南洋公學成立后幾經更名，1905年叫商部上海高等實業學堂，1906年叫郵傳部上海高等實業學堂，1910年代后期唐文治長校后改為南洋大學堂，之后又改為上海工業專門學堂。唐文治長校期間（1907～1920年），南洋公學開始走向鼎盛，成為一所學科齊備、具有較高學術水平的現代工科大學。
交通大學的另一支，起源于同年(1896年)創辦于河北山海關的山海關北洋鐵路學堂，是我國近代最早創辦的工科大學之一。
民國九年（1920年）十二月，北洋政府交通總長葉恭綽以交通部所屬上海工業專門學校、唐山工業專門學校、北平鐵路管理學校（原北京交通傳習所）、北平郵電學校4校散居各地，不便管理，于1921年統一學制，統稱交通大學；1922年稱交通部南洋大學；1927年稱交通部第一交通大學；1928年又改稱交通大學（本部），蔡元培、凌鴻勛、王伯群、孫科、黎照寰先后任校長。而分稱各校為交通大學上海學校（滬校）、唐山學校（唐校，即原山海關北洋鐵路官學堂）、北京學校（平校）。校慶4月8日，也是取自交通要“四通八達”之意。
當時，交通大學的老師大部分是留美博士，水平很高。而交通大學對學生的管理也很嚴格，因此畢業生大都較為優秀。當時交通大學在世界上也享有較高的知名度。
錢學森去美國麻省理工學院求學時，發現許多課程與在交通大學學習的完全一樣，要求免修，得到批準。茅以升從交通大學唐山工學院畢業去美國卡內基梅隆大學時，該校起初不承認交通大學唐校之學歷，故出題考核茅之水平，因為茅回答極為出色，故該校后來決定，從此對交通大學的留學生免試入學。王安去美國哈佛大學時，由于抗戰沒有帶交大畢業證書和成績單，哈佛大學知道他是交大畢業的，決定破格錄取。中華人民共和國原國家主席江澤民也畢業于交通大學。
抗日戰爭時期，交通大學上海分部內遷到重慶，即國立交通大學(重慶總校)；唐山分部和北平分部也內遷到貴州遵義。
抗戰期間，交大廣大師生歷盡艱難，內遷入渝，堅持辦學。不少學生投筆從戎，浴血沙場。解放前夕，廣大師生積極投身民主革命，學校被譽為“民主堡壘”。建國后，吳有訓任校長。
國共內戰之后，交通大學部分教職員隨國民政府遷至臺灣，但國民政府直至數年后才允許在臺校友于新竹復校，仍稱國立交通大學。
1955年，鑒于當時的國際形勢，同時也為支援西北教育建設，國務院決定交通大學在1955年至1957年兩個學年中，分批遷往西安。1956年暑假，西安新校舍落成，學校第一批西遷開始。最后，實驗設備、圖書（約92%）和檔案的大部分、約60%的師生遷至西安，而其余則留在上海。交通大學分為交通大學西安部分和交通大學上海部分。
1959年7月31日，經國務院批準，交通大學兩部分獨立建校，分別成立上海交通大學和西安交通大學。此時，上海交通大學有19個專業，西安交通大學有23個專業。
新中國成立初期，為配合國家經濟建設的需要，交大調整出一批優勢院系、學科，支持國內兄弟院校的發展；20世紀50年代中期，學校響應國家“建設大西北”的號召，歷經西遷、兩地辦學、獨立辦學等變遷，為構建新中國的高等教育體系，促進社會主義建設做出了重要貢獻。六、七十年代，學校先后歸屬國防科工委和原六機部領導，積極投身國防科研和國防人才培養，為“兩彈一星”和國防現代化做出了巨大貢獻。
