劉毅及其黨羽被迅速消滅后，與劉裕起兵反對桓玄的異己就只有諸葛長民了。諸葛長民在盧循之亂中守衛京城，立下大功，這個時候就任督豫州揚州六郡諸軍事，鎮守在京城附近。

諸葛長民雖說也是老資格的重臣，但在很多方面卻顯得目光短淺，又不懂得明確站隊，跟劉裕并不是一條心。盧循進攻建康的時候，諸葛長民的主張與前面所說的孟昶是一致的，要求護駕北遷。劉裕堅決不同意北遷，諸葛長民比孟昶聰明那么一點點，服從了劉裕...