第一、十四歲少年的政治手腕
明后迭次建國于南方，適與世祖一朝，相為起訖。明雖數盡，清所假以驅除者，不能專恃八旗，旗軍人數固不足，且盡用旗人敵漢，亦于招徠之道隔膜。故除用故明文臣任招撫外，亦用明舊帥舊軍與旅距未服者，以聲氣相呼召，此吳三桂等諸藩之所以擁眾難散也。清所倚以平定南方常為先驅者，蓋有四藩。吳三桂獨專亡明之功，由其手逼取永歷帝于緬甸以歸，有代沐氏世鎮云南之意，封之為平西王，為最強之藩。耿仲明之孫精忠，襲封靖南王，及平南王尚可喜之子之信，更有定南王孔有德，雖已于順治間為明所攻，城陷而死，然部曲猶與三藩相呼應，此為開國以來不易消之巨患。世祖未壯而崩，親政以后，不過十年，既于明代厲民之政痛與革除，復能以籠絡士大夫洗刷關外傖荒，適成一除舊布新氣象。既遭短折，圣祖以八歲嗣位，又落于輔政諸臣之手。以開創大業成于兩代沖齡之主，當時柄國之親貴，唯以定國為務，不知覬覦天位，是亦孟子所謂“社稷之臣，以安社稷為悅”。明初兩世有親藩之禍，清初兩世得親貴之力，新開化之種族，淳樸有甚于漢人，此亦其不可輕量者。
世祖以順治十八年正月初七日丁巳夜子刻崩，《史稿》誤會夜子時，系于丙辰（此亦《史稿》應改正之一點）。初八戊午頒遺詔，初九己未即位，改元康熙。此遺詔頗由世祖太后主持，以輔政大臣同意發布，于世祖之過舉臚列無遺，引為己罪者十四事。其中以子道未終，永違太后膝下為兩款，此名分之引罪。而首列漸習漢俗，于祖宗淳樸舊制日有更張為一款。又宗室諸王友愛未周為一款。滿洲世臣不能專任，部院印信亦令漢宮掌管為一款。求不得罪于實力所在之滿臣，用意甚切。而輔政亦滿臣。其以入關以來，接近漢臣為憾，蓋非一日，此可見在廷之有意見。而其實世祖為己過之事而引罪，圣祖亦并未因遺詔之故而疏遠漢臣。是敷衍滿臣自有不得已，而宥密之地自有權衡，亦不至真為滿臣所把持。
此亦英明之見端，與清末之反為親貴所挾而致亡，正有天淵之別。至見賢未能盡舉，見不善未能盡退兩款，雖系門面語，中有事實，亦見誠懇。厚己薄人，糜費不節兩款；御朝絕少，上下否塞一款；自恃聰明，不能納諫一款；知過未改一款，亦非政治有甘苦者不能言。而于端敬皇后即董鄂妃之喪逾濫不經一款，為世祖生時所不肯言。設立內十三衙門，與明同弊，亦不似生時愛幸吳良輔情狀。《東華錄》言遺詔由王熙、麻勒吉二學士所草，世祖諭令奏知皇太后宣示。而王熙自著《年譜》，敘此時又深明其有秘密不敢直言。則遺詔直由太后所改定，未必世祖臨崩前所見之原草也。說詳余《世祖出家考實》，不重錄。兩事中端敬喪之逾制，不過認已往之過，而廢止十三衙門，為清一代突過往古歷朝之善制。生時立此衙門，未為獨有之失德，遺詔廢此衙門，則真能以明為鑒，在歷史為非常之舉也。
