第三階段的改造，由于不能使用時間倉，足足花了一個月的時間才完成，云陽從修復倉出來的時候，發現自己身高已經達到了兩米二，按照智腦的說法，這是鉑金人的平均身高。云陽最高興的是發現變回了十八歲的自己，而身體也比之前顯得壯實了許多，力量和反應速度比以前提高了不少，身體也明顯的浮現出了資料中鉑金人才有的淡淡鉑金光芒，根據前后身體數據對比，云陽發現自己的大腦利用率比之前提高了三個百分點，視覺和聽覺有了進一步提升，同時對環境敏感度也提高了不少。
小蘿莉也長大了不少，對，就是長大了，約為人類十八歲左右少女的模樣，兩米一左右身高，按照當年大秦帝國的審美標準，肯定是個美人，而小蘿莉的智力和能力也提高了不少，頭頂上的蝴蝶結依舊是標配。當然，小蘿莉除了有一副金屬骨骼外，其余部分都是金星機器人技術造出的血肉之軀，智腦依舊沒有融合鉑星文明的資料進入小蘿莉的腦袋里，如果不是小蘿莉自己承認、被解刨或者遇到高級掃描儀，根本無法分辨出她是機器人。貪玩的小蘿莉在一次太空漫步中，用推進器推動一顆小行星去撞擊另一顆小行星，最后兩顆小行星軌道改變，一顆飛向地球，一顆飄向了太陽……。
在所有預定的修復工作完成后，小飛船綜合能耗比之前降低10%，同時開啟了武器系統、空間斷層護盾系統及集群控制系統，飛船有了集群控制能力，可以同時控制10艘飛船進行一光年內的宇宙探測，資源收集，巡航及作戰。而智腦也對系統模塊進行了升級，比之前更高效，此次飛船修復，消耗了近50%的能儲備源，好在處于小行星帶上，資源豐富，不愁沒有補給。
所有探測器的探測結果反饋回來，航線正常，沒有大的安全隱患，但是太陽系探測器集體探測結果卻讓云陽和小蘿莉吃了一驚，土星和木星軌道之間，居然有一個大工程，由于不在航線之內，云陽發出的探測器沒有發現，智腦綜合分析了探測器數據后給出了一個讓兩人更吃驚的答案，這個工程系統不屬于太陽系內任何已知文明，因為大部分材料不是太陽系內原生的，也不是人工合成的。通過探測器返回的數據得知在木星和土星軌道之間，有塊長方體的造物，長度約為1000米，寬618米，高382米，完美的黃金比例，處于木星和土星的格朗日點上。
云陽與小蘿莉和智腦商量之后，決定奢侈一把，開啟隱形護盾，斥力場護盾和全息護盾，武器系統處于待命狀態，飛往長方體造物，飛過木星的時候，看到木星巨大的眼睛，那種震撼無法描述，而由于之前探測器已經全面探測過木星除了木星內部高壓產生的一些奇異金屬外，沒有其他的有用信息，當然，云陽也不會放過那些奇異的金屬。大部分收入了飛船的倉庫內，等待后續開發使用。
飛到了長方體的金屬建筑前10萬公里處，飛船進入靜默模式，發射出了兩個小型探測器以前以后飛向長方體進行探測，第一個探測器偽裝成流浪小行星，在飛臨長方體一公里處遇到了長方體的護盾，由于沒有提前減速直接爆成一朵大煙花，而隨后跟著的隱形探測器則探測到了護盾的波動頻率，調節探測器護盾頻率并迅速降低速度，最后順利的穿過護盾，飛到了長方體前100米處近距離觀察，全面掃描后，發現長方體屬于飛船的可能性較大，飛船內沒有活動的生命跡象，只有大量的工程機器人進行日常維護，少量的無人工程小飛船在空間中進行物資收集，修補船體。除此之外，長方體疑似進入了待機狀態，能源波動較低，沒有出現大規模的能源使用現象。
綜合分析所有探測器反饋回來的資料后，云陽決定探測器繼續留守探測，而小飛船則飛回木星系統進行資源收集，提升資源和能源儲備，同時，繼續發射探測器到土星進行詳細的資源探測。
一個月之后，探測器依舊沒有檢測到長方體有任何變化，而小飛船經過在木星系統的資源收集，加上之前收集的資源，造出兩艘小飛船的護衛艦，由于不用載人，護衛艦采用全智能化操作，內部也不需要給操作人員預留空間，除了工程維護通道外，全裝滿了各種戰備資源，平時可以與小飛船進行對接合體，需要時可以分離開執行任務。
