近來，在清代檔案中發現了屬于清代皇帝脈案檔簿（以下簡稱“脈案”）的《萬歲爺進藥用藥底簿》一份。

據記載，同治帝于同治十三年十月三十日得病臥床。當天下午，太醫院派李德立和御醫莊守和診斷，結果是：“脈息浮數而細。系風瘟閉來，陰氣不足，不能外透之癥，以致發熱頭眩，胸滿煩悶，身酸腿軟，皮膚發出疹形未透，有時氣堵作厥?！庇t只診第一次脈就能做出上述的明確診斷，主要是因為同治帝之病來勢很兇，“疹形”表發得較顯著。御醫對此開出了用生地、元參、牛蒡子、蘆根等十二味藥配制的“益陰清解飲”進行避風調理。同治帝僅服了一次藥，效果便顯出來了。第二天早上，夾雜著瘟痘的疹形即透出，也不似前一日那樣煩悶堵厥了。但是，疹痘初發，未至出透，致使“瘟熱熏蒸肺胃，以致咽喉干痛，胸滿作嘔，頭眩身熱，氣顫譫言”。御醫議用“清解利咽湯”對此進行調理。巳初三刻服藥后，效果明顯，是日午刻即“脈息浮洪，頭面周身疹中夾雜之痘顆粒透出”。

這樣，經御醫們精心醫治護理，不足兩天，同治帝身上的痘顆雖然開始表發了，有些癥狀也有減退的跡象，但是由于瘟熱毒滯過盛，以致頭面、頸項發出的痘粒很稠密，而且痘顆顏色紫滯，又有咽痛作嘔，身顫口干，便秘溺赤之內癥。很明顯，痘料透出后過盛的毒滯并沒完全隨之表發出來，最后用藥無效，以致于身亡。

根據這些記載，有人便認為同治帝是死于天花，但這些記載只是宮廷里的片面記載，而民間的大多傳聞卻認為同治帝是死于梅毒。

在一些正規學術著作里都記載著同治帝微服出宮，嬉戲游樂，甚至出入煙館妓院的故事，如蕭一山所著《清代通史》中就有同治帝因出游而患梅毒終致死亡的記載。

據記載，同治帝與皇后阿魯特氏相親相愛，但慈禧太后不喜歡阿魯特氏。慈禧太后開始常命皇后等人陪她看戲，但皇后文靜、不愛熱鬧，每次看到男女私情，則面壁而坐。慈禧太后本來對皇后就不滿意，這樣就更加不喜歡她了?；屎蠖啻问茇煿謪s依舊我行我素，慈禧太后便覺皇后故意不給她面子。而皇后對同治帝則是笑臉相迎，慈禧太后更認為她狐媚惑主，于是限制同治帝寵愛皇后，強令其移愛慧妃。同治帝偏偏討厭慈禧太后所喜歡的慧妃，于是，與太監佞臣常常微服外出尋花問柳。同治帝怕臣下看見，不敢去京中較大的妓院名樓，專門找隱蔽的小妓院、暗娼等處。起初，人們對他的身份毫無所知，后來知道了也佯裝不知。

一些王公大臣注意到同治帝微服外出紛傳內外，屢次勸諫同治帝，卻毫無成效。一次，同治帝對醇親王奕當面勸諫一再抵賴，醇親王只好把時間、地點一一指明，同治帝又一再追問他消息的來源。

雖然這些傳聞的真實性還有待考證，但卻傳揚甚廣，而同治帝又死得可疑，因此許多人懷疑他死于梅毒也就不奇怪了。

據說，同治帝從煙花巷院染上梅毒，開始時毫無察覺，后來臉面、背部顯出斑點，才召太醫診治。御醫一見大驚，不知如何是好，因此請命于慈禧太后。慈禧太后傳旨，向外界宣布說皇上只是染上天花。于是，御醫們按照出痘的醫法開藥，沒有效果?；实鄞笈?，責問：“為何不按我的病醫治我？”太醫回奏：“太后命之?！薄段掏沼洝分杏涊d說：“風聲過大，且非兩宮圣意。”同治帝憤恨不已。梅毒在當時是絕癥，以天花治之，顯然是為了掩蓋丑聞，以免丟皇家臉面。所以同治帝后來就日益病重，下部潰爛而死。

同治帝究竟是死于天花還是死于梅毒，這兩種說法各有各的來源，而且都能找出各自的證據，讓人難以辨明，遂成清宮又一疑案。

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