歲月進入21世紀，上海交通大學又合并了歷史悠久、辦學優異的著名的上海第二醫科大學，其前身是上海第二醫學院，1952年全國高校院系調整時由圣約翰大學醫學院（1896～1952年）、震旦大學醫學院（1911～1952年）、同德醫學院（1918～1952年）合并而成。
而西安交通大學則合并了西安醫科大學與陜西財經學院。
交通大學始終把人才培養作為辦學的根本任務。一百余年來，學校為國家和社會培養了20余萬各類優秀人才，包括一批杰出的政治家、科學家、社會活動家、實業家、工程技術專家和醫學專家，如江澤民、陸定一、丁關根、汪道涵、錢學森、吳文俊、張光斗、鄒韜奮、黃炎培、邵力子、蔡鍔、王安、陳敏章、陳竺、李叔同等。在中國科學院、中國工程院院士中，有200余位交大校友；在國家23位“兩彈一星”功臣中，有6位交大校友。
交大畢業生創造了中國近現代發展史上諸多“第一”：中國最早的內燃機、最早的電機、最早的中文打字機等。新中國第一艘萬噸輪、第一艘核潛艇、第一艘氣墊船、第一艘水翼艇、自主設計的第一代戰斗機、第一枚運載火箭、第一顆人造衛星、第一例心臟二尖瓣分離術、第一例成功移植同種原位肝手術、第一例成功搶救大面積燒傷病人手術等，都凝聚著交大師生和校友的心血智慧。
交通大學深厚的辦學傳統，奮發圖強的發展歷程，特別是改革開放以來取得的巨大成就，為國內外所矚目。經過一百余年的不懈努力，交大已經成為一所“綜合性、研究型、國際化”的國內一流、國際知名大學，并正乘風揚帆，向著世界一流大學穩步邁進。
[附文]唐文治長校
秉承“修齊治平”的儒家理想，唐文治認為對大學生應“以道德端其模范，以規律束其身心”，使其“蔚為通材”。大學的功能，“其大要在造就專門人才，尤以學成致用，振興全國實業為主，并極意注重中文，以保國粹”。他在辦學中強調道德育人，德才統一，知行合一；主張文理兼通，兩文并重，既重數學、物理、外語，又重中文學習，使學生由“文理兼通”而達“體用兼備”。
南洋公學因為地處上海租界，較少受戰火侵擾。當時教學所用全為美國麻省理工學院（MIT）的原版教材，時稱“東方MIT”。南洋公學學生燦若星辰，出名的有黃炎培（后為共和國第一任政務院副總理）、王安、李叔同等。其中李叔同（弘一法師）是中國近代歷史上獨樹一幟的人物，文詞歌賦樣樣精通。
凌鴻勛評價：
“上海交通大學在初期60年的歷史當中，任職校長最久、貢獻最多，而對于學術風氣、人格教育、人才造就最有深長影響的，當首推唐文治先生。唐先生之于交大，有如北京大學之有蔡元培先生，和南開大學之有張伯苓先生，都是一個大學建立過程中的中心人物，和學校的榮譽是離不開的關系。
“唐先生在交大由前清任監督以至民國以后任校長連續13年多。在這時期內，國家由專制轉入共和，在學校則由普通科轉入專門科，在學風則漸由恬靜而入于動蕩。五四運動之第二年，先生因目疾日甚，乃辭職家居。在他長校的10余年，不但對于學校的學科及設備打了不少的基礎，即對于學生人品的造就、體格的鍛煉和國學的修養，更有深遠的啟示。至今一般同學在社會上務實求是躬行實踐的風氣，實孕育于唐先生長校的時期。”
凌鴻勛（1894～1981年），廣東番禺人。1924年12月被任命為交通部南洋大學校長。在他任校長期間（1924～1927年），舉辦了工業展覽會，修訂了規章制度，恢復了每年一次的國文大會，創辦了工業研究所，確定了校徽，規模宏大的體育館也竣工落成。
6、1898年：“巨人”橫空出世
