口服給藥系統（oral drug delivery system，ODDS）系指藥物經口服后，通過胃腸道黏膜吸收進入血液循環，起到局部或全身治療作用的給藥體系。較其他給藥途徑相比，它具有給藥方式相對簡單、方便，患者用藥順應性高等優點。

基因工程藥物直接口服給藥，生物利用度往往只有0.1%～2%或更低，因為在給藥過程中機體的物理、化學和生物學屏障會影響其遞送：物理屏障，如黏膜以及到達靶點之前必須穿過的各種不同的組織器官；化學屏障，如pH的變化、脂質雙層膜和降解酶等；生物學屏障，如細胞吞噬、膜轉運通道等。這些問題使得基因工程藥物口服給藥成為難度最大的給藥途徑。

提高基因工程藥物口服吸收的方法有：①使用吸收促進劑：常用的促進劑包括水楊酸、膽酸鹽、脂肪酸、螯合劑、酰基肉堿等，某些氨基酸衍生物也能促進降鈣素、干擾素和生長激素等藥物的口服吸收；②抵抗酶的降解：通常應用PEG修飾多肽或使用酶抑制劑，能使多肽類藥物抵抗酶的降解；③制成如微乳、納米粒（nanoparticle）、生物黏附性顆粒等微粒制劑應用，比如直徑為100nm的聚乙交酯（PLG）納米粒在腸道中大部分能被吸收，對黏膜具有黏附性的多聚物給藥系統是目前研制基因工程藥物口服制劑的熱點；④將多肽與維生素B ₁₂連接，通過受體介導促進藥物口服吸收；⑤用脂肪酸修飾多肽，提高脂溶性。此外，結腸腔內消化酶活性低，所以常利用結腸作為基因工程藥物的吸收部位。酶抑制劑與給藥載體結合，也可以提高基因工程藥物的吸收。