛哥、第一副總參謀長瓦圖京正筆直地站在斯大林的身旁，他們臉色蒼白，面容消瘦，眼睛布滿血絲。
朱可夫認為，現在西方面軍的形勢極為嚴重，單靠它本身的力量已經無法擋住德軍的進攻，必須調集新的部隊，加強那里的防御。
鐵木辛哥、瓦圖京表示同意朱可夫的分析。最后，他們決定：立即組織第十三、第十九、第二十、第二十一、第二十二集團軍，在西維德納—波洛茨克—維捷布斯克—奧爾沙—莫吉廖夫一線占領防御，并使用統帥部預備隊的第二十四和第二十五集團軍。在斯摩棱斯克—戈梅利一線建立第二道防線，同時迅速在莫斯科組建兩三個集團軍。目的是，在通往莫斯科的道路上建立縱深梯次防御，疲憊德軍，將其阻止在某一區域，然后伺機反攻。斯大林批準了這一建議。
但是，氣勢正盛的德軍并沒有給蘇軍以喘息之機。
6月28日，德軍裝甲部隊攻占明斯克，封閉了對蘇軍西方面軍的大包圍圈。同日，隨后跟進的德軍第四、第九集團軍在比亞韋斯托克以東地域會合，完成了對蘇軍的近距離合圍，將比亞韋斯托克小包圍圈同東部的新格魯多克大包圍圈完全分割開來，蘇軍損失慘重。
斯大林聽到這一消息，再也忍耐不住自己的憤怒。一個方面軍司令怎么在一個星期之內把什么都丟得干干凈凈呢？當初自己任命巴甫洛夫為西部特別軍區司令員時，巴甫洛夫給自己的印象不錯，他在報告時條理清楚，顯得老成持重，很有信心。他參加過第一次世界大戰、國內戰爭、中東鐵路之戰、支援過西班牙國內戰爭，并且由于戰功卓著，而被授予蘇聯英雄稱號，后來又參加過蘇芬戰爭，應該說是久經沙場了。
唯一不足的是他還缺乏統帥大部隊的經驗和智慧，對錯綜復雜的環境還缺乏足夠的應變能力。
實際上，斯大林在極度缺乏高級指揮員的時代，提拔巴甫洛夫沒有錯。巴甫洛夫富有愛國精神、大膽、英勇、敬業，他在戰爭威脅面前，曾有一定的警惕。
巴甫洛夫從1940年8月起，舉行過5次集團軍級的野戰演習，1次集團軍級的指揮員和司令部就地作戰演習，5次軍級的作戰演習，1次方面軍級的演習，1次有兩個坦克軍參加的無線電演習，2次師級和1次軍級操練。
他仔細地注視著敵軍的部署情況，一再向國防人民委員會提出將軍區部隊由縱深調至邊境地區。巴甫洛夫知道德國人準備發動突然襲擊，所以請求允許進駐國境沿線的野戰工事，但是他的請求沒有得到國防人民委員會的允許，他們害怕這樣會招來德國人的進攻。
斯大林沒有去想這些，也沒有去想西方面軍面臨的是數倍的德軍，更沒有去想由于自己的失誤，使西方面軍的部隊在戰爭爆發時，軍區還在進行整編，5個坦克軍、1個空降軍、3個反坦克旅都沒有組建完畢，物資裝備都不齊全。斯大林唯一想起的是，巴甫洛夫的西方面軍在連連打敗仗。
斯大林呆呆地站在窗前，一動不動地注視著莫斯科的夜色。他不由得想起圖哈切夫斯基以前給自己寫的一封信，其中一段話還記得很清楚：“未來的戰爭將是發動機的戰爭。裝甲坦克部隊的集中可以形成強大的突擊拳頭，要抗御他們是很不容易的。”
他設想如果讓圖哈切夫斯基處在巴甫洛夫的位置，也許很多事情就會是另一番景象。看來，現在要扭轉不利局面，最直接、最有效的辦法就是撤換軍事長官，加強對軍隊的指揮，改變目前的混亂局面。
6月30日，斯大林打電話給總參謀長朱可夫，命令召回西方面軍司令巴甫洛夫，宣布解除他的職務，由鐵木辛哥接任他的職務。
與巴甫洛夫一起被解除職務的還有方面軍參謀長克利莫夫斯基赫少將、方面軍通訊主任格里戈里耶夫少將、第四集團軍司令員科羅布科夫少將。不久，這些人立即被送交軍事法庭，以叛國罪、瀆職罪判處死刑，并沒收全部個人財產。