廢內十三衙門，處斬內監吳良輔，《清史稿》《世祖》《圣祖》兩紀互相矛盾。《世祖紀》：順治十五年三月甲辰，書：“良輔受賄伏誅。”《圣祖紀》：順治十八年二月乙未，書：“誅有罪內監吳良輔。”其實兩俱有誤。《東華錄》于前一月日，書良輔賄案發覺，結之云：“良輔尋伏誅。”《史稿》忽其“尋”字，于后一月日，書諭旨廢十三衙門。中有“良輔已經處斬”一語，亦未必斬于是日。唯世祖崩前五日，已書不豫，而尚親幸法源寺為良輔祝發。知斬良輔決非世祖崩前之事，已見前。史文之待訂者往往類是，幸而史料具在，可以考確，否則又成疑竇，此不獨《清史稿》為然也。
圣祖初年之輔政，為索尼、蘇克薩哈、遏必隆、鰲拜四人，皆非宗室。受命后以非從來成例，跪請諸王、貝勒共任，諸王、貝勒以遺命不敢違，乃奏知皇太后，誓告于皇天上帝及大行靈前，中有“不私往來諸王貝勒等府，受其饋遺”之語。是亦以太后為中心，遺詔為根據，懲于前次攝政之太專，以異姓舊臣當大任，而親王貝勒監之，其用意可見也。然事權所在，必有積重。輔政四人中，忠梗者居其二，有一專橫之鰲拜，即有一緘口不語之遏必隆。康熙初仍有輔政跋扈之事。至八年五月，圣祖親政。輔政時于國家本計，民生要務，亦無大影響。其資望最高之索尼，于康熙六年六月先卒。卒之前，因鰲拜專擅，于三月內請圣祖早親政，而未即行。至七月己酉。始行親政禮，然鰲拜橫暴猶昔。自索尼卒，鰲拜不循遺詔中原次，自居輔臣之首。
先是，鰲拜以己隸鑲黃旗，國初圈地，鑲黃旗屯莊在保定、河間、涿州之地，嫌其瘠薄，令以正白旗所圈之薊、遵化、遷安諸州縣分地相易，正白旗地不足，別圈民地補之。令下，所涉州縣旗民俱大擾，耕耨盡廢。大學士兼管戶部尚書蘇納海、直隸總督朱昌祚、巡撫王登聯俱力爭之。輔臣中唯蘇克薩哈隸正白旗，不贊圈換之議，余均徇鰲拜議。尚書、督撫坐遲誤阻撓論死，蘇克薩哈不對，鰲拜卒矯詔并予棄市，事在五年十二月。明年圣祖親政，蘇克薩哈請守先帝陵，罷輔臣任。鰲拜與其黨大學士班布爾善等謂蘇克薩哈不欲歸政，論以大逆，與其長子俱磔死，余子孫俱斬決，籍其家，并斬及其族人白爾赫圖等。奏入，圣祖不許，鱉拜攘臂上前。強爭累日，卒坐蘇克薩哈后，余悉如議。又前后殺大臣不附己者。與弟侄及同黨相比，至請申禁言官，不得上書陳奏。八年五月，乃詔逮鰲拜廷鞫，褫職籍沒，與其子那摩佛俱禁錮之，弟侄及同黨多坐死。及鰲拜死于禁所，乃釋那摩佛。后圣祖晚年，念鰲拜戰功多，賜一等男爵，以其后襲。世宗朝并復其一等公爵，世襲罔替，加封號曰超武。乾隆間，復降為一等男世襲。
圣祖初年輔政四臣事實及鰲拜罪狀，據官書，鰲拜罪亦終不掩功。而世傳圣祖逮鰲拜時，恐其不勝，至譎以取之，具見滿人紀載。《史稿》亦錄入《本紀》云：“八年五月戊申，詔逮輔臣鰲拜交廷鞫。上久悉鰲拜專橫，特慮其多力難制，乃選侍衛拜唐阿年少有力者，為撲擊之戲。是日鰲拜入見，即令侍衛等掊而縶之。于是有善撲營之制，以近臣領之。”云云。觀上雖親政，鰲拜攘臂上前，必行其意，竟無如之何，則帝之威令有不行，至以術取乃定。是亦見圣祖童年，早能不動聲息，以銷肘腋之患。而輔政之始末，亦清初一重事，不可不稍詳也。
