合適的造血干細胞供者是進行異基因HSCT的前提。HLA完全相合的健康同胞是最理想的造血干細胞來源。但同胞間HLA相合的幾率為25%～30%，由于我國實行計劃生育政策，同胞間HLA相合的供者將越來越少。非血緣志愿供者、臍帶血和HLA不合或單倍體相合親屬供者是造血干細胞的重要來源。隨著移植技術的進步，HSCT已經告別了供者來源困難的時代，從早期HLA全相合同胞發展到非血緣和單倍型供者等多種供者選擇。隨著單倍型移植技術的迅猛發展，單倍型供者的選擇以及不同供者來源間的選擇原則，近幾年國內外達成了一些共識。供者的選擇應在專家共識的基礎上，結合患者和備選供者具體情況，并結合移植單位的經驗決定。

根據供受者的關系可分為異體和自體移植（ASCT）；異體移植又可分為同基因和同種異基因移植。同基因供者的認定僅有HLA配型相合是不夠的，要檢測DNA序列；同種異基因又包括HLA配型相合或不合的血緣或非血緣移植。根據移植物的來源可分為骨髓、外周血和臍帶血移植。