明清時期，名家輩出，中醫學理論與實踐相結合，發展迅速，活血化瘀理論與實踐也得到了極大的發展，并且開始形成獨立的理論體系，為現代活血化瘀學說的建立與完善奠定了堅實的基礎。

明朝有萬全、王肯堂、李中梓、李時珍等醫學大家，其著作中有許多關于血瘀證治療的論述。如萬全立固精湯（懷牛膝、杜仲、當歸、陳皮、黃芩、地骨皮、知母、川芎、白芍、補骨脂、紅花、甘草、棕灰）“治血瘀，不拘牙縫、發尖流血等癥，并治之”。李中梓在《醫宗必讀》中立積聚專篇，對“血積”，輕者用干漆、桃仁、丹皮、歸尾、赤芍、紅花，甚者用大黃、虻蟲、水蛭、穿山甲、花蕊石。明·王肯堂《證治準繩》立蓄血專篇，指出：“夫人飲食起居，一失其宜，皆能使血瘀滯不行，故百病由污血者多”，提出了飲食起居失宜可以致瘀的觀點，并進一步指出：“人知百病生于氣，而不知血為病之始也”。董宿的《奇效良方》與李時珍的《本草綱目》則記載了大量的活血化瘀方劑和活血化瘀藥物。

清代是活血化瘀法發展的重要時期，涌現了王清任、葉天士、唐宗海、張錫純、吳瑭等醫學大家，他們對活血化瘀法的發展作出了重要貢獻。

清·王清任在實踐基礎上著《醫林改錯》，該書可以認為是一部論述活血化瘀的專書，對血瘀證的癥狀、證候、辨識、治療等都有詳盡的論述，使活血化瘀法的應用擴大到內、外、婦、兒各科及瘟病等多個領域，極大地擴大了活血化瘀法的應用范圍，豐富了活血化瘀的內容，成為活血化瘀療法的集大成者。王清任論病，尤其重視氣血，提出治病以氣血為本的重要思想，指出“治病之要訣，在明白氣血，無論外感內傷，要知初病傷人何物，不能傷臟腑，不能傷筋骨，不能傷皮肉，所傷者無非氣血。氣有虛實……血有虧瘀”，明確提出了氣血辨證的法則，在此思想指導下，從氣血入手識別各種血瘀病癥，提高了血瘀證診斷效能，減少了血瘀證的漏診率，并從氣血入手治療各種疾病，取得了較好的療效。在治療方面，王氏從氣血辨證入手倡導的益氣活血法及創制的大量益氣活血方劑，大大豐富了活血化瘀的方法，進一步提高了活血化瘀的療效。王氏認為：“元氣既虛，必不能傳達于血管，血管無力，必停留而瘀”。故王氏據此創立了益氣活血法治療氣虛血瘀證，創制了不少補氣活血方，如補陽還五湯、黃芪赤風湯、黃芪桃紅湯、助陽止癢湯等，其中治療半身不遂的補陽還五湯堪稱典范，該方以大劑量黃芪為君，峻補元氣，使氣旺血行，氣足血通，配以小劑量的當歸尾、桃仁、紅花、川芎、地龍、赤芍活血通絡使脈絡通暢，補氣藥與活血藥相配，使氣足血活，氣血暢通，對中風、胸痹等多種疾病屬氣虛血瘀者均有較好療效。

