人類(lèi)基因組計(jì)劃（human genome project，HGP）的完成促使了基因組功能性研究計(jì)劃的開(kāi)展，并推動(dòng)從結(jié)構(gòu)基因組學(xué)研究時(shí)代進(jìn)入功能性基因組研究為主的后基因組時(shí)代，人體基因的功能研究成為生命科學(xué)領(lǐng)域的研究熱點(diǎn)。但是越來(lái)越多的研究表明，人體的生理代謝和生長(zhǎng)發(fā)育不僅受自身基因控制，還與其他生物基因組相關(guān)；對(duì)疾病的易感性、藥物反應(yīng)等許多現(xiàn)象，也無(wú)法全部用人體基因差異來(lái)解釋。人體內(nèi)共生著大量的（10 ¹⁴個(gè)）微生物，達(dá)一千多種，雖然其重量?jī)H占體重的1%～2%，但其細(xì)胞數(shù)量是人體自身細(xì)胞的10倍，參與人體發(fā)育、生理調(diào)節(jié)、免疫、營(yíng)養(yǎng)吸收等各種生命活動(dòng)中，與人類(lèi)建立了穩(wěn)定和諧的共生關(guān)系。人的健康狀況發(fā)生變化，體內(nèi)的共生微生物的組成就會(huì)發(fā)生變化；體內(nèi)共生微生物的組成的變化也會(huì)導(dǎo)致人體的健康狀況的改變。因此在研究人體基因與健康的關(guān)系時(shí)，必須考慮與人類(lèi)長(zhǎng)期共生的微生物群體的基因?qū)θ祟?lèi)的影響。最新的研究證實(shí)，人體內(nèi)微生物編碼的基因是人體自身基因數(shù)目的50～100倍，這些微生物的基因總和相當(dāng)于人體的第二個(gè)基因組，稱(chēng)為微生物組或人體宏基因組。人體的基因組與人體內(nèi)的微生物組共同作用影響人體的免疫、營(yíng)養(yǎng)和代謝過(guò)程。

宏基因組（metagenome），又稱(chēng)微生物環(huán)境基因組、元基因組，是由Handelsman等1998年提出的，其定義為環(huán)境中全部微小生物遺傳物質(zhì)的總和，目前主要指環(huán)境樣品中的細(xì)菌和真菌的基因組總和。宏基因組是一個(gè)巨大的基因資源庫(kù)，但是僅有0.1%～1%的微生物在現(xiàn)有技術(shù)條件下是可培養(yǎng)的，因此致使未培養(yǎng)微生物基因資源的開(kāi)發(fā)利用受到限制。宏基因組技術(shù)直接提取環(huán)境樣品總DNA，避開(kāi)了微生物分離培養(yǎng)的問(wèn)題，極大擴(kuò)展了微生物資源的利用空間。所謂宏基因組學(xué)（metagenomics）就是以生態(tài)環(huán)境中全部細(xì)菌和真菌基因組DNA作為研究對(duì)象，包含了可培養(yǎng)和還不能培養(yǎng)的微生物的基因，通過(guò)克隆、異源表達(dá)來(lái)篩選有用基因及其產(chǎn)物，研究其功能和彼此之間的關(guān)系和相互作用，并揭示其規(guī)律的學(xué)科。宏基因組學(xué)又稱(chēng)環(huán)境基因組學(xué)、生態(tài)基因組學(xué)等，是基因組學(xué)中的一個(gè)新興的重要科學(xué)研究領(lǐng)域。宏基因組學(xué)為探索微生物世界的奧秘提供了新的方法，這是繼發(fā)明顯微鏡以來(lái)研究微生物方法的最重要進(jìn)展，將是對(duì)微生物世界認(rèn)識(shí)的革命性突破。

人體內(nèi)部或體表有數(shù)以萬(wàn)億的微生物個(gè)體存活，包括細(xì)菌、古細(xì)菌、真菌、寄生蟲(chóng)和病毒等。這些微生物存在于人體的腸道、口腔、呼吸道、生殖道和皮膚等，與機(jī)體處于共生狀態(tài)，我們把這種多種微生物聚居在一起形成的系統(tǒng)叫做“微生物群落”，也稱(chēng)菌群。把人體內(nèi)所有微生物基因組的總和稱(chēng)為人體宏基因組（human metagenome）或微生物組（microbiome）。人類(lèi)宏基因組學(xué)（human metagenomics）則是研究人體宏基因組結(jié)構(gòu)和功能、相互之間關(guān)系、作用規(guī)律和與疾病關(guān)系的學(xué)科。它不僅要把總體基因組序列信息都測(cè)定出來(lái)，而且還要研究與人體發(fā)育和健康有關(guān)的基因功能。人類(lèi)宏基因組學(xué)近年已受到廣泛關(guān)注，2010年，被《自然》雜志預(yù)測(cè)是未來(lái)十年科學(xué)的走向之一。

