在盧循之亂結束以后，劉裕碰上了一個大問題，很大的問題——那些跟他一起舉兵的老兄弟們曾經也是和劉裕平起平坐的北府軍將，隨著劉裕在第一項義熙北伐和盧循之亂中取得重大勝利，劉裕的威望也每日俱增，義熙七年又領中書監、太尉，成為了東晉的實權人物，那些老兄弟們并不愿意看到劉裕凌駕于自己之上，于是開始陰謀反對劉裕。
更加不利的是，在義熙八年，一件對于劉裕而言極其糟糕的事情發生了——他最有才能的弟弟，在桓玄之亂、盧循之亂中戰功卓著的時任建威將軍、散騎常侍、使持節、都督江州之武昌、荊州之江夏隨郡義陽綏安、豫州之西陽汝南潁川新蔡九郡諸軍事、南蠻校尉、荊州刺史、華容縣公劉道規因病解任荊州刺史及都督，并于義熙八年閏六月在建康與世長辭，年僅四十三歲，卒贈侍中、司徒、南郡公，追加班劍二十人，謚號烈武。由于劉道規無子，由劉裕二弟劉道憐之子劉義慶出繼劉道規，襲南郡公爵。
在劉道規去世以后，劉毅接管了劉道規在世時管轄的荊州。這劉毅與劉裕之間的爭斗由來已久。我在第三章里寫過，在義熙四年劉裕入輔的時候，劉毅便竭力阻攔劉裕兼任錄尚書事、揚州刺史，希望能夠維持自己與劉裕之間的相對平衡。
雖然說隨著義熙四年劉裕在劉穆之的建議下強行進京入輔，打破了劉裕和劉毅之間的平衡，但是劉毅當然不會真的甘心屈居于劉裕之下。
而且，義熙五年，劉裕發動第一次義熙北伐，一舉滅亡割據青徐的鮮卑族南燕政權，立下不世之功，其威望越來越高，又被授予太尉、中書監，權力繼續急遽膨脹；與此同時，劉毅可能是為了積累功勛，強行帶病率領大軍出征盧循，慘敗于桑落洲，折兵八成，大大有損于威望。威望和地位的此消彼長之下，起兵之初二劉的盟友關系已經是完全不可能維系下去了，要么劉毅安安心心輔佐劉裕，再往后成為新王朝的開國功臣，要么就相互斗爭，乃至于兵戎相見，大打出手。
劉毅當然不是那種選擇前者的人，想讓他安安心心輔佐劉裕大概也太難為他了。于是乎，劉毅在這兩條路中果斷選擇了后者。
當然，斗爭不一定意味著一定要打仗，劉毅起初也并不一定想和劉裕開戰。劉毅起初想進行一種和諧的斗爭——拉幫結派、黨同伐異。
劉裕確實是猛，但是，他也有一個小問題——跟門閥士族不對付。這個我也在第三章里提到過，劉裕的幕府中門閥士族總體不多，基本上可考者只有瑯琊王氏之王弘、潁川庾氏之庾悅以及在孟昶死后進入劉裕幕府之陳郡謝氏的謝晦。
而相當于劉裕而言，劉毅與士族的關系似乎要融洽那么一些，依附于劉毅的士族也相當多。
在拉攏士族對抗劉裕的同時，劉毅也開始打壓那些親善于劉裕的大臣以及劉裕的幕僚。比如我前面提到的潁川庾悅，在他解任建威將軍后，劉毅把他建威將軍府的僚屬統統納入自己府中，又派兵嚴守庾悅任職的尋陽，還屢次羞辱庾悅，愣是把他給活活氣死了，年僅三十八歲。
對于當初阻礙自己削弱劉裕權力的劉裕謀主劉穆之，劉毅也是不遺余力地竭力打壓，屢次向劉裕進言，說劉穆之權力太大，希望劉裕削弱他的權力。
要削劉裕謀主的權力，竟然去跟劉裕說，想想都知道一點用都沒有。劉裕睬都不睬他，不過看在劉毅的面子上，還是更加重用劉穆之了。
我自己幕府里敵人最希望干掉的人，很可能就是對敵人威脅最大的人。劉裕好歹也是一代梟雄，要是這個都想不到，劉裕大概可以回家種地去了，或者干起賭博的老本行也不是不行。
咳咳，扯遠了，我們再把問題扯回劉毅出鎮荊州以后。
劉毅在出鎮荊州以后，加快了自己和劉裕對抗的步伐。他在荊州擁兵自重，大力扶植黨羽，又以病重為由把從弟劉藩調到荊州作為副手。劉裕當然不可能是傻子，劉毅這套操作下來，劉裕也洞察了劉毅打算和他對抗的用意。
劉裕先發制人，在義熙八年九月，劉裕看準機會，立刻處死了劉毅的黨羽謝混以及臨時來到建康的劉藩。
緊接著，劉裕根本不給劉毅一點反應的機會，立刻命令隱瞞劉藩死訊，派出將軍蒯恩、王鎮惡率軍假裝是返回的劉藩，前往江陵，自己率領大軍跟進。
