《達爾文的疑問》描述了“寒武紀生命大爆發(fā)與生命起源”的各個層面。為進化研究的變革者尋求動物起源新理論方面指出了正確方向。邁耶贊同智能設計理論，該理論堅信宇宙和生命體的某些特征可以被智能設計而不是諸如自然選擇一類的無導向過程，并成為寒武紀生命起源的至佳詮釋。全書由三部分組成：第一部分，失蹤的化石之謎，該部分講述了達爾文的生物進化理論，闡明了達爾文的疑問，寒武紀大爆發(fā)生命起源問題，科學家們無法找到史前化石證據支撐達爾文進化學說；第二部分，如何創(chuàng)建動物，從基因、蛋白質大分子，表觀遺傳學角度分析生物進化論；第三部分，達爾文之后是什么？提出智能設計論，案例式科學分析其可行性。