在西北方向組織防御的是西北方面軍的第八、第一和第二十七集團軍，共有44萬人，庫茲涅佐夫任司令員。西北方面軍與防守列寧格勒的北方面軍合作，由伏羅希洛夫元帥統一指揮。他們的主要任務是，防守蘇聯十月革命的搖籃、有蘇聯第二首都之稱的列寧格勒。
德軍的攻勢十分凌厲，很快占領了維爾紐斯、陶格夫匹爾斯、里加。斯大林再也按捺不住對庫茲涅佐夫的失望，他決定改組西北方面軍，撤銷庫茲涅佐夫上將司令員的職務，由原第八集團軍司令索賓尼科夫少將接任，瓦圖京中將任參謀長。
但是，倉促改組的班子一時無法扭轉被動局面，德軍就像潮水一樣繼續向蘇軍沖來，處于被動之中的蘇軍不僅沒有還手之力，更沒有招架之功。集團軍在寬大的正面上作戰，又沒有建立縱深梯次防御所需的兵力兵器，預備隊又沒能及時趕到。
結果，德軍從行進間占領了普斯科夫城，打開了通往列寧格勒的最后一道門戶。
西南方向的情況盡管比前面兩個方向要好些，但是也不妙。至7月初，德軍在南翼推進了300至350公里，蘇軍在南翼共死約17.2萬人，傷6.9萬人，平均每天死傷1.6萬人。
這樣，在短短的3個星期，蘇軍就后退了300至600公里，德軍占領了拉脫維亞、立陶宛全境、白俄羅斯大部、烏克蘭和摩爾達維亞的部分領土，并進入蘇聯聯邦西部，進抵列寧格勒接近地，威脅到斯摩棱斯克和基輔。蘇軍死58萬余人，傷10余萬人，并損失了大量物資裝備。
蘇聯曾竭力掩蓋自己的失利，隨著歲月的流逝和蘇聯的解體，蘇軍嚴重失利的原因逐步浮出水面。從總體上看，蘇軍在戰爭初期嚴重失利的原因是多方面的，其中最主要的原因有以下幾個方面：
首先，蘇德戰爭爆發時間判斷失誤是造成蘇軍失利的首要原因。前蘇軍總參軍事學院院長伊萬諾夫大將認為，時間判斷失誤對蘇軍的初期失利起了決定性的影響。朱可夫元帥也曾指出：“對時間判斷錯誤這個消極因素，作用雖然逐漸減弱，但極大地增強了德軍客觀上的優勢，加強了他們暫時的優勢，造成了我們在戰爭初期的嚴重情況。”
譬如，由于通信指揮系統尚未做好迎戰的準備，結果到6月21日向西部邊境軍區下達進入一級戰備的命令時，朱可夫、鐵木辛哥從21日17時左右開始，直至22日零時30分才下達完畢，歷時7個半小時。
戰爭開始后，由于有線通信遭受嚴重破壞，大部分部隊又沒有無線電通信工具，上下左右之間的聯系十分困難，各部隊各自為戰，局勢一片混亂。統帥部不得不根據主觀意志定下決心，這種狀況又進一步加劇了混亂。
國防人民委員會和總參謀部的組織體制也不符合戰時要求，因而不得不加以改組。結果造成大規模的人事變動。僅以總參謀部為例，六七月間變動了393人，而且主要是領導干部。
作為軍隊大腦的總參謀部，在戰事緊急的情況下做如此大規模的人事變動，其后果是可想而知的。
其次，是對蘇德戰爭初期戰法判斷失誤。蘇聯對德國侵略是有一定警惕的，但對德國一下子投入規模如此巨大的兵力實施首次突擊卻沒有料到，認為兩軍將先在邊境交戰，然后才會投入主力作戰。
這樣蘇軍在防御時缺乏縱深梯次防御，兵力部署主要在國境一線上。蘇軍準備在邊境交戰后才進行全面動員，集中和展開主力準備決戰，這大大延誤了戰機，喪失了御敵良機。
加上戰前制訂的作戰計劃以及部隊的部署、邊境筑壘工事的構筑、倉庫和作戰物資的配置都深受御敵于國門之外和對戰爭初期認識的影響。
戰前蘇軍總參謀部提出并幾經修訂的作戰計劃，始終把以強大的反擊將戰斗行動迅速推到德領土上去視為主導思想，計劃根本沒有考慮在德軍大規模進攻下的防御問題，更不要說必要的退卻了。
