宋金元時期，活血化瘀理論與實踐得到了進一步的整理提高，采用活血化瘀治療的方法得到廣泛應用，以活血化瘀為主的方劑大量涌現。

宋代《太平惠民和劑局方》治婦人諸疾里記載了失笑散、蒲黃散、當歸散、牡丹散、紅花當歸散等許多活血化瘀方。宋代名醫陳言著《三因極一病證方論》，該書對癥瘕積聚進行了詳盡的論述，并用三圣丸（赤芍、當歸、三棱、莪術、紅花）、小三棱煎（三棱、莪術、芫花）等理氣活血治療癥瘕積塊。宋·許叔微著《本事方》用彈丸（乳香、沒藥、五靈脂、麝香）活血化瘀治療癱瘓。

金·李東垣屬補土派，但也重視調氣血、通血脈，在《醫學發明·中風同墮墜論》中創立了著名的活血化瘀方劑-復元活血湯（柴胡、瓜蔞根、當歸、穿山甲、桃仁、紅花、大黃、甘草），“治從高墜下，惡血留于脅下，及疼痛不可忍者”。在《脾胃論》中以當歸活血散（川芎、青皮、槐花、荊芥穗、熟地、白術、當歸、升麻）活血化瘀治療腸癖下血，濕毒下血。張子和提出“氣血以流通為貴”，下法有“陳去而腸胃潔，瘀證盡而營衛昌，不補之中有補存焉”。

元·朱丹溪對情志致病十分重視，認為情志失調可以導致氣血失和而為病，指出“氣血沖和，萬病不生，一有怫郁，諸病生焉”，并提出“蒼術、撫芎，總解諸郁，隨證加入諸藥”的理氣活血治療大法，創越鞠丸（川芎、醋香附、炒神曲、炒蒼術、炒梔子）活血化瘀為主治療諸郁。這說明情志疾病多存在血瘀的情況，應當合用活血化瘀的方法進行治療，這是對活血化瘀療法的又一發展，擴大了活血化瘀療法的使用范圍，對后世有很大影響。如《景岳全書》引《醫學統旨》疏肝解郁活血的代表方劑柴胡疏肝散（陳皮、柴胡、川芎、枳殼、芍藥、甘草、香附）就是丹溪思想的生動體現。