縱觀全書，王氏的活血化瘀法應用十分廣泛，幾乎涵蓋了今天活血化瘀的所有主要治法，包括解表活血法、疏風活血法、理氣活血法、解毒活血法、化痰活血法、通絡活血法、益氣活血法、溫陽活血法、養陰活血法、養血活血法等均有涉及，體現了王氏應用活血化瘀的純熟經驗。除上述的補陽還五湯等益氣活血方外，他創立的血府逐瘀湯、通竅活血湯、身痛逐瘀湯、膈下逐瘀湯、少腹逐瘀湯、癲狂夢醒湯等諸多方劑所治病癥繁多，適用面廣，至今為臨床所常用。如血府逐瘀湯（由桃仁、紅花、川芎、赤芍、當歸、生地、牛膝、柴胡、桔梗、枳殼、甘草組成），王氏以之治療頭痛、胸痛、胸不任物、胸任重物、天亮汗出、急躁、不眠、心跳心忙等諸多病癥，應用廣泛。在該書中，王清任將活血化瘀法所治疾病的種類從以往的癥積、疼痛（脅痛、胸痛、脘腹痛、痹病等）、跌打損傷、婦科疾病、情志疾病等擴展到了中風、胸痹心痛、癲狂、汗癥、發熱、脫發、皮膚病（如白癜風、酒渣鼻等）、耳聾、久瀉等諸多雜病，以及小兒抽風、痘疹、霍亂等急癥、時令病，極大地擴大了活血化瘀療法的使用范圍，為后世活血化瘀療法的發展起到了很大的推動作用，以豐富的實踐進一步詮釋了“百病多瘀”理論。

清·唐宗海著《血證論》是論述出血證的專書，但對血瘀證及出血與血瘀之間的關系都作出了詳盡的論述，明確提出出血也存在瘀血。他把消瘀作為止血四法之一，認為：“干血不去，則新血斷無生理”，擴大了活血化瘀治法的應用范圍；同時立血瘀證專篇，其中包括“瘀血、蓄血、血鼓、經閉”，并指出“吐衄便漏，其血無不離經。凡系離經之血，與榮養周身之血，已睽絕而不合”，即離經之血是瘀血，且“既是離經之血，雖清血鮮血，亦是瘀血”；提出血瘀證“總以去瘀為先，且既有瘀血，便有瘀血之證，醫者按證治之，無庸畏阻”；《血證論》中又指出：“肝屬木，木氣沖和條達，不致遏郁，則血脈得暢”，否則易于氣滯血瘀。“治血者必調氣”，“氣和則血和”。重視疏肝調氣理血，倡導應用疏肝理氣活血的方法治療血瘀證。

清·葉天士明確提出“久病入絡”、“久痛必入絡”，這個“入絡”即是瘀的表現，進一步直接指出：“絡主血，久病血瘀”。錄其醫案之一于此以為證：王（三七）騎射馳驟，寒暑勞形，皆令陽氣受傷。三年來，右胸脅形高微突，初病脹痛無形，久則形堅似梗，是初為氣結在經，久則血傷入絡。蓋經絡系于臟腑外廓，猶堪勉強支撐。但氣鈍血滯，日漸瘀痹，而延癥瘕。怒勞努力，氣血交亂，病必旋發，故寒溫消克，理氣逐血。總之未能講究絡病工夫。考仲景于勞傷血痹諸法，其通絡方法，每取蟲蟻迅速飛走諸靈，俾飛者升，走者降血無凝著。氣可宣通。與攻積除堅。徒入臟腑者有間。錄法備參末議。蜣螂蟲、當歸須、桃仁、川郁金、川芎、生香附、煨木香、生牡蠣、夏枯草，用大酒曲末二兩加水稀糊丸無灰酒送三錢。

葉氏在《外感溫熱病篇》提出“衛氣營血”辨證的溫病辨治大法，其中提出：“大凡看法，衛之后，方言氣，營之后，方言血，在衛汗之可也，到氣方可清氣，入營猶可透營轉氣，如犀角元參羚羊等物，入血就恐耗血動血，直須涼血散血，如生地丹皮阿膠赤芍等物”，明確提出了在溫病血分階段應直接采用涼血散血治法，而涼血散血即是活血化瘀的一種。

吳瑭在《溫病條辨》中用活血化瘀法治療秋燥所致血瘀證，化瘀回生丹（人參、肉桂、兩頭尖、片姜黃、公丁香、川椒炭、虻蟲、三棱、元胡、香附、川芎、乳香、沒藥、當歸尾、熟地等）最為有名。張錫純創制活絡效靈丹（當歸、丹參、乳香、沒藥），用活血化瘀藥治療氣血凝滯所致疼痛，療效卓著。并創金鈴瀉肝湯理氣活血為主治脅下焮疼，該方由川楝子、生明乳香、生明沒藥、三棱、莪術、甘草組成，“凡心腹作疼，而非寒涼者，用之皆甚效驗”。