2004年，美國(guó)國(guó)立衛(wèi)生研究院（NIH ）專(zhuān)門(mén)設(shè)立了“利用宏基因組學(xué)研究口腔微生物”的研究項(xiàng)目。為全面分析人體微生物群系，揭示微生物與人體健康和疾病狀態(tài)之間的聯(lián)系，NIH于2007年12月19日正式啟動(dòng)一項(xiàng)新的基因工程——人體微生物組計(jì)劃（human microbiome project，HMP）。HMP是人類(lèi)基因組計(jì)劃（human genome project，HGP）的延伸，又稱(chēng)“人類(lèi)第二基因組計(jì)劃”，它相當(dāng)10個(gè)HGP工作量，其規(guī)模和廣度將遠(yuǎn)遠(yuǎn)超過(guò)HMP計(jì)劃。將來(lái)，HMP與HGP相互結(jié)合，將為了解“遺傳與環(huán)境”相互作用提供前所未有的機(jī)遇，一定會(huì)為理解人類(lèi)健康與疾病揭示更多的秘密。科學(xué)家認(rèn)為，HMP計(jì)劃將對(duì)闡明人類(lèi)許多疾病的發(fā)生機(jī)制、研究新藥物、控制藥物毒性等產(chǎn)生巨大作用。人類(lèi)基因組和人類(lèi)宏基因組這兩本“天書(shū)”繪制完成后，將有助于更好地破解人類(lèi)疾病。

HMP的目標(biāo)：①利用新的高通量技術(shù)的優(yōu)點(diǎn)，更為全面的對(duì)至少250名健康志愿者的多個(gè)部位進(jìn)行人體微生物組研究；②通過(guò)對(duì)一些不同的醫(yī)學(xué)狀況進(jìn)行研究，明確人體微生物組變化與健康/疾病的相關(guān)性；③為HMP的廣泛研究和推廣，提供標(biāo)準(zhǔn)化的數(shù)據(jù)庫(kù)和新的技術(shù)；同時(shí)系統(tǒng)地研究HMP涉及的倫理、法律和社會(huì)問(wèn)題。HMP的最終目的是通過(guò)監(jiān)測(cè)和調(diào)節(jié)人體微生物組，實(shí)現(xiàn)增進(jìn)人類(lèi)的健康。

因?yàn)槟c道菌群在人類(lèi)健康方面起著重大的作用，歐盟第七框架協(xié)議在2008年1月資助了“人類(lèi)腸道宏基因組計(jì)劃”（european commission metagenomics of the human intestinal tract，MetaHIT）。MetaHIT項(xiàng)目的合作伙伴包括了來(lái)自中國(guó)、美國(guó)、丹麥、法國(guó)、日本、西班牙、英國(guó)、芬蘭8個(gè)國(guó)家學(xué)術(shù)界和工業(yè)界的13個(gè)成員。MetaHIT項(xiàng)目的目的是研究人類(lèi)腸道中的所有微生物群落，進(jìn)而了解人腸道中細(xì)菌的物種分布，最終為后續(xù)研究腸道微生物與人的肥胖、腸炎、糖尿病等疾病的關(guān)系提供非常重要的理論依據(jù)，達(dá)到預(yù)防和監(jiān)控的目的。MetaHIT項(xiàng)目相當(dāng)于對(duì)人類(lèi)腸道中的細(xì)菌進(jìn)行了一次全面的“基因普查”。

在2008年10月16日德國(guó)海德堡會(huì)議上，來(lái)自全球各地的科學(xué)家共同宣布，成立國(guó)際人類(lèi)微生物組聯(lián)盟（International Human Microbiome Consortium，IHMC），以協(xié)調(diào)全球人類(lèi)微生物組研究，避免不必要的重復(fù)工作；快速共享在人類(lèi)微生物組研究方面取得比較一致（分子和臨床）的數(shù)據(jù)、共識(shí)、方法和結(jié)果。IHMC 將通過(guò)國(guó)際性項(xiàng)目產(chǎn)生一個(gè)共享數(shù)據(jù)資源，方便全球科學(xué)研究共同體的免費(fèi)使用。而與此同時(shí)，NIH也于近期與歐盟理事會(huì)（EC）正式簽署協(xié)議，整合當(dāng)前正在進(jìn)行的來(lái)自NIH“人類(lèi)微生物組”項(xiàng)目和EC“人類(lèi)腸道宏基因組”項(xiàng)目的數(shù)據(jù)，作為IHMC微生物組的基石。

