醫巫的分化

隨著社會的發展，技術的進步，人們積累的醫學知識越來越豐富，巫、醫開始分化，這種現象最初大約出現在春秋戰國至秦漢之際。但祝由療法并未立即被全部拋棄，而且其中一些經驗和精華被傳承了下來。這里不得不提最早支持巫、醫分化的一大功臣——扁鵲。

當時扁鵲冒天下之大不韙向巫術發起挑戰，并提出“六不治”，其中就包括“信巫不信醫”不治，即相信巫術、不信醫學的人不用治。扁鵲的這種做法，對當時信仰有神論的人是一次強有力的挑戰，自然也難免樹敵。

到了魏晉時期，祝由術與道教奇妙地結合了起來，為道家所利用，并加入了符水、桃木劍等道具以及一些特殊工序和包裝，同時還包括藥物。到了隋唐時期，祝由與中醫的內、外、婦、兒等醫科并列，得到官方承認，朝廷還設立了“祝禁博士”“咒禁師”等官職，巫師成了官方認證的醫家之一?！杜f唐書·職官志》中就記載：“太醫令掌醫療之法丞為之貳，其屬有四，曰：醫師、針師、按摩師、咒禁師，皆有博士以教之。”而從元朝開始，祝由也被正式列入十三科（從元至明，太醫院分十三科）之內，內涵更豐富，如禁法、咒法、符法、步罡（溝通人神的一種神秘巫術）等。

到了明朝后期，從事祝由科的醫者已經非常少，加上一些醫家的輕視，祝由術逐漸式微。明末的張景岳曾寫道：“惟民間尚有之?！倍搅饲宄?，太醫院廢除了祝由科。但因滿族信仰薩滿教，所以保留了“跳神”等習俗。不過，民間仍有巫覡傳承。清朝著名的醫學家徐大椿曾說：“古法今已不傳，近所傳符咒之術，間有小效。而病之大者，全部見功。”他認為對祝由術應該采取存而不論、敬而遠之的態度。

《倫敦新聞畫報》所展示的晚清跳神的把戲，在中國盛行的巫術被西方捕捉。

清末民初，《順天時報》上刊登的祝由科廣告，可見祝由術在我國民間影響之深遠。

到了近代，祝由術仍未完全消失，以原始巫術、情志療法、導引氣功等新形式流傳，比如壯族農村地區等仍舊有人在用，多由巫婆、神漢從事，不過這些人的文化程度、有多少基本的醫學常識等都不明了，其醫術如何自然也要打個問號了。