齒狀線是肛門與直腸的交界處，齒狀線上的凹陷部位叫做肛隱窩，它是由直腸柱的下端和肛門瓣圍成的小口袋形的結(jié)構(gòu)。這些隱窩通過肛門腺導(dǎo)管平均與6個(gè)（3～12個(gè)）腺體相連，肛門腺導(dǎo)管順著向外和向下的路線進(jìn)入黏膜下層，2/3進(jìn)入肛門內(nèi)括約肌，其中的一半終止于括約肌間平面，肛門腺就位于內(nèi)外括約肌間。肛門腺導(dǎo)管的阻塞可能源于隱窩中外來物的聚集，括約肌間間隙由疏松的結(jié)締組織構(gòu)成，內(nèi)外括約肌間的原發(fā)膿腫容易擴(kuò)大，有可能導(dǎo)致肛周膿腫和肛瘺。

當(dāng)腸道中的細(xì)菌由肛隱窩侵入后，引發(fā)肛門腺感染形成肛門腺膿腫，并在內(nèi)外括約肌間形成膿腫，當(dāng)括約肌間膿腫的膿液蓄積增多，膿腔壓力增大，膿液就會(huì)向上下方薄弱處蔓延，當(dāng)膿腫自行潰破或經(jīng)過切開排膿后，膿腔內(nèi)的壓力降低，膿腔逐漸縮小，膿腔周圍形成管壁，逐漸形成肛瘺。這就是“隱窩腺感染理論（cryptglandular infection theory）”。隱窩口是肛瘺的原發(fā)口，內(nèi)外括約肌間的病灶稱為原發(fā)病灶。

“隱窩腺感染理論”最早是在1880年由法國的解剖學(xué)家Hermann 和Desffosses所提出，其后相繼被其他學(xué)者所證實(shí)和報(bào)告。但是根據(jù)Parks報(bào)告，在病理學(xué)上能清楚證實(shí)引起感染的肛門腺引起了囊狀的擴(kuò)張者，在30例中僅僅有8例，認(rèn)為其余病例的肛門腺在形成膿腫時(shí)被破壞掉了。另外，Goligher對肛周膿腫和肛瘺所做的調(diào)查發(fā)現(xiàn)，并非所有患者都能發(fā)現(xiàn)括約肌間膿腫。但是從Parks采用切除內(nèi)括約肌的方法治療肛瘺能取得良好的成績來看，可以肯定肛隱窩與括約肌間病變與肛瘺病變的繼續(xù)發(fā)展有很大的關(guān)系。高野正博通過研究肛周膿腫和肛瘺的超聲波檢查發(fā)現(xiàn)，在肛周膿腫和肛瘺的形成過程中，肛門腺被感染后首先形成肌間膿腫，其后通過薄弱處向各個(gè)方向發(fā)展。