目前，我國的城鎮醫保制度由人力資源和社會保障部門管理，而農村的新農合制度由衛生計生部門管理。要整合城鄉醫保制度，首先碰到的問題就是明確醫療的醫保制度應該歸哪個部門管理。醫療保險應該歸政府的哪個部門管，參考國際經驗是沒有意義的，主要取決于一個國家在政府機構改革時的政治生態，以及機構改革時改革成本的考量。從政治生態來講，目前我國的社會保障事業仍然處于建設和發展階段，需要對社會保障制度進行全面和統一規劃、統一推進。城鎮的各項社會保險制度已經比較完善，但農村養老保險剛剛建立，尚需要一個整體安排，將養老和醫療保障從城市向農村整體推進。同時，我國醫療衛生體制改革尚未到位，甚至有些重大問題尚未破題，比如公立醫院改革、發展社會辦醫、推動醫生自由職業等，公立醫院還是處于行政壟斷地位，醫療費用依然高居不下。在這種情況下，如果把醫保基金交給主管醫療服務提供的部門管理，人們自然會擔心這些錢是否會被用到主管部門下屬的醫療服務提供機構，而不是真正用到老百姓身上。社會希望有一個掌握醫保基金的部門，對醫療服務提供方進行監督。從機構改革成本來講，改革會涉及編制調配、人員安置、系統重組等各方面的成本。改革成本越小，阻力就越小，進展就會越順利，社會震動就越小。從現實情況看，在中央層面，目前衛生計生部門只有一個處管理農村合作醫療，地方經辦人員萬人左右，而人社部管理職工醫保和城鎮居民醫保的經辦隊伍約有17萬人，有8000家醫保經辦機構，因此將新農合劃歸人社部管理，改革的成本較小。目前各地經辦機構的信息系統在很多模塊上都是幾個社會保險項目統一開發，很難單獨剝離開。劃到衛生計生部門，就必須重建經辦隊伍和經辦系統，成本難以估量。另外，人社部門目前管理的工傷保險和生育保險，也涉及健康問題。綜上所述，城鄉醫保制度整合后，由人社部門的改革成本最小。

在整合城鄉醫保制度的過程中最大的難點問題是：基層醫療保險經辦機構能否順利完成新農合經辦的交接工作。畢竟，新農合覆蓋了7億多農民，而目前醫保經辦體系的管理能力在基層農村地區的經辦能力較弱。醫保涉及農民的切身利益，且醫療需求時刻都在發生，這要求在交接過程中確保醫保經辦工作不間斷。因此，整合城鄉醫保制度要循序漸進，應該采取先行政再經辦的策略，先把機構職能、人員安排到位，再考慮制度的整合。醫保主管部門和經辦機構要抓住機構改革的機會，通盤考慮長遠發展，科學合理地構建行政部門和經辦機構的內部組織設置與職能分工，積極爭取政府在編制、經費和系統建設上的投入。

統籌城鄉醫保制度已經成為我國醫保事業發展中一項急迫的工作，這主要體現在以下幾方面。

第一，這是我國經濟社會發展形勢提出的要求，城鄉人口流動加快、城鎮化水平的加速提高等因素，迫切要求有一個統一管理的城鄉居民基本醫保制度與之相適應，否則將會影響到人口的順暢流動。

第二，從提高醫療保障制度公平性的要求來看，整合城鄉基本醫保制度是保證城鄉居民醫療保險公平性的基礎和前提。城鄉基本醫保制度管理體制不統一，會導致政出多門、政策掣肘，也會造成重復參保、重復投資建設等問題，甚至會使城鎮與農村基本醫保制度發展的基本理念相互沖突，沖擊基本醫保制度體系的基本框架，影響制度的統一性和完整性，致使城鄉基本醫保制度待遇水平的差距進一步拉大。

第三，整合城鄉醫保制度是醫療保險提高保障質量，實現可持續發展的要求。在同一個統籌地區農村和城鎮醫療保險制度管理不統一，醫療保險的互助共濟功能難以發揮，影響醫保基金運作效率；兩套管理組織體系對醫院的監督制約能力會相對降低；新農合的縣級統籌制約了醫療保險統籌層次的提高，削弱了醫保基金抗風險能力；兩個醫保制度的支付方式和支付標準不統一，使一個地區內醫療服務的價值判定標準失衡，對醫院管理和醫生行為造成負面影響。

第四，整合城鄉醫保也是整個社會保障體系建設的要求。五大社會保險在籌資上具有共同特征，將籌資渠道統一起來，可以減少個人和對企業多頭繳費的麻煩，也便于落實對繳費責任人及其繳費基數的監督。特別是在農村養老保險廣泛推行之后，農村醫療保險和養老保險由社會保障部門統管，將提高農村居民各類社會保險繳費的便捷度。五大保險集中在一個部門管理，可以降低政府財政投入成本，提高管理效率。

第五，整合城鄉醫保是當前推進醫療衛生體制改革的一項要求。我國醫療衛生體制改革難度較大，根本的原因是計劃經濟體制下形成的醫療衛生體制以及相關管理制度沒有得到徹底改革，公立醫療機構仍然附屬于衛生部門，政事和管辦沒有徹底分開。如果把醫療保險基金放在這個體制下管理，由一個部門管理醫療服務購買和醫療服務提供，那么就可能形成公立醫療機構“養懶漢”的機制，必然導致成本高、參保人利益被忽視。只有醫療保險基金的管理從這個體制里抽離出來，才能夠建立對醫療服務激勵和制約相結合的購買機制，通過談判團購醫療服務，才能夠促進公立醫療機構的運行效率，才能夠通過建立市場化的運行機制，才可能推動現有行政化的醫療衛生體制進行徹底改革。

城鄉醫保整合后，有許多工作亟需改進。第一，從整個系統來看，人社醫保部門的同志長期從事城市工作，部分同志對開展農村工作可能存在經驗不足的問題。人社部門應該認真研究和學習，下大功夫做好農村和農民的工作。農村養老保險在推行中積累了許多經驗，醫保部門可以借鑒。第二，農村和城市的社會關系有很大的差別，農村是一個“熟人”社會，城市是“陌生人”社會，這對醫療保險的籌資和運行管理既有有利的一面也有不利的一面，“熟人”社會容易一呼百應，有利于籌資的組織工作，但也容易抱團，結成利益同盟，增加違規行為查處的難度。第三，農村醫療資源分布零散，人口居住分散，并且年輕勞動力的流動性較大，這對醫保信息管理提出了更高的要求。加快推進全民登記制度，統一參保信息管理技術標準非常重要。第四，政府職能應當從權力型政府向服務型政府轉變，為13億人口提供醫療保障經辦服務是服務型政府的職責，政府應當增加醫保經辦機構的人員編制、事業經費，增加對信息系統的投入。

城鎮化是整合城鄉醫保的動力，整合城鄉醫保是城鎮化的制度保障之一。城鎮化，不僅僅是人居住在城市并擁有一個城鎮戶口，而是農民進入城市后要與居住在城市的市民實行相同的就業、社保、教育、醫療制度，享受相同的待遇。城鄉戶籍只是一張“出入證”，真正構成城鄉分割的是教育、醫療、社保等制度所建構的“城墻”。這個看不見卻感受得到的城鄉不同的制度設置，造成了城鄉差距和不公平，阻礙了城鎮化的發展。推進城鎮化的根本問題是要通過改革推到這堵看不見的制度城墻。實現醫療保險制度的城鄉整合，盡管不能徹底推倒這堵城墻，但可以使其松動，為實現真正意義的城鎮化助力。