上
這是一塊神圣的土地。一百余年來，在這里成長著中國幾代最優秀的學者。豐博的學識、閃光的才智、莊嚴無畏的獨立思想，這一切又與先天下的嚴峻思想、耿正不阿的人格操守以及勇銳的抗爭精神相結合，構成了一種特殊的精神魅力。
這是一片自由的陣地。從19世紀末葉到如今，一百多年間，中國社會的痛苦和追求都在這里得到集聚和呈現。一代又一代的中國學者，從這里眺望世界，以堅毅、頑強、幾乎是前仆后繼的精神，在這片遼闊的國土上傳播文明的種子。民主與科學已成為這塊陣地不朽的靈魂。
北京大學是中國第一所中央大學、中國最具偶像價值的大學、中國最著名的大學、中國大學的代表，是中國專家、學者、名人、院士、教授的搖籃，中國文理科綜合類院校的排頭兵，被譽為“中國的哈佛”；與清華大學并稱為中國大學第一“雙子星座”。曾經擔任過北京大學、南洋公學及交通大學等校校長的蔡元培，被稱為“中國最杰出的10個大學校長”之首，是中國現代最杰出的教育家。他對北大的影響，乃至對整個中國現代高等教育的巨大影響，無人可以代替。
北京大學也是“中國20世紀影響最大的10所大學”之首。作為中國現代第一學府，她經歷了從京師大學堂、國立北京大學、國立北平大學到北京大學漫長的旅程。她是中國現代文明思想的發源地，是中國現代文化的大本營，同時還是中國現代各種思潮的搖籃。“自由、民主、科學”的作風深深影響了整個20世紀的中國知識分子。馬克思主義首先在這里傳播、研究，中國共產黨從這里起源，深深地影響了20世紀中國的歷史航程。
北京大學是“中國校園最漂亮的10所大學”之一。北大之美，在夫燕園一景；燕園之美，存諸未名一湖；暢春園等，則多不復存焉；理科樓群，更是風光難再。
北京大學與清華大學一道，被我評為“中國十大高校風景名盤”之一。北大被稱為中國第一學府，不惟它的師資強、規模大、實力一流，硬件、軟件都在國內無可匹敵，而且北大校園（又稱燕園）中的湖塔光影、古典樓宇，庭院深深、草木幽幽，曲塘瀲滟、花香流溢，亦曾一度令千千萬萬學子心儀不已。當年我在附近一名校念書，有親友來找我、或我自己有空，甚至后來偶爾進京辦事、如今進城（我住京郊），都要鉆進北大去走走、看看，感受一下什么才是真正的大學，它的博大、厚實、寧靜、典雅；體會一下那個其實只是一丘小水塘的未名湖，何以被北大騷客們視為海洋；那些古舊、矮小、簡樸、安詳的樓房里，何以會一載又一載地走出那么多才俊名士；全國各地那么多普通院校的小小中文系都改文學院了，何以水平最高的北大中文系仍然叫中文系。我還曾寫過一篇《永遠看不夠的未名湖》，發出感慨：“將來若有一天能老死于此，這一生也無憾矣！”
北京大學學風：“勤奮、嚴謹、求實、創新。”
北大一直沒有確定的校訓。盛傳的校訓有兩個，第一是為人所熟知的“兼容并包，思想自由”，第二個便是“愛國、進步、民主、科學”。沒有校訓仿佛是一個遺憾，但是，作為北大，沒有校訓，仿佛便是最好的校訓——充分的個人發展空間。或許你可以選擇“格物致知”，也可以選擇“修身齊家”，更可以選擇“治國平天下”，這正是北大的精神所在。
一百余年來，北大校園中人文淵藪，英才輩出。作為新文化運動的中心和五四運動的策源地，作為中國最早傳播馬克思主義和民主科學思想的發祥地，作為中國共產黨最早的活動基地，北京大學為民族的振興和解放、國家的建設和發展、社會的文明和進步做出了不可代替的貢獻，在中國走向現代化的進程中起到了重要的先鋒作用。“愛國、進步、民主、科學”的傳統精神和“勤奮、嚴謹、求實、創新”的學風在這里生生不息、代代相傳。
