水系

新疆的水文情況具有明顯的干旱環境特點，河流除額爾齊斯河屬外流河外，其余均屬內流河。湖泊則以咸水湖居多，淡水湖較少。雖然境內的河流數量多，但流程短，流量小，多無航運之利。多數河流可分為徑流形成區和徑流散失區，其分界點在山口。自治區內的地表徑流幾乎全來自山區，地區分布西部多于東部，北疆多于南疆。共有大小河流570條，年徑流量約為810億立方米。其中，北疆有河流387條，南疆有河流183條。額爾齊斯河發源于阿爾泰山東南，是中國屬北冰洋水系的唯一河流，也是新疆境內唯一的外流河；塔里木河是中國干旱地區中最長的內流河，穿流于塔里木盆地北緣；伊犁河穿行于伊犁河谷，是新疆境內水量最大的內流河。主要湖泊以羅布泊為較大，現已干涸。博斯騰湖是中國最大的內陸淡水湖，艾丁湖則為中國海拔最低的湖泊。此外，還有烏倫古湖、艾比湖、賽里木湖、巴里坤湖等及著名的天池。

塔里木河

塔里木河是塔里木水系的下游，位于新疆維吾爾自治區塔里木盆地的北部，如果包括上游的葉爾羌河，是中國最長的內流河。塔里木河下游由源于天山的阿克蘇河和發源于昆侖山的和田河及葉爾羌河匯聚而成。塔里木河原以羅布泊為歸宿，后尉犁縣堵壩引水，使塔里木河改道南流，以若羌縣的臺特馬湖為終點。1972年以后兩岸利用洼地蓄水，塔里木河終點從臺特馬湖退縮到鐵干里克的大西海子水庫。河長逐漸縮短。而且從19世紀以來，塔里木河上游支流灌溉區農墾面積在不斷擴大，原流入塔里木河的支流，如喀什噶爾、臺蘭、渭干、庫車、迪那、孔雀等河，現均已斷流，使塔里木河的補給來源逐漸減少。為了保證塔里木河的水源，保護塔里木河流域的自然環境已成為南疆開發整治的重要任務。

羅布泊

羅布泊就是地理概念上的塔里木河尾閭。位于新疆維吾爾自治區塔里木盆地東部羅布洼地上。湖的位置幾經改變，但均在羅布洼地范圍內。傳說中羅布泊在不斷地游移，事實上，所謂羅布泊游移，只是塔里木河尾閭位置的變動，湖盆本身并不游移。在封閉性的內陸盆地平原地區，河流下游經常自然改道，改道后的河流終點形成新湖泊，舊湖泊則逐漸干涸，成為鹽澤?，F今地圖上所標示的羅布泊都已干涸，但作為塔里木河終點這一地理概念的羅布泊，并未消失。羅布泊的最近地理位置是鐵干里克西邊的大西海子水庫，至于羅布泊的未來，只要合理安排塔里木河上下游用水關系，鐵干里克水庫不但能繼續存在，并可能放水給下游的阿拉干和羅布莊。如果塔里木河由自然河道改為渠化河道，兩岸農墾規模不再擴大，在合理用水條件下，大西海子水庫亦可能繼續存在，并向下游泄放一些水量。

賽里木湖

博樂市境內西南部的賽里木湖比天池面積大93倍，達457平方千米，是天山最大的高山湖。賽里木湖南岸有鄂勒著依圖博木軍臺，又名“三臺海子”。湖面海拔2073米，湖水最深85米。湖四周雪峰環抱，湖水清澈碧透，湖水透明度在12米以上，是中國目前已測定的湖泊透明度最大、水體最清澈的湖泊之一。湖水化學成分以硫酸鹽為主，屬微咸水型湖泊。湖圍高山海拔3600米以上為冰川和永久積雪帶，2800米～3000米為高山草原，2800米以下直至湖濱為云杉林帶。湖區周圍深水量超過500毫米，湖水收入來自大氣降水和湖周山地坡面徑流，湖水支出為湖面蒸發及少量滲漏。湖周水草豐美，為優級夏季牧場，現已劃為自然保護區。

天鵝湖

在新疆和靜縣尤爾都斯盆地、巴音布魯克草原的中心地帶，是開都河的發源地。尤爾都斯盆地是天山中高位山間盆地，是中、新生代復合型斷陷盆地，包括大、小尤爾都斯盆地。小尤爾都斯盆地東高西低，開都河上游東支從盆地中間流過，大尤爾都斯盆地西北高東南低，開都河上游西支從盆地中間流過。東西支匯合后從盆地東南部切空山地流向焉耆盆地。盆地地勢平緩，河流縱橫，河道兩旁小奚、涌泉無數，形成面積約1000平方千米的天鵝湖自然保護區，這里人煙稀少，水草豐茂，食物充足，沿岸蒲草、酸模等挺水植物高大挺拔，筑起一道綠色屏障，已成天鵝等候鳥、留鳥和旅鳥生存的理想場所。

博斯騰湖

博斯騰湖位于天山山脈南面的焉耆盆地內，是一個山間陷落湖，也是新疆最大的淡水湖，中國最大的內陸淡水湖。中國史書對博斯騰湖早有記述，現今湖體可分為大小湖兩部分，湖水的補給主要來自開都河。博斯騰湖的水產資源十分豐富，湖中盛產魚類，品種繁多，是新疆最大的漁業區，蘆葦也是湖區物產，蘆葦塘面積280多平方千米，年產蘆葦30萬噸，品質極高，是造紙、編織和建筑的優質材料。湖的東南岸連接一個鹽湖，盛產純凈潔白的食鹽。湖畔綠洲和河流兩岸，土地肥美，灌溉便利，農牧業較發達，有“北國江南”的美譽，盛產各種瓜果，如杏、李、西瓜、葡萄等，著名的庫爾勒梨（即瀚海梨）也是這里的物產。整個湖區風景秀麗，碧波浩淼，坐落在群峰起伏的天山支脈庫魯克山下，有“瀚海明珠”之稱。湖邊茂密的蘆葦葉中，還棲息著各種水鳥。

艾丁湖

艾丁湖位于新疆吐魯番盆地最低洼處，是中國大陸的最低點。因位于覺洛塔格山下，又稱覺洛浣。覺洛浣是指沙子包圍的湖泊。湖泊比海平面低154.31米，是世界上僅次于西亞死海、非洲阿薩勒湖的第三低地，湖盆東西長約40千米，南北寬僅8千米。水源來自博格達山的河川徑流及火焰山泉水、山前平原地帶的坎兒井水，這些水源均以地下水的形式補給。湖盆的自然環境均為草木不長的鹽漠。

喀納斯湖

喀納斯湖位于新疆最北部的阿勒泰地區的哈納斯河中段，哈納斯，蒙古語意為“美麗富饒、神秘莫測”。海拔1370米的喀納斯湖隱匿在重巒疊嶂、萬頃林海之間，屬典型冰磧湖。湖水顏色隨季節和天氣變化而變換，或湛藍，或碧綠……湖中巖島小巧玲瓏、勁松挺立、滿島蒼翠。湖周天然倒木縱橫，倒木入水后受強勁谷風的運送，自動逆水而上，在湖泊上堆積成千米的枯木長堤，為一大奇觀。湖邊為水草豐美的牧場，湖中常有天鵝、野鴨等嬉戲。喀納斯湖集湖光山色、珍禽與原始生境于一體，成為一個不可多得的高山游覽勝地。