宏基因組檢測(cè)技術(shù)是以測(cè)序?yàn)榛A(chǔ)的非依賴(lài)于培養(yǎng)的，研究微生物所有基因（基因組）的方法。第一代測(cè)序技術(shù)包括Sanger等（1977年）發(fā)明的雙脫氧鏈末端終止法與Maxam和Gilbert（1977年）發(fā)明的化學(xué)降解法。這兩種方法在原理上差異很大，但都是根據(jù)核苷酸在某一固定的點(diǎn)開(kāi)始，隨機(jī)在某一個(gè)特定的堿基處終止，產(chǎn)生A，T，C，G四組不同長(zhǎng)度的一系列核苷酸，然后在尿素變性的PAGE膠上電泳進(jìn)行檢測(cè)，從而獲得DNA序列，目前Sanger測(cè)序法得到了廣泛的應(yīng)用。第一代測(cè)序技術(shù)存在成本高、速度慢、通量低等不足，并不是后基因組時(shí)代最理想的測(cè)序方法。進(jìn)入21世紀(jì)后，以Roche 454、Illumina Solexa和ABI SOLiD為代表的第二代測(cè)序技術(shù)誕生了，第二代（新一代）測(cè)序技術(shù)，以數(shù)據(jù)產(chǎn)出通量高為最大特點(diǎn)，故一般稱(chēng)為高通量測(cè)序。這一技術(shù)目前主要有兩個(gè)平臺(tái)。

454公司可謂第二代測(cè)序技術(shù)的奠基者。2005年底，454公司推出了革命性的基于焦磷酸測(cè)序法的高通量基因組測(cè)序系統(tǒng)——Genome Sequencer 20 System。這一技術(shù)的建立開(kāi)創(chuàng)了邊合成邊測(cè)序（sequencing by synthesis）的先河，被nature雜志以里程碑事件報(bào)道。之后，454公司被羅氏診斷公司以1.55億美元收購(gòu)。一年后，他們又推出了性能更優(yōu)的第二代基因組測(cè)序系統(tǒng)——Genome Sequencer FLX System（GS FLX）。2008年10月，Roche 454在不改變機(jī)器的情況下，推出了全新的測(cè)序試劑——GS FLX Titanium，全面提升了測(cè)序的準(zhǔn)確性、讀長(zhǎng)和測(cè)序通量。

目前，Roche 454 GS FLX Titanium每次運(yùn)行能產(chǎn)生100萬(wàn)條序列，平均讀長(zhǎng)能達(dá)到400nt，且第400個(gè)堿基的準(zhǔn)確率能達(dá)到99%。一次運(yùn)行所需時(shí)間為10小時(shí)，能獲得4億～6億個(gè)堿基的序列信息。

Illumina公司的第二代測(cè)序儀最早由Solexa公司研發(fā)，利用其專(zhuān)利核心技術(shù)"DNA簇"和"可逆性末端終結(jié)（reversible terminator）"，實(shí)現(xiàn)自動(dòng)化樣本制備和大規(guī)模并行測(cè)序。Illumina公司于2007年初花巨資收購(gòu)了Solexa。2010年初，Illumina將其第二代測(cè)序儀Genome AnalyzerⅡx升級(jí)到HiSeq 2000。HiSeq 2000含有兩張F(tuán)low cell，可同時(shí)運(yùn)行或者只運(yùn)行其中一張。讀長(zhǎng)為100nt，同時(shí)支持Fragment、Pair-end和Mate-Paired文庫(kù)。每次運(yùn)行最多可產(chǎn)生200GB的數(shù)據(jù)量（讀長(zhǎng)為2×100nt）。

宏基因組測(cè)序是基于新一代測(cè)序儀對(duì)特定環(huán)境微生物種群全基因組DNA研究技術(shù)。該方法的特點(diǎn)是在提取微生物種群的DNA后，制備DNA文庫(kù)進(jìn)行高通量的測(cè)序，可以從整體上對(duì)樣品群落進(jìn)行分析，不受微生物是否能培養(yǎng)的限制，而且研究對(duì)象從單一基因組到一個(gè)基因組集合，擺脫了對(duì)于傳統(tǒng)基因組研究的物種限制，開(kāi)辟了微生物群體基因組學(xué)研究的新路徑。