四輔臣時，有復行明季加派之失，數月即罷，未為永害，要亦輔政時之闕失。《史稿·四輔臣傳》論云：“四輔臣當國時，改世祖之政，必舉太祖、太宗以為辭。然世祖罷明季三餉，四輔臣時復征練餉，并令并入地丁考成。此非太祖、太宗舊制然也，則又將何辭？”考此事紀傳志皆不見，獨見此于傳論，意謂事非經久，可不特書，附著一語，亦文省事增例也。然清以不加賦為特長，非明著此變，恐成疑議。考《東華錄》：順治十八年八月甲寅，戶部遵旨議覆：“查明季加增練餉，并無舊案，止有遺單一紙，每畝派征一分，直隸等十三省，共計五百七十七萬一千余頃，每畝一分派征，計征銀五百余萬兩。請敕該撫于十八年為始，限三月征完解部。至云貴系新辟地方，無舊案可查，敕該撫于見征田地內，照數征派，匯冊到部。”得旨如議速行。是年十二月己未，左都御史魏裔介奏請停止。辛酉諭戶部：“除順治十八年已派外，康熙元年通行停止，爾部作速刊示，遍行曉諭，使小民咸知。”
鰲拜既逮治，圈地事停，諸被誣者皆復，或予謚恤。于是舉經筵，置日講官，改內三院大學士銜為殿閣大學土，復翰林院，用儒臣編纂經義，凡輔政時所不足于世祖朝之漸染漢俗者，次第復舊。十二年五月，待臣請以夏至輟講，圣祖特諭：“學問之道，宜無間斷，其勿輟。”視朝講學，納諫求言，悉用前代盛明故事。接見士大夫之日多，士大夫浸浸向治，而撤藩之議起。
第二、三藩之亂
南明既亡，天下絕望，謂清業可定矣。實則必危必亂之癥結，其不易拔除，較之取勝于末運之朝，伸威于稔惡之寇，其難不啻倍蓰。天下初定，驕悍之武夫，反側之兇盜，以擊斗為專業，不樂歸農者，屯結不散，戴一渠魁，為延其生命之計，此渠魁即今所謂軍閥。清初武力，自有根柢，但用漢人號召漢族，招降納叛，事半功倍。大勢既定，則解散編制，必有一番擾亂。其所以毅然措手，不稍遲回者，亦正恃有有根柢之武力在也。其時屯結之眾，統名三藩。三藩之實力，以吳三桂為首。三桂既以兵通緬甸，縛獻明永歷帝以自效，朝廷先撤旗兵北歸，亦所以示放牛歸馬，將與天下更始。雖其報功之典，不能不用前明沐氏鎮滇之體制相待，然逐漸裁兵，則與爵位并非一事。三桂為延長兵事計，一攻廣西之隴納山蠻，再平貴州之水西、烏撒兩土司，以武功震耀于朝廷，而實厚自封殖。朝廷議裁綠營，三桂亦聽命，于康熙四年奏裁云南綠旗兵五千有奇。則以綠旗為明之經制舊軍，而其先所挾藩屬甚眾，又廣收逋寇以益之，蓋裁老弱而實已增精銳也。
隴納山蠻與水西土司，用兵一在二年，一在三年，非一地，非一事。《史稿》未明清修《貳臣傳》文義。水西設治，以比喇為平遠，蓋平遠治在水西之比喇壩也。史館不考事實，遽改比喇為隴納。此需訂正。又《三桂傳》所增事實，有不盡可信者，別見下。至如稱三桂為江南高郵人，籍遼東。當有所據，俟再考證。
