數月，賊帥朱溫、尚讓涉渭敗孝昌等軍。高潯擊賊李詳，不勝，賊復取華州，巢即授華州刺史，以溫為同州刺史。賊又襲孝昌，二軍引去。賊破陳敬瑄兵，走南山。齊克儉營興平，為賊所圍，決河灌之，不克。有題尚書省戶譏賊且亡，尚讓怒，殺吏，輒剔目懸之，誅郎官門闌卒凡數千人，百司逃，無在者。
天子更以王鐸為諸道行營都統，崔安潛副之，周岌、王重榮為左右司馬，諸葛爽、康實為左右先鋒，平師儒為后軍，時溥督漕賦，王處存、拓拔思恭為京畿都統，處存直左，孝章在北，思恭直右。西門思恭為鐸都監，楊復光監行營，中書舍人盧胤征為克復制置副使。于是鐸以山南、劍南軍營靈感祠，朱玫以岐、夏軍營興平，重榮、處存營渭北，復光以壽、滄、荊南軍合岌營武功，孝章合拓拔思恭營渭橋，程宗楚營京右。
朱溫以兵三千掠丹、延南鄙，趨同州，刺史米逢出奔，溫據州以守。六月，尚讓寇河中，使朱溫攻西關，敗諸葛爽，破重榮數千騎于河上，爽閉關不出，讓遂拔郺陽，攻宜君壘，大雨雪盈尺，兵死什三。七月，賊攻鳳翔，敗節度李昌言于澇水，又遣強武攻武功、槐里，涇、邠兵卻，獨鳳翔兵固壁。拓拔思恭以銳士萬八千赴難，逗留不進。河中糧艘三十道夏陽，朱溫使兵奪艘，重榮以甲士三萬救之，溫懼，鑿沉其舟，兵遂圍溫。溫數困，又度巢勢蹙且敗，而孟楷方專國，溫丐師，楷沮不報，即斬賊大將馬恭，降重榮。帝進拓拔思恭為京四面都統，敕朱玫軍馬嵬。溫既降，重榮遇之厚，故李詳亦獻款，賊覺，斬之于赤水，更以黃思鄴為刺史。
十月，鐸浚壕于興平，左抵馬嵬，使將薛韜董之，由馬嵬、武功入斜谷，以通眛厔，列屯十四，使將梁璩主之，置關于沮水、七盤、三溪、木皮嶺，以遮秦、隴。京左行營都統東方逵禽賊銳將李公迪，破堡三十。華卒逐黃思鄴，巢以王遇為刺史，遇降河中。
明年正月，王鐸使雁門節度使李克用破賊于渭南，承制拜東北行營都統。會鐸與安潛皆罷，克用獨引軍自嵐、石出夏陽，屯沙苑，破黃揆軍，遂營乾坑。二月，合河中、易定、忠武等兵擊巢。巢命王璠、林言軍居左，趙璋、尚讓軍居右，眾凡十萬，與王師大戰梁田陂。賊敗，執俘數萬，僵胔三十里，斂為京觀。璠與黃揆襲華州，據之，遇亡去。克用掘塹環州，分騎屯渭北，命薛志勤、康君立夜襲京師，火弜聚，俘賊而還。
巢戰數不利，軍食竭，下不用命，陰有遁謀，即發兵三萬扼藍田道，使尚讓援華州。克用率重榮迎戰零口，破之，遂拔其城，揆引眾出走。涇原節度使張鈞說蕃、渾與盟，共討賊。是時，諸鎮兵四面至。四月，克用遣部將楊守宗率河中將白志遷、忠武將龐從等最先進，擊賊渭橋，三戰，賊三北。于是諸節度兵皆奮，無敢后，入自光泰門。克用身決戰，呼聲動天，賊崩潰，逐北至望春，入升陽殿闥。巢夜奔，眾猶十五萬，聲趨徐州，出藍田，入商山，委輜重珍貲于道，諸軍爭取之，不復追，故賊得整軍去。
自祿山陷長安，宮闕完雄，吐蕃所燔，唯衢弄廬舍；朱泚亂定百余年，治繕神麗如開元時。至巢敗，方鎮兵互入虜掠，火大內，惟含元殿獨存，火所不及者，止西內、南內及光啟宮而已。楊復光獻捷行在，帝詔陳許、延州、鳳翔、博野軍合東西神策二萬人屯京師，命大明宮留守王徽衛諸門，撫定居人。詔尚書右仆射裴璩修復宮省，購輦輅、仗衛、舊章、秘籍。豫敗巢者：神策將橫沖軍使楊守亮、躡云都將高周彝、忠順都將胡真、天德將顧彥朗七十人。