在軍隊的部署上，擔任掩護的第一梯隊只有少數部隊配置在國境線上，大部分軍隊駐在離邊境8至20公里或更遠的營房里。而預備隊又分布在離邊境不遠的地區，根本沒有考慮縱深防御、物質技術器材的儲備點，機場也是從便于部隊反擊考慮的，大多配置在離邊境近的地域。因此，戰爭爆發后，在德軍強大炮火和航空火力的突擊下損失慘重。
斯大林對德軍主突方向判斷失誤與西方面軍的失利也密切相關。
戰前，斯大林認為，德軍未來對蘇作戰的主要突擊方向將在西南方向，因為在他看來，蘇德戰爭將是一場長期的大規模戰爭。
斯大林在與朱可夫談及蘇德戰爭時多次說：
德國是一個缺乏資源的國家，他們如果沒有烏克蘭的石油等資源，德國法西斯是不可能進行長期的、大規模戰爭的。
斯大林的這一分析從戰略的角度看是有道理的，但是他沒有充分估計到希特勒為了避免戰爭長期化，而采取“閃擊戰”戰略。希特勒的企圖是以己之長，擊蘇之短，化不利因素為有利因素，速戰速決。
當然，從客觀上看，還有兩個不容忽視的原因。
一是斯大林曾是蘇聯國內戰爭時南方面軍和西南方面軍的軍事委員會委員，對糧食和煤對蘇維埃共和國的重要性有著特殊的感情。
二是在斯大林智囊團的構成中，基輔特別軍區的比重很大。在戰爭前夕，在總參謀部的主要職位上大部分是從基輔特別軍區提拔上來的，如鐵木辛哥、朱可夫、瓦圖京，他們與斯大林一樣“在某種程度上都認為西南方向是首要的”。
而事實上，德國陸軍認為，“向莫斯科總方向進攻，成功的機會最大”，因為一旦德軍在西方向的首次突擊成功，蘇軍必將集中主力于該方向以保衛莫斯科。這樣可以置烏克蘭的蘇軍于不利地位。
由于錯誤地認為德軍的主突方向將在西南方向，蘇聯制訂作戰計劃時，很自然地把西南方向作為蘇軍防御的重點。蘇軍在這里部署了90個師共86萬人，占西部邊境各軍區總兵力的47%。
其結果是，蘇聯的西方面軍不得不抗擊幾倍于己的德軍的突擊，從而陷入極為不利的地位，而到蘇軍察覺時，又不得不把早先集中在烏克蘭和后來調往那里的第十九集團軍全部、第十六集團軍的大部轉移到西部方向，編入西方面軍，從行進間進入交戰。
在戰爭初期，蘇軍的許多部隊就這樣不是在與德軍作戰，而是在忙于調整部署，這大大削弱了這些部隊的戰斗力，喪失了殲敵的良機。
肅反擴大化給人們內心造成的影響具有很強的慣性力，是蘇聯不能扭轉錯誤政策的重要因素。雖然到1938年秋，肅反擴大化有所收斂，一部分被捕的指揮員被放了出來，而且重新擔任了領導職務。但是，即使至1940年和1941年，懷疑、告發之風仍十分盛行。
戰前不久，塔斯社公布了一則備忘錄，對那些聽信所謂德國對蘇聯懷有敵意的謠言的人又指責、又威脅，紅軍空軍司令員雷恰戈夫和防空司令員什捷爾尼都是在那時被捕和被殺的，至戰爭爆發，副國防人民委員梅列茨科夫還遭到逮捕。
蘇德戰爭爆發前的這種氣氛是致命的。特別是在判明德軍入侵、德軍主要突擊方向和未來作戰特點等事關全局的問題上，人們或是唯命是從，或是規避卸責。
從大量的材料看，鐵木辛哥、朱可夫等一批造詣很深的行家，通過分析大量的情報，對蘇軍所面臨的大規模的突然襲擊的嚴重威脅，以及未來作戰樣式是有一些正確判斷的。但是他們無法向斯大林說明這一點，也無權采取應有的措施防止這種危險造成危害。
1941年6月13日，鐵木辛哥與朱可夫打電話給斯大林，要求批準下令邊境軍區部隊進入戰斗準備，并根據掩護計劃展開第一梯隊，斯大林一句“不能完全相信偵察”就把一切都擋回去了。讓人壓抑的氛圍是無形的，這對初戰的失利也不無關系。