宏基因組測(cè)序分析流程見(jiàn)圖4-1

在測(cè)序?qū)嶒?yàn)中，通常采用多個(gè)樣品平行測(cè)序的方法，即多個(gè)樣品混合測(cè)序。為了能區(qū)分樣品，各樣品中的序列均引入了一段標(biāo)示其樣本來(lái)源信息的barcode標(biāo)簽序列。若所測(cè)序列中不含有barcode標(biāo)簽序列，則無(wú)法確定其樣本來(lái)源，進(jìn)而導(dǎo)致后續(xù)生物信息錯(cuò)誤或意義不明。因此，僅當(dāng)原始序列中含有完整的barcode標(biāo)簽序列時(shí)，該條序列才被認(rèn)可為有效序列。

通常情況下，有效序列可以直接用于后續(xù)生物信息學(xué)分析。但如果需要得到更高質(zhì)量及更精準(zhǔn)的生物信息分析結(jié)果，則應(yīng)對(duì)有效序列進(jìn)行去雜。在實(shí)驗(yàn)過(guò)程中，序列中可能含有模糊堿基（ambiguous）、單堿基同源區(qū)（homologous）以及長(zhǎng)度過(guò)短的序列，將這些序列納入分析范圍會(huì)降低分析質(zhì)量，因此修剪、去除（trim）此部分序列，可得到供精準(zhǔn)分析的優(yōu)化序列，該過(guò)程可能出現(xiàn)拋棄一定量數(shù)據(jù)的情況，但可以保證得到更高質(zhì)量的信息分析。

OTU（operational taxonomic units）是數(shù)值分類(lèi)最低等級(jí)的分類(lèi)單位。在生物信息分析中，測(cè)序得到的每一條序列來(lái)自一個(gè)細(xì)菌。要了解一個(gè)樣品微生物組成信息，就需要將序列按照彼此的相似性進(jìn)行歸類(lèi)，每一類(lèi)就是一個(gè)OTU。目前通常按照96%～98%進(jìn)行OTU的劃分，并對(duì)OTU進(jìn)行生物信息統(tǒng)計(jì)分析，但是OTU劃分和物種分類(lèi)是不完全對(duì)應(yīng)的（圖4-2）。

Rarefaction即取樣深度，是比較測(cè)序量不同的樣本之間的物種豐富度，通過(guò)各樣品的測(cè)序量及在不同測(cè)序深度的OTU數(shù)目構(gòu)建稀釋曲線（rarefaction curve），以此反映單個(gè)樣本測(cè)序數(shù)量對(duì)應(yīng)的物種豐度，也可以用來(lái)說(shuō)明樣本的取樣大小是否合理。稀釋性曲線圖中（圖4-3），當(dāng)曲線趨向平坦時(shí)，說(shuō)明取樣的數(shù)量合理，更多的取樣也可能只產(chǎn)生少量新的OUT，反之則表明繼續(xù)取樣還可能產(chǎn)生較多新的OTU。

Shannon-Wiener 指數(shù)是反映樣品的微生物多樣性指數(shù)，在確定相似度劃分OTU之后，以測(cè)序深度為橫坐標(biāo)，以不同測(cè)序深度的多樣性指數(shù)為縱坐標(biāo)制作曲線，以此反映各樣本在不同的測(cè)序數(shù)量時(shí)對(duì)應(yīng)的微生物多樣性。當(dāng)曲線趨向平坦時(shí)，說(shuō)明測(cè)序量能反映樣品中絕大多數(shù)微生物信息（圖4-4）。

在之前的分析步驟中，已經(jīng)將序列按照其自身的堿基排列順序的相似性，分歸到各OTU中。在進(jìn)行分類(lèi)學(xué)分析時(shí)，首先，將每一條優(yōu)質(zhì)序列都與SILVA（最新版）數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比對(duì)，找出其最相近且可信度達(dá)80%以上的種屬信息。之后，將每一個(gè)OTU中的所有序列進(jìn)行類(lèi)比，找出同一OTU中的不同序列的最近祖先的種屬信息。最后，將得到的結(jié)果記錄在表格文件中。這樣做，可以在保留最可能多的信息量的情況下，確保得出信息的準(zhǔn)確性。