巢已東，使孟楷攻蔡州。節度使秦宗權迎戰，大敗，即臣賊，與連和。楷擊陳州，敗死，巢自圍之，略鄧、許、孟、洛，東入徐、兗數十州。人大饑，倚死墻塹，賊俘以食，日數千人，乃辦列百巨碓，糜骨皮于臼，并啖之。時朱全忠為宣武節度使，與周岌、時溥帥師救陳，趙犨亦乞兵太原。巢遣宗權攻許州，未克。于是糧竭，木皮草根皆盡。
四年二月，李克用率山西兵由陜濟河而東，會關東諸鎮壁汝州。全忠擊賊瓦子堡，斬萬余級，諸軍破尚讓于太康，亦萬級，獲械鎧馬羊萬計，又敗黃鄴于西華，鄴夜遁。巢大恐，居三日，軍中相驚，棄壁走，巢退營故陽里。其五月，大雨震電，川溪皆暴溢，賊壘盡壞，眾潰，巢解而去。全忠進戍尉氏，克用追巢，全忠還汴州。
巢取尉氏，攻中牟，兵度水半，克用擊之，賊多溺死。巢引殘眾走封丘，克用追敗之，還營鄭州。巢涉汴北引，夜復大雨，賊驚潰，克用聞之，急擊巢河瀕。巢度河攻汴州，全忠拒守，克用救之，斬賊驍將李周、楊景彪等。巢夜走胙城，入冤句。克用悉軍窮躡，賊將李讜、楊能、霍存、葛從周、張歸霸、張歸厚往降全忠，而尚讓以萬人歸時溥。巢愈猜忿，屢殺大將，引眾奔兗州。克用追至曹，巢兄弟拒戰，不勝，走兗、鄆間，獲男女牛馬萬余、乘輿器服等，禽巢愛子。克用軍晝夜馳，糧盡不能得巢，乃還。巢眾僅千人，走保太山。
六月，時溥遣將陳景瑜與尚讓追戰狼虎谷，巢計蹙，謂林言曰：“我欲討國奸臣，洗滌朝廷，事成不退，亦誤矣。若取吾首獻天子，可得富貴，毋為他人利。”言，巢出也，不忍。巢乃自刎，不殊，言因斬之，及兄存、弟鄴、揆、欽、秉、萬通、思厚，并殺其妻子，悉函首，將詣溥。而太原博野軍殺言，與巢首俱上溥，獻于行在，詔以首獻于廟。徐州小史李師悅得巢偽符璽，上之，拜湖州刺史。
巢從子浩眾七千，為盜江湖間，自號“浪蕩軍”。天復初，欲據湖南，陷瀏陽，殺略甚眾。湘陰強家鄧進思率壯士伏山中，擊殺浩。
贊曰：廣明元年，巢始盜京師，自陳“唐去丑口而著黃，明黃且代唐也。”鳴呼，其言妖歟！后巢死，秦宗權始張，株亂遍天下，朱溫卒攘神器有之，大氐皆巢黨也。寧天托諸人告亡于下乎！
秦宗權，蔡州上蔡人，為許牙將。巢涉淮，節度使薛能遣宗權搜兵淮西，而許軍亂，殺能。宗權外示赴難，因逐刺史，據蔡以叛。周岌代能領節度，即授以州，有兵萬人，乃遣將從諸軍敗賊于汝州。楊復光言之朝，擢防御使，寵其軍曰奉國，即為本軍節度使，進檢校司空。
巢走出關，宗權與連和，遂圍陳州，樹壁相望，擾敓梁、宋間。巢死，宗權張甚，嘯會逋殘，有吞噬四海意。乃遣弟宗言寇荊南；秦誥出山南，攻襄州，陷之，進破東都，圍陜州；使秦彥寇淮、肥；秦賢略江南；宗衡亂岳、鄂。賊渠率票慘，所至屠老孺，焚屋廬，城府窮為荊萊，自關中薄青、齊，南繚荊、郢，北亙衛、滑，皆麕駭雉伏，至千里無舍煙。惟趙犨保陳，朱全忠保汴，僅自完而已。然無霸王計，惟亂是恃，兵出未始轉糧，指鄉聚曰：“啖其人，可飽吾眾。”官軍追躡，獲鹽尸數十車。
僖宗假朱全忠都統節以討賊。秦賢略宋及曹，全忠好書約和，賢遣張調請分地，自汴以南歸之蔡，全忠陰許，而賢引兵濟汴，肆燔劫無孑余。全忠大怒，斬調而還，曰：“我出十將，必破此賊。”進與賊戰，殺獲甚眾。宗權急攻許，節度使鹿晏弘乞師于全忠，師未及出，已破晏弘，進攻鄭州，取之。擊河橋，遂守河陽，放兵侵汴西鄙、北鄙。