三桂藩屬，于順治十七年三月癸亥，定平西、靖南二藩兵制時，已有佐領五十三。一佐領計有甲士二百，而丁數五倍之，計五丁出一甲，是有壯丁五萬余也。分左右兩都統，雖用清制，然統將皆所部署，皆其死黨。是年七月戊午，又有旨如三桂請，以投誠兵分忠勇、義勇各五營，營各千二百人，統以由自成軍投明，由明復投三桂之劇盜馬寶等十將，皆為總兵。十月復請設云南援剿四鎮總兵官，以四川、湖廣本任之統兵大員為之。更樹死黨于云、貴兩省之外，貴州自由三桂兼轄，兩省督撫咸受節制，用人則吏、兵二部不得掣肘，用財則戶部不得稽遲，所除授號曰西選。三桂之爵，進為親王。據五華山永歷帝故宮為藩府，增華崇麗。
籍沐天波莊田七百頃為藩莊。廣征關市，榷鹽井、金礦、銅山諸利，一切自擅。通使達賴喇嘛，互市北勝州，遼東之參，四川之黃連、附子，遣官就運轉鬻收其直，富賈領其財為權子母，謂之藩本。厚餌士大夫之無籍者，擇諸將子弟四方賓客肄武事，材技幅輳，朝臣一指摘，抗辭辯詰，朝廷輒為譴言者以慰之。尚、耿二藩始并封粵，耿藩旋移閩。三藩鼎踞南服，糜餉歲需二千余萬，近省挽輸不給，仰諸江南，絀則連章入告，既贏不復請稽核，耗天下之半。三桂專制滇中十余年，日練士馬，利器械，水陸沖要，遍置私人，各省提鎮，多其心腹。子應熊，尚世祖妹和碩長公主，朝政纖悉，旦夕飛報。此未撤藩前所有不可終日之勢也。
西選之說，相傳吳三桂所除授之官，各省皆有，每出一缺，部選者到任，往往遇西選者先到，則折回。魏源《圣武記》亦言：“西選之宮遍天下。”此恐傳之太過。在云貴兩省則必有是事，遍天下之說或非也。當時敢于論三桂者，不過三人，多得罪去。御史楊素蘊所論，專指三桂用人授官一事，疏言：“三桂以分巡上湖南道胡允等十員題補云南各道，并奉差部員亦在其內，深足駭異。”又言：“三桂疏稱：‘求于滇省，既苦索駿之無良；求于遠方，又恐叱馭之不速。’則湖南、四川，去滇猶近，若京師、山東、江南，距滇不下萬里，不知其所謂遠者將更在何方？皇上特假便宜，不過許其就近調補耳，若盡天下之官，不分內外，不論遠近，皆可擇而取之，則何如歸其權于吏部銓授，為名正而言順？縱或云貴新經開辟，料理乏人，諸臣才品，為藩臣所素知，亦宜請旨令吏部簽補，乃徑行擬用，不亦輕朝廷而褻國體平？”據此則當時所論三桂任官之不法，亦不過謂所轄云貴省內缺官，任意指調他省及京朝之員充補，非他省缺官，三桂輒以遣員來補也。楊《疏》在順治十七年，雖其后三桂跋扈尚久，然天下之官有缺，何由報知滇省，而得據為選授之柄，終覺于理不近也。
康熙十二年三月，平南王尚可喜首請歸老遼東，以子之信留鎮粵，自率兩佐領之眾，及藩屬孤寡老幼自隨。時尚、耿二藩各有十五佐領，及綠旗兵六七千，丁口二萬。部議：盡移所部隨可喜歸遼東。將行，而三桂、精忠以七月間先后請撤藩，以探朝旨。朝議不敢決允，唯尚書莫洛等數人獨言宜撤，命議政王貝勒大臣會核，仍不敢決。圣祖特旨允二藩請，悉移遼東。分遣部院大臣入滇、粵、閩獎諭，并經理撤藩事。侍郎折爾肯、學士傅達禮至滇，三桂遂以十一月二十一日殺云南巡撫朱國治反。折爾肯等被留，貴州巡撫、總兵以下皆降，云貴總督甘文焜駐貴陽，聞變出走，為所屬叛將圍之，自刎死。