全書分為四個部分：第一部分的手跡主要反映陳云在1949年以前的革命生涯包括他在商務印書館當學徒、走上革命道路、領導農民暴動等內容；第二部分的手跡主要反映了陳云在1949年以后改革開放之前關心和參加新中國各項事業建設；第三部的手跡主要反映了陳云在改革開放新時期關心國家各項事業發展；第四部分的手跡帶有總結性質，所反映內容貫穿了陳云的一生。此外，每幅手跡的故事具有一定的時間跨度，再加上很多手跡書寫的時間并不是與所反映的事件一一對應，因此，經與中共中央文獻研究室的專家商定，本書的隔頁不取標題，也不用時間段加以注明。書稿篇章的排列順序，以手跡所反映事件的時間為序。