根據(jù)分類(lèi)學(xué)分析結(jié)果，可以得知一個(gè)或多個(gè)樣品在各分類(lèi)水平的分類(lèi)學(xué)比對(duì)情況。在結(jié)果中，包含了兩個(gè)信息：①該樣品中含有何種微生物；②這些微生物各自所含有的序列數(shù)。因此可以使用統(tǒng)計(jì)學(xué)的分析方法，觀測(cè)樣品在不同分類(lèi)水平上的群落結(jié)構(gòu)。將多個(gè)樣品的群落結(jié)構(gòu)分析放在一起對(duì)比時(shí)，還可以觀測(cè)其變化情況。群落結(jié)構(gòu)的分析可在任一分類(lèi)水平進(jìn)行，結(jié)果可以柱狀圖、餅圖等形式呈現(xiàn)（圖4-5）。

NCBI提供了已有的微生物物種的分類(lèi)學(xué)信息數(shù)據(jù)庫(kù)（數(shù)據(jù)庫(kù)文件下載地址：ftp：//ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/）。根據(jù)這些信息，可以構(gòu)建出微生物的分類(lèi)學(xué)進(jìn)化關(guān)系樹(shù)。在前述分類(lèi)學(xué)分析中，已經(jīng)得到了每個(gè)OTU的分類(lèi)學(xué)信息。在此基礎(chǔ)上，可以得到每條序列的分類(lèi)學(xué)信息情況。將這些信息回歸至分類(lèi)學(xué)進(jìn)化關(guān)系樹(shù)，便可以全面了解環(huán)境樣品中的微生物進(jìn)化關(guān)系。

分析結(jié)果是以樹(shù)狀圖形式表示的。圖中的支點(diǎn)表示該處在NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)中有相應(yīng)的Taxonomy記錄，支點(diǎn)附近有該英文名稱(chēng)拼寫(xiě)。與傳統(tǒng)的系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)有所不同，樹(shù)狀圖的枝長(zhǎng)并不代表進(jìn)化時(shí)間（圖4-6）。

比較多個(gè)樣品的OTU差異及各OTU中含有序列的多少，可以得到這些樣品的相似關(guān)系（圖4-7）。

統(tǒng)計(jì)多個(gè)樣品中所共有的OTU數(shù)目可以反應(yīng)環(huán)境樣品的相似及重疊情況。統(tǒng)計(jì)結(jié)果以venn圖形式表示。在圖中，如果兩個(gè)不同顏色圓圈重疊的區(qū)域標(biāo)注有數(shù)字100，說(shuō)明這兩個(gè)樣品均有序列被劃分入相同的OTU中，且這樣的OTU有100個(gè)。通常情況下，分析時(shí)選用相似水平為97%的OTU，此時(shí)OTU的數(shù)目也可以代表菌種的數(shù)目（圖4-8）。

分析多個(gè)樣品時(shí)，如果這些樣品分屬于兩個(gè)不同的組，則可以進(jìn)行Metastats分析。該分析通過(guò)對(duì)比兩組條件下的多個(gè)樣品，找出兩者之間有明顯差異性表達(dá)的微生物。主要分析指數(shù)：均值（mean）；方差（variance）；標(biāo)準(zhǔn)差（standard）；P值（P value）；q值（q value，指本次計(jì)算可信度）。

Heatmap可以用顏色變化來(lái)反映二維矩陣或表格中的數(shù)據(jù)信息，它可以直觀地將數(shù)據(jù)值的大小以定義的顏色深淺表示出來(lái)。常根據(jù)需要將數(shù)據(jù)進(jìn)行聚類(lèi)，將聚類(lèi)后的數(shù)據(jù)表示在heatmap圖上，通過(guò)顏色的梯度及相似程度來(lái)反映數(shù)據(jù)的相似性和差異性。如在屬水平上對(duì)樣品和OTU類(lèi)型（樣品所含菌屬）進(jìn)行聚類(lèi)（依據(jù)是不同樣品中各OTU所含序列數(shù)越相近，即所含菌屬數(shù)量越相近，樣品間相似性越高），對(duì)聚類(lèi)后各樣品中不同OTU（不同菌屬）所含序列的豐度作heatmap圖，能夠反映出在菌屬水平上各樣品菌落結(jié)構(gòu)的相似性和差異性（圖4-9）。

