正常門靜脈由脾靜脈和腸系膜上靜脈在胰頸后方匯合而成，在肝十二指腸韌帶內行于膽總管和肝固有動脈的后方向右后上方斜行，于第一肝門區呈“T”型分為左支及右支，門靜脈分叉可位于肝內或肝外，左支先橫行向左，稱為橫部，再以90°~120°的角度彎向前方，稱矢狀段，于橫部左端發出左外葉上段支，行向左后上方，于矢狀段末端左側壁發出左外葉下段，行向左前方，矢狀段末端右側壁發出左內葉支至左內葉；右支較粗短，于肝內分為右前支和右后支，右后支為門靜脈右支的直接延續，又分為右后葉上、下段支。門靜脈左支較細，向前上方走行發出分支至左肝相應部位。門靜脈CTA可顯示正常人門靜脈的6級以上分支，呈輻射狀，從主干至各級分支門靜脈管徑逐級變細，密度均勻（圖1-3-3-1）。

文獻報道，上述典型肝內門靜脈分支構型占86.6%。另外有5.6%的人門靜脈主干在肝門處呈三叉狀直接分為左支、右前支和右后支（圖1-3-3-2）；4.9%的人門靜脈先分出右后支，然后上行分為左支和右前支；2.9%門靜脈右前支源于左支。其他罕見變異包括門靜脈左支水平段或右支缺如、門脈主干呈袢狀進入肝右葉并在肝實質深部發出分支等。

正常門靜脈主干的胚胎發育是從遠端的腸系膜上靜脈和脾靜脈→背側橫吻合→右卵黃靜脈→肝臟，此時的門脈主干走行于胰頭和十二指腸上段的背側，位于膽總管的左側沿肝十二指腸韌帶走行，在肝門部轉向肝管之后。如果門脈主干因各種因素不是在背側橫吻合而是在腹側橫吻合，以致門脈主干走行于胰和十二指腸的腹側，形成十二指腸前門脈主干的變異，此時易合并多脾綜合征等先天畸形。

當門靜脈主干及其分支的任何一部分，發生先天性局限性呈圓形、卵圓形或紡錘形擴張，即形成門靜脈瘤，也稱先天性門靜脈瘤樣擴張。肝內門靜脈分支擴張，特別是接近末梢的肝內門脈瘤，很容易并發門脈靜脈瘺或者門脈動脈瘺。先天性門靜脈瘤特征為無肝硬化或門脈高壓病史。

門靜脈屬支除腸系膜上靜脈、脾靜脈之外，還有腸系膜下靜脈和較為細小的胃左靜脈（又稱冠狀靜脈）、胃右靜脈、胃結腸靜脈、膽囊靜脈、臍周靜脈等。胃左、胃右和胃結腸靜脈在門脈主干起始處附近匯入門脈，膽囊靜脈和臍周靜脈分別與門靜脈右支和左支相連，而腸系膜下靜脈多匯入脾靜脈。此外尚有胃短靜脈和胃網膜靜脈匯流入脾靜脈和胃結腸靜脈中。

門靜脈主干及分支直徑受生理和病理因素的影響，生理因素包括體位、呼吸及飲食等，有作者通過測量門靜脈主干的直徑來判斷門脈高壓的程度，有待于進一步的探討。一般認為MRA上正常門靜脈主干直徑應小于14mm，胃左靜脈直徑小于6mm。若超過以上數值，須懷疑有門靜脈或脾靜脈高壓的可能。CTA對門靜脈的觀察以多層面容積重建（MPVR）及最大密度投影（MIP）為優，以左旋30°左右且后仰 60°~45°的 MIP 和向左傾斜 45°的斜橫斷位及左后斜30°的斜冠狀位的MPVR為觀察肝內門靜脈的最佳角度，此時可顯示整個門靜脈系統的全貌。

MRA能準確而直觀地顯示肝內外門靜脈主要解剖結構，它對外科或介入手術的操作方案設計十分重要。如在做肝左葉切除時，可避免損傷甚至錯誤結扎發自左支的門靜脈右前支而造成肝右前葉缺血。在經頸靜脈肝內門體分流術（transjugular intrahepatic portosystemic shunt，TIPS）和經皮經肝門靜脈栓塞術（percutaneous portal vein embolization，PTPE）時，通過對肝內門靜脈的正確定位可降低門靜脈穿刺難度，縮短操作時間，減少并發癥。在門體分流術前可了解門靜脈主干，脾靜脈或腸系膜上靜脈的管徑和走向等。