清廷當然不會坐視闖軍在南方和陜西如此大鬧，順治三年的新年，襄陽、西安等地的告急文書如雪片般飛向北京。浙江魯監國政權麾下的方國安、王之仁也發動了反攻，攻打杭州，雖然被清朝總督張存仁擊敗，但畢竟也牽制了清軍的兵力。就連南京附近都有明朝的瑞昌王朱誼漇、總兵朱君召在活動，大量的綠營缺乏馬匹、盔甲、弓箭，全靠勒克德渾和鑲黃旗副都統巴山麾下的滿洲兵支撐局面，這支兵馬東征西戰，已經十分疲憊，傷病員也很多，洪承疇把高進庫、張天祿、田雄、馬得功、胡茂楨、于永綬、卜從善、李仲興等部綠營都放到了南直隸西部，以防止劉芳亮順流東進，由于宮文彩、張家玉等人領導的山東義軍又開始頻頻出擊，從山東調來江南增援的綠營柯永盛部不得不返回山東，洪承疇手下的兵力捉襟見肘，也不住地向北京請求援軍。

經過了幾個月的休整，在之前的戰斗中拼得兩敗俱傷的清軍和闖軍都算是恢復了戰斗力，是時候再來一次對決了，清軍決定兵分三路發起攻擊。首先是陜西，諸王會商之后，決定以肅親王豪格為靖遠大將軍，率領尼堪、滿達海、屯齊、岳樂、喀爾楚渾、吳三桂、巴彥、李國翰等人西征陜西，先平定陜北，與何洛會、孟喬芳指揮的關中清軍會合，再逐步平定全陜。然后是湖廣，整個湖廣目前只有襄陽府還在清軍的控制之下，面臨著闖軍主力的威脅，清廷派端重郡王博洛為征南大將軍，率領圖賴、佟養和、金礪、孔有德、尚可喜、耿仲明、沈志祥等人南征湖廣。最后是江南方向，清廷不認為魯監國和唐監國政權會有多強的戰斗力，但是留著他們畢竟是個障礙，而且他們如果被武昌朝廷吞并，清軍要對付武昌朝廷就會更加困難，因此派多鐸為平南大將軍，率領巴布泰、賴慕布、瓦克達、博和讬、曹存性等人進兵浙閩。此時阿濟格由于太原、瓦窯堡、襄陽三場戰役的戰績都不好，再加上擅自向蒙古人勒索馬匹、進軍速度遲緩、威脅官員、擅用儀仗、傲慢無禮等問題，被降為了郡王，這一回也沒爭取到出戰的機會。

同時調動這三路大軍，所需的人力物力財力已經遠遠超過了崇禎年間的最強動員能力，所費極為浩繁。在人力上，清朝大批起用綠營兵將，征調蒙古人從軍，以補充真滿洲兵力的不足，同時也從關外老家調集滿洲兵來關內參戰。在物力財力上，雖然清朝廢除了明朝的三餉，但各種苛捐雜稅又壓了上來，加緊盤剝，這令各地的反清義軍活動得更加頻繁。原本清朝答應保全投降的明朝勛貴的財產，這會兒也把自己做出過的承諾當成擦屁股紙扔掉了，趙之龍等投降清朝的南都勛貴的家產全都被抄沒，南京守備、魏國公徐青君是中山王徐達的后人，竟然淪落到了替人挨板子為生。

