（七月乙亥），巡按福建陳子貞題：『閩省土窄人稠，五谷稀少。故邊海之民，皆以船為家、以海為田，以販番為命。向來未通番而地方多事，邇來既通番而內外乂：明效彰彰耳目。一旦禁之，則利源阻塞，生計蕭條；情困計窮，勢必嘯聚。況壓冬者不得回，日切故鄉之想；傭販者不得去，徒興望洋之悲！萬一乘風揭竿，揚帆海外，無從追捕；死黨一成，勾連入寇，孔子所謂「謀動干戈，不在顓臾」也。今據布按二司、右布政使管大勛等及總兵官朱先等勘議前來，相應于東、西二洋照舊通市，而日本仍禁如初，嚴其限引、驗其貨物；一有夾帶哨黃等項，必加顯戮。彼商民固有父母、妻子、墳墓之思者，方以生理為快；又何敢接濟勾引，自蹈不赦哉！且洋船往來、習聞動靜，可為吾偵探之助；舳艫柁梢、風濤慣熟，可供吾調遣之役。額餉二萬，計歲取盈，又可充吾軍實之需：是其利不獨在民，而且在官也』。下所司議。
（萬歷二十二年五月癸未），先是，尚書石星遣指揮史世用等往日本偵探倭情，世用與同安海商許豫偕往。逾年，豫始歸報福建巡撫許孚遠；豫之伙商張一學、張一治亦隨續報，互有異同。孚遠備述以聞，因請敕諭日本諸酋長擒斬秀吉，朝廷不封兇逆而封能除兇逆者。又云「莫妙于用間、莫急于備御、莫重于征剿」。疏下兵部。
（十月丁未），福建巡撫許孚遠奏：呂宋酋長之子訟我奸民之隸其部而襲殺其父、奪其寶逃者。兵部復議：『將獲犯正法，厚遣酋使，以堅內向之心，且藉偵日本夷情』。詔可。
（萬歷二十三年四月）丁卯，福建巡撫許孚遠奏：『福州海壇山開墾成熟田地八萬三千八百有奇，量則起稅，民已輸服。茲山密邇鎮東，為閩省藩籬；既成屯聚，必資城守。其造城、建營、建署等費逐一確估，不過六千七百兩有奇；即以本山稅銀三年充之，可不勞而辦。城郭、營房既完，海壇游兵便可常聚，則屹然一雄鎮。又有南日山，僅比海壇三分之一；俟查明另議。至彭湖遙峙海中，為諸夷必經之地；若于此處筑城置營、且耕且守，斷諸夷之往來，據海洋之要害，尤為勝算。但此地去內地稍遠，未易輕議』。因言「浙中沿海諸山若陳錢、金塘、玉環、南麂等處，俱可經理」。疏入，戶部覆請聽其便宜施行；
且請移文浙江撫、按查陳錢等處照海壇設法開墾。詔曰：『可』。
（六月丁卯），初，福建所遣偵探日本劉可賢受關白財物，又私帶夷僧入境。按臣周維翰以可賢既邀重貨，必有輕納；日本既捐大利，必有厚望。恐因而啟釁，因請申飭沿海一帶練兵厲械以防未然。兵都覆奏，詔今后沿海地方只宜修整防御，毋得擅遣偵探以生事端。
（萬歷二十五年七月）乙巳，福建巡按金學曾條上防海四事。一、守要害；謂『倭自浙犯閩，必自陳錢，南麂分〈舟宗〉。臺、礵二山乃門戶重地，已令北路參將統舟師守之。惟彭湖去泉州程僅一日，綿亙延袤，恐為倭據；議以南路游擊汛期往守』。一、議節制；謂『福建總兵原駐鎮東，但倭奴之來皆乘東北風，福寧、福州乃其先犯，鎮東反居下游；欲將總兵于有警時移札定海，以便水陸堵截』。一、設應援；『造大小戰舡四十只、募兵三千名，遇急分投應援』。一、明賞罰。部覆，允行。