即主成分分析，是一種對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行簡(jiǎn)化分析的技術(shù)，這種方法可以有效地找出數(shù)據(jù)中最“主要”的元素和結(jié)構(gòu)，去除噪音和冗余，將原有的復(fù)雜數(shù)據(jù)降維，揭示隱藏在復(fù)雜數(shù)據(jù)背后的簡(jiǎn)單結(jié)構(gòu)。可以用PCA來(lái)分析不同樣品OTU組成的差異，通過(guò)方差分解，將多組數(shù)據(jù)的差異反映在二維坐標(biāo)圖上，坐標(biāo)軸各取能夠最大反映方差值的兩個(gè)特征值。若樣品組成越相似，反映在PCA圖中的距離越近（圖4-10）。PCA可以用來(lái)做以下分析：確定環(huán)境中的樣品是否具有顯著不同的微生物群落；將環(huán)境間的差異以圖的形式表現(xiàn)出來(lái)等。

RDA或者CCA是基于對(duì)應(yīng)分析發(fā)展而來(lái)的一種排序方法，將對(duì)應(yīng)分析與多元回歸分析相結(jié)合，每一步計(jì)算均與環(huán)境因子進(jìn)行回歸，又稱(chēng)多元直接梯度分析。此分析是主要用來(lái)反映菌群與環(huán)境因子之間關(guān)系。RDA是基于線性模型，CCA是基于單峰模型。圖標(biāo)注釋?zhuān)杭^表示環(huán)境因子，箭頭所處的象限表示環(huán)境因子與排序軸之間的正負(fù)相關(guān)性，箭頭連線的長(zhǎng)度代表著某個(gè)環(huán)境因子與研究對(duì)象分布相關(guān)程度的大小，連線越長(zhǎng)，代表這個(gè)環(huán)境因子對(duì)研究對(duì)象的分布影響越大。箭頭連線與排序軸的夾角代表著某個(gè)環(huán)境因子與排序軸的相關(guān)性大小，夾角越小，相關(guān)性越高（圖4-11）。

由于宏基因組學(xué)研究進(jìn)展，對(duì)正常微生物群出現(xiàn)了根據(jù)其分子進(jìn)化為基礎(chǔ)的分類(lèi)方法，即分子分類(lèi)（molecular species），也稱(chēng)為進(jìn)化型（phylotypes）。目前已知人類(lèi)腸道微生物中有60%以上是目前技術(shù)無(wú)法成功培養(yǎng)的，其種類(lèi)達(dá)1000～1150種，分屬于7個(gè)菌門(mén)，其中厚壁菌門(mén)和擬桿菌門(mén)占95%以上，其他菌門(mén)所占的比例均比較少，腸道菌群的分子進(jìn)化分類(lèi)見(jiàn)圖4-12。

厚壁菌門(mén)（ Firmicutes）（65.0%～79.4%）是一大類(lèi)細(xì)菌，多數(shù)為革蘭陽(yáng)性，包括芽孢桿菌屬（ Bacillus），李斯特菌屬（ Listeria），葡萄球菌屬（ Staphylococcus），腸球菌屬（ Enterococcus），乳桿菌屬（ Lactobacillus），乳球菌屬（ Lactococcus），明串珠菌屬（ Leuconostoc），鏈球菌屬（ Streptococcus），梭菌屬（ Clostridium）和優(yōu)桿菌屬（ Eubacterium）等。

擬桿菌門(mén)（ Bacteroidetes）（16.9%～ 32.0%）包括擬桿菌屬（ Bacteroides）、黃桿菌綱。

放線菌門(mén)（ Actinobacteria）（2.5%）為革蘭陽(yáng)性細(xì)菌，包括雙歧桿菌屬（ Bifidobacterium）和微球菌屬（ Micrococcus）等。

變形菌門(mén)（ Proteobacteria或 Phylum Proteobacteria）（1.0%）是細(xì)菌中最大的一門(mén)，均為革蘭陰性菌，包括大多數(shù)腸道致病菌，如埃希菌屬、沙門(mén)菌屬、克雷伯菌屬、志賀菌屬、結(jié)腸耶爾森菌屬、假單胞菌屬、弧菌屬等。

梭桿菌門(mén)（ Fusobacteria）（＜0.1%）是一個(gè)小類(lèi)群的革蘭陰性細(xì)菌，包括梭桿菌屬（ Fusobacterium）等。

疣微球菌門(mén)（ Verrucomicrobia）（0.1%）包括疣微菌屬（ Verrucomicrobium）和突柄桿菌屬（ Prosthecobacter）。

藍(lán)細(xì)菌門(mén)（ Cyanobacteria）（＜0.1%）。