北京朝廷在調兵遣將，武昌朝廷當然也不會坐視不理，除了爆發了土司叛亂的云南之外，湖廣、江西、廣東、廣西、四川、貴州這些接受武昌朝廷領導的省份都進行了大規模的動員，向前線輸送糧餉。李明忠、王興指揮的廣東部隊，焦璉指揮的廣西部隊都開赴湖廣，準備迎戰博洛的大軍。博洛這一路是三路清軍之中實力最強的，他的父親阿巴泰死于黃蜚之手，這一次他急欲報仇。劉宗敏深感不安，闖軍的兵力眼下還是不足，雖然收編了很多明軍，但是這些兵馬的戰斗力究竟如何就只有天知道了。不少部隊還是由原來的明軍將領統帶，即便是已經完成整編的，也沒進行多長時間的磨合訓練。云南那邊，先是發生了元謀土司吾必奎的叛亂，明黔國公沐天波調王弄土司沙定洲平叛，雖然消滅了吾必奎，沙定洲卻趁機偷襲了省城昆明，沐天波的兩個弟弟沐天澤、沐天潤都戰死沙場，母親陳氏和妻子焦氏自盡，沐天波本人逃亡楚雄，投奔兵備道楊畏知。云南巡撫吳兆元、禮部左侍郎王錫袞投奔了石屏土司龍在田，向武昌朝廷緊急求援。劉宗敏沒有辦法，只能命劉體純前往云南平叛，王祥、皮熊所部前往湖廣的計劃不改，留馬云翔鎮守貴陽，在廣西的趙印選、胡一青所部滇軍調入劉體純麾下。王皮二部磨磨蹭蹭，能不能按時趕到還很難說。

四川方面，袁宗第能調動的兵力也很有限，目前只能派李復榮率領三譚所部再加上一支闖軍老兵和搖黃等小軍閥部隊混編之后的軍隊增援。曾英派出了部將李占春和于大海，秦翼明也率領白桿兵參戰，但是這兩支軍隊依然是徹頭徹尾的明軍。四川本地的軍事壓力也很大，袁宗第忙于平定匪患、剿滅亂兵、賑濟難民甚至上山打老虎，實在分身乏術，提供這么多軍隊已經很冒險了。

因此，西軍的態度就成了局面的關鍵。如果他們真心實意歸順武昌朝廷，那么劉宗敏手上就能增加一支強大的野戰力量，四川的治安戰也不必再擔心。反之如果他們陽奉陰違甚至與闖軍敵對，西南亂局就會一直持續下去，武昌朝廷將始終面臨腹背受敵的窘境。

孫可望、李定國、劉文秀、艾能奇突然聯合拜表表示愿意歸降，令劉宗敏大為歡喜，但是他同時也擔心，西營的歸誠到底是不是真心的？假如他們只是借此機會行緩兵之計，以圖長期在四川割據，那么局面也不會用多少好轉。在牛金星的謀劃下，劉宗敏向西軍諸將傳達了任命。孫可望封昆明侯，授云南權將軍之職，與劉體純一同入滇平叛；李定國封宜城侯，授制將軍之職，前往襄陽參戰；劉文秀封咸寧侯，授制將軍之職，調往陜西接受高一功指揮；艾能奇封華陽侯，授制將軍之職，留守四川，接受袁宗第指揮，待袁宗第進駐成都之后移防保寧。

不少人都反對這個安排，劉體統提出，這個改編要求太苛刻了，直接把西軍一分為四，分到四個省，就連對很多明軍都沒有這么苛刻。劉宗敏表示，對明軍遲早也要這么苛刻，武昌朝廷內部不能允許有擁兵自重的軍閥出現。連堵胤錫都認為，這種條件有可能導致西軍拒絕改編。最終劉宗敏決定，先不直接下旨，由堵胤錫和宋獻策前往成都和西軍四兄弟商談改編細節。出乎他們意料的是，孫可望竟一口答應了朝廷的全部要求，并且表示，從成都到武昌走一趟要一個月，往返請示太麻煩了，既然西營的意見與朝廷的意見相同，那就立刻行動吧。堵胤錫和宋獻策完全沒想到事情會這么順利，劉宗敏事先也交代過他們，只要西軍接受改編，條件適當放寬都可以，但是要快，云南、陜西的軍情都十分緊急，容不得拖延，于是他們立刻批準西軍諸將使用朝廷打算授予他們的各種官爵，迅速停止四川的內戰，準備平叛抗清。