然而現實卻與洪詩鈴的想象相去甚遠。

經過殘酷的“三屠”，江南大部分地區遠近始剃發，稱大清順民。血海肉山終于使反抗的烈焰漸趨熄滅。李成棟也因此“赫赫”功勞，被提拔為江南巡撫。不久，清廷又把他調往東南，派他去平滅南明的另一個皇帝隆武帝。

南明隆武帝朱聿鍵原為宗室唐王，是太祖朱元璋九世孫。朱聿鍵算得上是明末少有的胸懷壯志，腹有大略的皇室宗親。可惜生不逢時，命運多蹇，在四十四年的人生中倒有二十四年都是在監牢中度過。

弘光朝覆滅后，朱明又一個王爺潞王，在眾人推戴下于杭州自稱“監國”（即代理皇帝），三天后，清軍殺到，一直被寄予厚望的潞王朱常芳與屬下沒做任何抵抗，向清軍獻城投降。

此前一天，朱聿鍵已離開杭州。潞王被俘消息傳來，黃道周等明臣上疏勸朱聿鍵監國。在鄭芝龍家族擁護下，朱聿鍵在建寧稱監國，二十天后，他又在福州正式稱帝，改元隆武。舉行大典儀式當天，一陣大風卷地，將周圍樹木連根拔起，四面迷霧頓起，塵沙飛揚，時人目不見物。尚璽官的坐騎受驚，將玉璽跌落，碰壞一角。然而這樣的不祥兆征，卻并沒有磨滅君臣平復天下的決心，隆武帝銳意恢復，他善于撫慰群臣，樂于納諫，甚至同意招納“大順軍”（李自成軍）余部，以共同抵抗清軍。同時，針對南明軍殺害剃發的平民一事，他也予以阻止：“兵行所至，不可妄殺。有發為順民，無發為難民。”這一諭旨使得一般百姓歡呼鼓舞，紛紛來投。

雖為英明之主，隆武帝卻一直為鄭氏集團所架空。以鄭芝龍、鄭鴻逵、鄭芝豹、鄭影為首的鄭氏家族，本為大海盜家族，數十年橫行福建、廣東、浙江一帶沿海，兼商兼盜，崇禎初年受招安后，趁天下大亂之際一直忙于擴大地盤，充實實力。鄭芝龍等人仰仗自己的擁立之功，將朝中一切實權都掌握在鄭家手中。

鄭芝龍心懷叵測，其子鄭森[即鄭成功。]卻忠于明廷。鄭芝龍有一次帶鄭森入宮，隆武帝見之大悅，以手撫其背，說：“恨無一女配卿，卿為盡忠吾家，毋相忘也。”賜鄭森國姓朱，并賜名成功，命其為御林軍都督、儀同駙馬都尉，時人稱之為“國姓爺”。

鄭氏家族不僅傲慢無上，還賣官鬻爵，大肆搜刮百姓，橫毒兇暴甚至超過弘光朝的馬士英，以至于“受害者延頸待清兵，謠曰‘清兵如蟹，曷遲其來！’”一幫發跡的海盜奸商，經營朝政仍同于經營生意一樣，如此，其后果可知。

隆武政權內憂外困，與此同時，另一個宗室魯王朱以海在紹興也稱監國。朱以海是朱元璋的第十世孫，與隆武帝同為明宗師疏宗。照說兩人同祖同宗，本應一致對外。隆武帝有意籠絡魯監國，對其手下許以高官重爵，然而魯監國手下的重臣張國維、王之仁卻不肯放棄已經到手的擁立之功，攛掇魯監國與隆武帝爭奪天下“正統”。

為了奪取天下正統，魯監國君臣擬收復舊都南京，因此在浙東地區大肆興兵。同時與隆武政權摩擦不斷，內耗甚巨。