由于待純化的混合物組分復雜，因此在純化過程中填料的選擇及合理的串聯手段是影響產品純度及收率的重要因素。純化過程中不僅要控制蛋白的純度和收率，還應控制外源性DNA殘留量、宿主蛋白殘留量及細菌內毒素均在規定限度以下。純化過程中，每一步均應測定純度，計算提純倍數及回收率，確定純化生產工藝，確保提純物批次一致性。對于純度的要求，可根據生物制品的用途、用法來確定。