1%過氧化氫溶液也越來越多地運用于肛瘺內口的識別，用注射器自肛瘺外口逐漸加壓注入，用肛門鏡觀察肛門齒線部位有白色氣泡溢出，即是內口位置。用過氧化氫尋找內口方法及器械要求簡單，容易操作，往往注入后馬上可以確定肛瘺內口的準確位置，縮短了手術中尋找肛瘺內口的時間。但是，用過氧化氫法尋找肛瘺內口應注意，過氧化氫是強氧化劑，可以損傷直腸黏膜引起直腸炎，所以由肛瘺外口注入時，應防止將液體進入直腸造成直腸損傷。常用的措施有：①用生理鹽水稀釋降低過氧化氫的濃度；②齒線上方直腸內放置棉球防止液體流入；③向瘺管內注入液體時不要壓力過大、過快，要逐漸加壓，觀察有泡沫溢出后則停止；④肛瘺切開后用生理鹽水清洗傷口。

在臨床運用中，可以使用1%亞甲藍與3%過氧化氫混合液注入瘺管的方法，利用過氧化氫釋放產生泡沫，進而產生一定壓力，使亞甲藍在肛瘺竇道內擴散，充分浸染病變組織，從而更有利于明確診斷，采用合理的手術方式。