探測器發回信息，長方體、木星和土星即將連成一條直線，幾乎同時，云陽，小蘿莉和智腦看到了一個神奇的現象，在木星和土星的格朗日點上的長方體兩端發出了類似磁鐵兩級磁感線的光線，而同時，長方體開始繞著質點開始緩慢的沿著順時針旋轉，長方體中間也打開了一個巨大的金屬門，云陽立即讓其中一艘護衛艦飛向金屬門，意外的是，這次沒有遇到護盾，護衛艦直接飛入了金屬門，隨后一股拉力隨之而來，將剩下的兩艘飛船拉入門中。
進入長方體后，發現長方體也是利用了空間折疊技術，內部空間巨大，分布有四個小球體，在艦橋就可以看到四個球體的基本情況，其中一個球體上半部全黑，下半部則全白。對角的則是上半部分全白，下半部全黑，另一個球體則是從中間分開，左邊全黑，對角的則是左邊全白。四個球體位置在空間中處于正四方形四個角上，傾角都按照不同的角度指向空間中的一處位置進行旋轉，且自轉方向兩兩相反。
智腦給出的結果是四個球體處于底部，傾角的焦點垂直于四方形的中心點，五個點組成一個金字塔形的存在。云陽試著安排一艘護衛艦飛向第五個點，而另外一艘護衛艦飛向四方形的中心點，小飛船則飛向則飛向第五個點與四方形中心點垂直線條下部的黃金比例點，隨著四個球體自轉到一個狀態就停止不動，即四方形對角的球體表面上下左右相反。然后，四個球體相互發出一道光束，形成一個完美的四邊形，而對角的球體也發出光束進行連接，如果仔細觀察，會發現所有的光束都是由行星發出，而此時，第五個點和四邊形中間的護衛艦接收到了大量的信息流，開始涌向黃金比例點的主飛船。
檢測到大量的數據，數據接收中，啟用緩沖系統，分流數據，數據分流中，數據接收中。
由于需要轉換數據類型，數據接收時間超過了一周，智腦也幾次差點宕機，還好有兩艘護衛艦進行數據分流，將所有數據都接收完成后開始消化數據。這一周中，小蘿莉則向云陽求教霸王槍槍法，小蘿莉的學習能力超強，短短一周學習幾乎可以和云陽打成平手，兩人對練，槍法都有提高。根據接收到的數據初步分析得知這個制造了長方體文明屬于一個次元文明，叫做半生文明，不屬于當前宇宙，整個文明存進入這個宇宙后只能依賴長方體飛船生存。他們是在一次探測超新星爆發的過程中，意外進入了這個宇宙，由于是次元生命而被這個宇宙排斥，人口逐漸消亡，在航行到這個星系的時候發現這個奇怪的地點可以減小人口流失的速度，但是由于人口基數太少，無法延續文明的發展，最后決定采用這種方式等待其他文明進行接收，將半生文明發揚光大。
資料接收完畢后，整個空間開始了崩塌，而三艘飛船也被彈出了長方體，回到正常空間后發現和探測器的時間只相差一個小時，隨后云陽和小蘿莉看到長方體開始收縮，逐漸變小，最后化為一艘三百多米長的長方體飛船，依舊保持著完美的黃金比例，向小飛船飛來，在飛到小飛船上方的時候，飛船分裂開來，形成206塊形狀各異的金屬造物，包裹在小飛船外部，形成一個獨立的裝甲，通過兩船智腦間的交流，得知裝甲可以隨時脫離，迅速組合一艘獨立的飛船，可以由小飛船遠程操控，或者自行執行各種任務，但是半生飛船的智腦能力有限，只能作為一個飛船操控智腦存在，而小飛船的智腦，不知道用了什么辦法，半生人飛船的智腦居然稱呼他為大哥……。
接收完成后，云陽讓飛船飛向了土星，在土星系統中找了個資源豐富，相對安全的地方開始繼續分析接收到的數據，以及對半生飛船的全面解析。而云陽也沒閑著，智腦綜合了地球上的古武與鉑星文明的體術，研究出了一套適合云陽和小蘿莉的武術系統供二人學習，除每天和小蘿莉對練外，還要分出時間學習各種知識，經過第三階段改造的云陽，對于學習這些知識的速度十分的恐怖，如果時間允許，十年內就可以將鉑星文明的基礎科學知識學習完畢并且融會貫通，可惜小飛船資料庫受損，云陽只能有多少學多少。