蔡元培在歐美考察期間，黃仲玉因此前頑疾惡化，于1921年元旦逝世。9天之后，蔡元培如同做噩夢一般，在祭文中寫道：

嗚呼！仲玉，竟舍我而先逝耶！自汝與我結婚以來，才二十年，累汝以兒女，累汝以家計，累汝以國內、國外之奔走，累汝以貧困，累汝以憂患，使汝善書、善畫、善為美術之天才，竟不能無限之發展，而且積勞成疾，以不得盡汝之天年。嗚呼，我之負汝何如耶！……死者果有知耶？我平日決不敢信；死者果無知...