統一全國

此后，朱元璋建立起以應天為中心的根據地，開始了統一全國的偉大事業，中間又率軍直取了陳友諒的老巢江州，后來陳友諒被亂箭射死，這次戰爭被稱為“潘陽湖水戰”。公元1366年，朱元璋聲討張士誠，發動平江戰役。

鏖戰陳友諒

此后，朱元璋建立起以應天為中心的根據地，開始了統一全國的偉大事業。

當時，長江上游是陳友諒，長江下游有張士誠，東南與方國珍接壤，南方則有陳友定相鄰。其中，方國珍、陳友定的目標在于保土割據，張士誠則對元朝首鼠兩端，沒有多大雄心；陳友諒最強，是朱元璋占領應天后遇到的最危險的敵人。

陳友諒本是徐壽輝手下大將倪文俊的部下。后來他殺死倪文俊，并于1360年挾持徐壽輝，攻占了太平、采石。于是陳友諒以為應天唾手可得，就殺了徐壽輝，在采石稱帝，國號漢，改元大義。

接著，陳友諒約張士誠東西夾擊應天，平分朱元璋的領地。應天大震。朱元璋于是召集眾將商量對策，一時眾說紛紜，唯有劉伯溫默不作聲，朱元璋于是征求他的意見。伯溫認為目前最危險的敵人莫過于陳友諒，必須集中力量消滅他。雖然陳友諒勢力強大，但是他殺君自立，部眾離心，人民疲敝，故而不難戰勝，只要等他們深入，再以伏兵擊之，不難取勝。朱元璋同意劉伯溫的判斷，于是設計誘敵深入，制造戰機。朱元璋的部將康茂才和陳友諒是老朋友，于是康茂才修書一封，派人送到陳友諒營中，約陳攻擊應天，并說愿意在應天郊外的一座木橋——江東橋作內應。

六月二十三日早晨，陳友諒率艦隊主力趕到應天郊外的江東橋，才發現木橋已被拆除，取而代之的是一座石橋，陳友諄方知受騙，便下令棄船登岸，而此時埋伏在岸上的朱元璋的伏兵向陳友諄軍發動突襲，陳友諒大敗。朱元璋收太平，占領信州、安慶。陳友諒敗逃九江，次年八月攻下安慶，于是朱元璋率軍直取陳友諒的老巢江州，陳友諒逃往武昌，朱元璋攻克江西和湖北東南部。

正在這時，中原紅巾軍發生分裂，力量削弱。至正二十三年（公元1363年）二月，張士誠乘人之危，派部將呂珍進攻安豐，劉福通向朱元璋求救。待到朱元璋率軍趕到安豐時，劉福通已被呂珍殺死，朱元璋只救出小明王韓林兒，把他安排在滁州居住。

朱元璋率主力營救小明王時，陳友諒認為反攻時機已到，于是率兵進攻洪都。朱元璋的侄子朱文正率領將士堅守八十五天。至正二十三年七月，朱元璋統兵二十萬，進發洪都，陳友諒得知后，撤出圍軍，迎戰朱元璋，雙方在鄱陽湖展開決戰。“鄱陽湖水戰”從八月二十九日開始，至十月三日結束，進行了三十六天。朱元璋的軍隊充分發揮小船靈活的長處，火攻陳軍，最終取勝，陳友諒被亂箭射死。

至正二十四年（公元1364年）元旦，朱元璋稱吳王，建百官司屬，仍以龍鳳紀年，以“皇帝圣旨，吳王令旨”的名義發布命令。因1363年張士誠早已自立為吳王，故歷史上稱張士誠為東吳，朱元璋為西吳。

公元1364年四月，朱元璋再次到武昌督兵攻城，陳友諒之子陳理最終出城投降。在吞并了陳友諒后，朱元璋的劍鋒直指張士誠。

消滅張士誠

張士誠早年以販賣私鹽為業，元末發動鹽徒起義，于1354年在江蘇高郵稱“誠王”，建國號為周，建元天佑。公元1356年，建都平江。平江即今日的江蘇省蘇州市。

消滅陳友諒后，朱元璋于至正二十五年（公元1365年）十月進攻張士誠，一舉攻下通州、興化、鹽城、泰州、高郵、淮安、徐州、宿州、安豐諸州縣，將東吳的勢力趕出江北地區。

至正二十六年（公元1366年）五月，朱元璋發表檄文聲討張士誠。同年十一月，杭州、湖州先后投降朱元璋，平江成為孤城。于是朱元璋以重兵包圍平江，發動平江戰役。

在圍城的同時，朱元璋派廖永忠去滁州接小明王韓林兒到應天來，但在瓜州渡江時悄悄將船底鑿漏，小明王沉于江底去世。接著，朱元璋宣布不再以龍鳳紀年，稱1367年為吳元年。

平江戰役開始時，朱元璋筑墻圍城，并造有三層的木塔樓，高過城墻，以弓弩、火銃向城內射擊，還設襄陽炮日夜轟擊。城內一片恐慌，張士誠幾次突圍都以失敗告終。張士誠反復無常，貪圖享受，對部下也十分放縱。平江被圍困的最后一天，張士誠弟弟張士信在城頭督戰，仍不忘享樂，坐在銀椅上飲酒，左右侍奉的人遞桃子給他，結果桃子還沒到口，恰好一炮打來，腦袋被打得粉碎。朱元璋曾多次派人勸降，都被張士誠拒絕。張士誠死守平江，糧盡后，便以老鼠、枯草為食；箭盡了，便以屋瓦為彈。至正二十七年（公元1367年）九月初八，朱元璋率軍攻入平江城，張士誠則展開巷戰相抵抗。最后，張士誠被俘，解往應天。朱元璋問話，他不搭理；李善長問他，他則破口謾罵。無奈，朱元璋只得命手下衛士以亂棍打死張士誠。當時張士誠47歲，東吳滅亡。

由此可見，張士誠雖然被評價為“反復無常，貪圖享樂”、“沒有雄心”，但在與朱元璋的對決中，他并非貪生怕死，茍且偷安，而是與朱軍血戰到底，寧死不屈，直到被俘也絕不屈服。

至正二十七年（公元1367年），朱元璋命湯和為征南將軍，討伐割據浙東多年的方國珍。后命胡廷瑞為征南將軍，何文輝為副將軍，進攻福建。同年，方國珍投降。

同年十月，朱元璋命中書右丞相徐達為征虜大將軍、平章常遇春為副將軍，率軍25萬，北進中原。期間發布《諭中原檄》，提出“驅逐胡虜，恢復中華，立綱陳紀，救濟斯民”的綱領，以此感召北方人民起來反元。朱元璋對北伐又作出了部署，提出先取山東，掃除元朝的屏障；進兵河南，切斷它的羽翼；奪取潼關，占據它的門檻；然后進兵大都，這時元朝勢孤援絕，可不戰而取之；再派兵西進，則山西、陜北、關中、甘肅可以席卷而下。

北伐大軍按計而行。徐達率兵先取山東，再西進，攻下汴粱，然后揮師潼關。朱元璋到汴梁坐鎮指揮。

洪武元年（公元1368年）七月，各路大軍沿運河直達天津，二十七日進占通州（今北京通州區）。同年八月，大軍進逼北京，元順帝帶領三宮后妃、皇太子等由健德門棄城北逃，全部逃往蒙古草原。其殘余勢力則在朱元璋的大軍攻來時，全部潰散。

至此，蒙古人結束在中原98年的統治，朱元璋取得了長城以內地區的統治權，中國再次回歸到漢族政權的統治之下。