下
京師大學堂（北京大學）是改革舊體制、由封建時代向民主時代強行過渡的收獲。
京師大學堂是北京大學在1898年到1912年間所使用的名稱。京師大學堂是中國近代史上第一所國立綜合性大學、第一所中央大學，她既是全國最高學府，又是國家最高教育行政機關，統轄各省學堂。辛亥革命后，京師大學堂改名為北京大學。
近代以來，為挽救民族國家危亡，中國先進的知識分子大聲疾呼變法自強，掀起維新變法運動，京師大學堂就是在戊戌維新運動中誕生的。
1898年6月11日，光緒帝頒布《定國是詔》，正式宣布變法，并提出要興辦京師大學堂。詔書強調：“京師大學堂為各行省之倡，尤應首先舉辦……以期人才輩出，共濟時艱。”7月3日，光緒批準了由梁啟超代為起草的《奏擬京師大學堂章程》，這是中國近代高等教育最早的學制綱要。吏部尚書孫家鼐被任命為管理大學堂事務大臣，曾出任多國公使的許景澄和長期擔任京師同文館總教習的美國傳教士丁韙良分別出任中學和西學總教習。最初校址是在北京景山東街（原馬神廟）和沙灘紅樓（故宮東北，現五四大街29號）等處。
9月21日爆發戊戌政變，百日維新失敗，而大學堂以“萌芽早，得不廢”，但舉步維艱。1900年八國聯軍侵華，義和團運動爆發，大學堂難以維持，于8月3日被下令停辦。
1902年，京師大學堂恢復，吏部尚書張百熙任管學大臣。張百熙不拘成例，延攬人才，請出吳汝綸和辜鴻銘任正副總教習，聘請兩大翻譯家嚴復和林紓分任大學堂譯書局總辦和副總辦。創辦于1862年洋務運動期間的京師同文館并入大學堂，藏書樓也于同年重設。此年12月17日，京師大學堂舉行開學典禮，各個方面開始步入正軌。大學堂首先舉辦速成科和預備科，速成科分仕學館和師范館，后者即是今天北京師范大學的前身。1904年京師大學堂選派首批47名學生出國留學，這是中國高校派遣留學生的開始。l910年京師大學堂開辦分科大學。
自國子監和科舉制度取消、京師大學堂成立以后，京師大學堂即成為中國唯一官方最高學府和官方教育行政機構；加上各方最優秀士子大部分均投身京師大學堂，從職能、學統等方面均顯示出京師大學堂與國子監之間的傳承。因此，不少學者皆認為京師大學堂（北京大學）是中國太學的唯一正統繼承者。1948年，胡適在《北京大學五十周年》一文中說：“我曾說過，北京大學是歷代的‘太學’的正式繼承者”。除胡適外，馮友蘭、任繼愈、周培源、季羨林、蕭超然等學者、教授也曾表示同意北大“太學淵源”之說，甚至有人提出北大的校史應當提前一、兩千年。而北大中文系陳平原教授則反對這個說法，認為京師大學堂并非由國子監改組而成，并不是直接承繼自國子監。
京師大學堂是清末最高學府，但由于受封建主義影響，入學的大多是紈绔子弟，教師也不少前清遺老。直到蔡元培主校時，校風才為之一振，四海人才會聚，五四運動更使之聞名中外、留名青史。
1912年，京師大學堂改名為國立北京大學，是中國歷史上第一所冠名“國立”的大學，近代著名學者、翻譯家嚴復為首任校長。嚴復是中國自由主義思想的第一代布道人，首先發出“以自由為體，以民主為用”的呼喊，應視為開中國自由主義先河的人物。此后是章士釗、馬相伯、何燮侯與胡仁源等。