清軍碰上了大麻煩：長江。得知左良玉舉兵東下的消息，南京弘光朝廷的首輔馬士英本打算調集水師前往上游迎戰，但是黃得功很快送來了新消息：左良玉被闖賊打敗，并被黃蜚和黃斌卿殲滅。不久，李自成戰死，朱慈烺與劉芳亮同行的消息也傳來了。
盡管弘光皇帝竭力否定朱慈烺的存在，但是馬士英很清楚這件事的真實性，因為他的情報來源是何騰蛟的遺書。何騰蛟臨終前把武昌的情況寫成信件，命親信家仆送往南京，馬士英與何騰蛟同鄉，相識已久，了解何騰蛟的人品，這封絕命書絕不會有假。
清軍血洗揚州的消息被難民帶到了江南，引起了巨大的恐慌，清軍數十萬陳兵江岸，而明軍主力除了黃得功部之外都已不存在。已經開始有人議論，是史可法的抵抗才招致清軍屠城，如果直接投降的話，說不定就不會有事了。
馬士英現在最擔心的是，如果現有的軍隊之中再出了叛徒，大明就真要完蛋了。黃得功、黃蜚、黃斌卿三人因為同姓過從甚密，這三人素來忠義，大節是不用擔心的，作戰也很勇猛，但是他們也都有明末軍閥的通病，比較自私，關心自己的兵馬地盤，對其他各部明軍非常敵視。更何況現在長江上游還有順軍和高杰的威脅，馬士英也不敢隨意調動他們，讓他們在蕪湖、太平一帶保住南京的左翼就很不錯了。南京下關碼頭駐守的水師是操江提督劉孔炤所部，這個人的可靠性就很值得懷疑了。劉孔炤爵封誠意伯，是明朝開國功臣劉基的后人，但是他的為人卻貪婪陰毒，為了爵位不惜殺害叔叔和繼祖母，又善于逢迎拍馬，權力欲旺盛。馬士英得勢，劉孔炤自然就成了馬士英的同黨，但馬士英心里清楚，劉孔炤是靠不住的，到了關鍵時刻不叛變就不錯了，絕不能指望他正面迎敵。南京下游的鎮江江面上，是鄭鴻逵、鄭彩部駐守。鄭鴻逵是鄭芝龍的弟弟，作為中國沿海的海賊王，鄭軍在水上的戰斗力是靠得住的，因此馬士英把希望都放在了鄭鴻逵身上，鄭鴻逵的防區正對揚州，也是清軍最有可能渡江的地方。
弘光元年六月八日夜，清軍趁著大霧從瓜州渡江，長江之戰開始了。
滿洲兵當然是不會打頭陣的，帶頭渡江的是張天祿、張天福兄弟和楊承祖。二張都是陜西榆林人，也是被李自成打剩下跑到南方的秦軍殘部，楊承祖則是僅次于李自成和張獻忠的農民軍中第三大豪帥羅汝才的外甥，羅汝才部被李自成吞并之后，楊承祖投降了明軍。雖然過去和闖軍交戰的時候都被打得落花流水，但是打起一般的明軍來他們就得心應手了，二張兄弟還參加了揚州大屠殺。楊承祖前不久還是明軍的時候，和李成棟等人一起南奔到江邊，想渡江逃到江南，結果被鄭家軍攔截，一頓炮彈招呼，死傷慘重。這一次楊承祖有滿洲太君們當后盾，膽氣頓時壯了，決定好好教訓教訓這些南蠻子。八旗兵隨后跟進，李率泰指揮的漢軍和努爾哈赤的侄子拜音圖指揮的滿軍先后下水。
駐守金山的明軍，突然發現大霧之中出現了滿江燈火，韃子渡江了！守軍當即發炮射擊，然而就在此時，一陣大風突然席卷江面。
楊承祖、張天祿、李率泰等人都暗叫一聲不好，滿天大霧被風吹開，鎮守金山的鄭彩急忙下令停止開炮，因為他分明看見，奔著金山方向來的只是幾百只點著燈的木筏而已，根本不是清軍的主力，與此同時，把本陣設在北固山上的鄭鴻逵發現，無數船只向著自己沖來。鄭鴻逵長出了一口氣，這可真是僥天之幸，如果讓清軍沖上岸來，自己手下的水師就只有任人宰割的份了。鄭家水師裝備的都是大型帆船，在無風的情況下無法出戰，但是現在風來了，鄭鴻逵立刻下令炮臺開火，水師全軍出擊，迎戰清軍。
一心想立頭功的楊承祖首當其沖，他的部下大多是陜西來的旱鴨子，雖然轉戰湖廣、南直隸期間也收了些熟悉水戰的部下，但畢竟數量有限，和自幼生長于波濤之中的鄭家水師無法相比。鄭軍船只是真正的戰艦，有的甚至裝備了十幾門、二十幾門紅夷大炮，而清軍的船只卻都是臨時搶來的漁船、商船、客船。無論是炮戰還是接舷戰，清軍都全面處于下風，楊承祖部下乘坐的船只被一艘艘擊沉、俘虜。楊承祖急忙下令掉轉船頭，向東北方向逃跑，然而就在他的座船轉向的時候，兩艘鄭軍戰艦瞄準他的大旗發動了齊射。桅桿帶著楊承祖的旗號喀喇喇地倒了下來，楊承祖躲避不及，被壓在船帆之下，一條胳膊也摔斷了。親兵們急忙上前搶救，剛剛把楊承祖拉出來，另一艘鄭軍戰船已經逼近，集中火力猛烈轟擊，無數小型彈丸清掃了甲板，頓時血肉橫飛，楊承祖和他的親兵們一起被轟成了碎肉。
其余清軍眼看情況不好，急忙撤退，鄭家水師肆意追殺，放炮送行，一直追到靠近北岸的位置，孔有德、耿仲明和新降的明軍總兵李遇春指揮清軍炮臺開火，這才把鄭家水師擊退。這一場惡戰下來，清軍竟折損上萬，楊承祖所部幾乎全軍覆沒，張天福、張天祿兄弟也損失慘重，拜音圖和李率泰的八旗兵也有不小的損折。雖然死的大部分都是綠營兵，并不心疼，但畢竟也是自南征江淮以來罕見的大敗。更讓多鐸等清軍將領憋氣的是，大部分戰死的清軍連揮刀的機會都沒有就直接葬身江中。
清軍在瓜洲休整了三天，六月酷暑，十分難熬，清軍中開始有人提議回京避暑。清軍很疲憊，又在江北繁華之地大肆屠掠，繳獲戰利品無數，很多人都不想再打了。但是劉良佐、張天祿、李成棟等降將極力反對撤軍，他們拼命鼓吹江南的花花世界富庶遠過江北，南京、蘇州、杭州等地富甲天下，南都勛貴們個個肥得流油，不亞于李自成在北京拷掠的那些勛貴。眾降將紛紛表示，明軍在陸地上不堪一擊，只要設法偷渡長江，就可以輕易擊敗他們。
多鐸心中很鄙視這幫家伙，但是作為征服者，帶路黨總是不嫌多的，現在還得用他們。多鐸最終一槌定音：“先滅高杰、黃得功，再取南京！”