《黃帝內經》原書18卷。其中9卷名《素問》；另外9卷無書名，漢晉時被稱為《九卷》或《針經》，唐以后被稱為《靈樞》。《靈樞》每部分各為81篇，共162篇，《靈樞》的核心內容為臟腑經絡學說。《靈樞》，亦稱《九卷》、《針經》、《九靈》、《九墟》等。《素問》主要論述了自然界變化的規律、人與自然的關系等；如五臟對應五行等。中心思想為注重整體觀念，既強調人體本身是一整體，又強調人與自然環境密切相關，運用陰陽五行學說解釋生理、病理現象，指導診斷與治療；把陰陽的對立統一看成是宇宙間萬事萬物產生、發展、變化的普遍規律。《傷寒雜病論》是我國最早的理論聯系實際的臨床診療專書。它系統地分析了傷寒的原因、癥狀、發展階段和處理方法，創造性地確立了對傷寒病的“六經分類”的辨證施治原則，奠定了理、法、方、藥的理論基礎。書中還精選了三百多方，這些方劑的藥物配伍比較精煉，主治明確。如麻黃湯、桂枝湯、柴胡湯、白虎湯、青龍湯、麻杏石甘湯。這些著名方劑，經過千百年臨床實踐的檢驗，都證實有較高的療效，并為中醫方劑學提供了發展的依據，被稱為方書之祖。《溫病條辨》為溫病學說的代表作之一，共六卷。卷首，引用《黃帝內經》原文十九條，以說明溫病學說與《黃帝內經》的淵源。卷一為上焦篇，論述各種溫病的上焦證。卷二為中焦篇，論述中焦的各種溫病及寒濕證的證治方藥。卷三為下焦篇，闡明了溫病下焦證的證治方藥。卷四為雜說，設短篇論文十八篇，分論與溫病病因、病機、診斷、治療、善后有關的問題。卷五為“解產難”。卷六為“解兒難”，結合溫病理論研討產后調治、產后驚風、小兒急、慢驚風和痘癥等。