這王鎮惡乃是名臣之后，他的祖父就是赫赫有名的前秦宣昭帝苻堅之宰相，輔佐苻堅吞燕滅涼，一統北方的五胡十六國著名軍事家、政治家、改革家，秦丞相清河武侯王猛。但是他十歲的時候，一代雄主苻堅慘敗于淝水。沒過幾年，前秦帝國在內憂外患之中轟然倒塌，年少的王鎮惡也因此流離在崤澠之間，并輾轉來到東晉，當了個小縣令，后來憑借才能得到了劉裕的賞識。
這時候，劉毅根本不知道弟弟已經掛了，還以為真的是劉藩回來了，于是根本不設防。等到劉毅發現來的人好像不是劉藩的時候，王鎮惡的先頭部隊距離江陵城已經只剩下五六里路了。
劉毅這才發現自己上當了，連忙下令關閉江陵城門，打算堅守城池。但是，王鎮惡沒有給他這個機會，他率領部隊在劉毅關閉城門之前便直接沖了進去，大軍也得以進入江陵城，劉毅退守城內牙城。
晚上，劉毅想要在夜色的掩護下突圍，被王鎮惡的部隊攔了正著，然后劉毅又轉向突圍，又被蒯恩率部暴打。最后，劉毅雖然逃出了江陵城，但是士兵疲倦，無法繼續突圍，劉毅遂自縊而死。
而就在劉裕把劉毅給弄死了的時候，留守京師的諸葛長民找到了劉穆之，問劉穆之劉裕到底信不信任自己。劉穆之當然聽得出，諸葛長民這家伙看到劉毅被劉裕討伐，害怕自己哪天也被劉裕扔去見劉毅了，于是寬慰了諸葛長民，表示劉裕對他絕對信任。
問題就在于，諸葛長民覺得劉裕信不信任自己也不是靠劉穆之一張嘴說的，是靠諸葛長民自己感覺的。然而，諸葛長民覺得再這么下去，劉裕早晚辦了自己。更何況，諸葛長民還有一個想要搞事情的弟弟諸葛黎民天天勸諸葛長民造反。
就算到了這份上，諸葛長民還是在猶豫要不要真的造反。但是，諸葛長民又是跟劉穆之問了這種話，又有個天天勸他造反的弟弟。劉裕就算本來不想辦了他現在都要再好好考量考量了。
嚴格地講，對于劉裕來說，這種事情沒什么好考量的。反正有誰有二心，干就完了。
劉裕回到建康，迅速潛入自己府中，派遣心腹埋伏在府中。然后，劉裕假情假意地把諸葛長民叫進來嘮嗑。諸葛長民以為劉裕很信任自己，不設防地走了進去，結果立馬就被劉裕送去見了劉毅。
原來，這諸葛長民趁著劉裕不在，貪贓枉法、魚肉百姓的事情可沒少干，他這一死，天下百姓為之歡呼雀躍。但是，劉裕對于曾經盟友的討伐仍然沒有結束，而下一個敗在劉裕手里的，是接任劉毅擔任荊州刺史的司馬休之。
這司馬休之的身份可不是劉裕、劉毅、何無忌、諸葛長民那些出身低級士族的軍人能比的。聽他這個姓就知道他是晉皇室出身，為晉王朝奠基者晉宣帝司馬懿的弟弟司馬進的后裔，譙敬王司馬恬之子，年輕的時候就擔任清顯之職，之后參與平定王恭之亂、庾楷之亂，授龍驤將軍、襄城太守，后來遭到桓玄討伐投奔南燕，劉裕舉兵倒桓之后歸國。
嚴格來講，司馬休之原先并不一定真的想要推翻劉裕，畢竟能夠好好過日子，誰想干造反那把腦袋別在褲腰帶上的營生？
問題是，現在的關鍵已經不在于司馬休之想不想造反，而在于劉裕覺得司馬休之可不可能造反。此時的劉裕，絕對已經是在為篡晉立國做準備了。那么從劉裕那邊看，司馬休之是東晉宗室重臣，又手握長江中游，絕對是個禍患。
于是，劉裕以司馬休之在京師的兒子司馬文思犯罪為由，把他交給父親，暗示司馬休之處死兒子。
司馬休之當然下不去這個手，于是上表謝罪，并將兒子貶為庶民。抓到把柄的劉裕在義熙十一年（415年）年初大舉討伐司馬休之。司馬休之一邊上疏陳述劉裕之罪，一邊與魯宗之聯合軍隊，抵御劉裕。
這回，劉裕沒法那么順風順水下去了。戰斗一開始，司馬休之的軍隊就斬殺了劉裕重要將領徐逵之。這徐逵之可不是一般將領那么簡單，他是劉裕的女婿，娶劉裕長女劉興弟為妻。聽聞女婿死訊，劉裕怒不可遏，立馬要求胡藩立刻實行登陸，然后不顧自己已經是五十好幾的人了，堅持要像十年前一樣親自抄著大刀帶隊砍人，把眾人嚇了一跳。
這時候，劉裕的幕僚謝晦抱住他，不讓他沖到前線，劉裕拔出大寶劍就對謝晦喊：“信不信我劈了你？”
誰知道這謝晦一點不慌，直接嗆回去說：“天下可以沒有我，不能沒有你，我死了有什么關系？”
兩邊把話說到這樣，氣氛就很尷尬了，幸虧胡藩這時候正好派人回報，說自己已經成功登陸，司馬休之已經撤回江陵。
于是乎，劉裕親自督統大軍發起猛攻，一鼓作氣，拿下江陵，四月拿下襄陽，司馬休之和魯宗之被迫溜到后秦，投奔姚興去了。