（十一月）庚戌，福建漳、泉濱海，人藉販洋為生。前撫涂澤民議開番舡，許其告給文引于東、西諸番貿易，惟日本不許私赴。其商販規則，勘報保結，則由里鄰；置引印簿，則由道、府；督察私通，則責之海防；抽稅盤驗，則屬之委官。至是，法久漸敝；撫、按金學曾等條議：一、定舡式。一、禁私越。一、議委官：歲委府佐一員駐札海澄專管榷稅，海防同知不必兼攝。一、議自變量：東西洋引及雞籠、淡水、占城、高址州等處共引一百十七張，請再增二十張發該道收貯；引內國道東西聽各商填注，毋容猾骨高下其手。一、禁需求。部覆，允行。
（萬歷二十六年十一月癸巳），福建巡撫金學曾奏報：『關酋平秀吉死，內難將作；且與小西、行長平素不睦，必自相圖。倘水陸交攻，殲此鯨鯢，或其時也。乞敕朝鮮經、督諸臣再加偵實，相機進剿以彰天討，毋為清正狡謀所疑』。章下兵部。
（萬歷二十七年二月戊辰），設市舶于福建，遣內監高寀帶管礦務。
（萬歷二十八年六月戊戌，兵部）（又）題：『浙江巡撫劉元霖報稱哨獲烏尾異船一只官役華夷一千人，審得千總毛國科蒙游擊茅國器差往倭營用間，今有執政家康令倭酋覓船送歸及先年被虜人口，并將賊首季州等十一人綁送與科帶回正罪。合行福建巡撫查審歸結；其被虜民兵，各取原籍親鄰里甲保結收管』。從之。
（九月庚戌），兵部覆經撫朝鮮邢玠、萬世德「倭奴解送華人疏」言：『用間之法，兵家不廢；下海之禁，令甲甚嚴。毛國科自稱宣諭，初無文憑；既解至閩，應聽審明真偽，酌議功罪。仍如經臣言，備訊海水情形，明白具奏。奸商高光國等航海牟利，宜從重究，以懲生事』。從之。
（十二月甲戌），兵部題：『會審閩撫所解毛國科吐稱：初入倭營，奉經理之檄文；今歸本土，齋倭將之書器。或者進兵時經理撫臣奉揚天討，先禮后兵，振軍聲以褫倭魄不可知。然所持檄文止一抄白，既無印信可憑，又無年月足據；其言曷敢輕信。惟是倭書之中誘以和平、要以通商，為謀甚狡；除書器進納外，國科宜仍送經、撫兩臣備查真偽，具奏定奪。其沿海省直，移文督、撫嚴禁奸商闌出，以防窺伺勾引。并咨朝鮮國王堤備釜山一帶，母令狡奴復覘，隳天朝恢復之功、貽彼國淪覆之患』。允之。
（萬歷二十九年七月庚戌），以勘明閩海擒倭功次，命巡撫金學曾及時起用、張鼎思等賞銀有差。
（十一月己酉），命兵科給事中洪瞻祖、行人王士楨冊封琉球國王。先是，琉球國王尚永薨，世子尚寧奏請襲爵；乃援據「會典」，請以文臣冊封，上既許之矣。浙江巡撫劉元霖報獲夷船，稱系琉球差探封貢聲信者，其中雜真倭數人，衣笠、刀仗皆系倭物；會同館譯問長史蔡奎，奎不能辨也。禮部言：『海上聲息，未知有無。冊使之遣，關國體甚重；行止遲速，一惟圣裁』！上以既遣二臣、又以盤獲夷船聲息未定，待該國質審回奏、海上寧息，方命渡海行禮。
十二月甲子朔，朝鮮國王李昖奏：對馬島倭求款。先是，朝鮮人俞進得等自日本脫歸，言倭酋平秀吉將死，令其將家康領東北三十三州、輝元領西南三十三州，協輔其幼子秀賴。倭將景勝據關東以叛，家康悉兵往擊景勝；輝元與行長等諸將入大坂城，合力拒家康。家康攻破輝元，盡誅行長等諸將。倭國內亂，對馬島主平義智及其將平調信悉遣降人還朝鮮，遺書乞和，且陽言家康將運糧十八萬石為軍興費以脅朝鮮。朝鮮與對馬島一水相望，對馬島地并山岡不產五谷，資食米于朝鮮；兵興后絕開市，百計脅款。秀吉死，我師盡撤；朝鮮畏倭滋甚，其與倭通款久矣；又懼以通倭開罪為我也，使陪臣來請命。兵部言：『倭與朝鮮款事，未可懸斷。總督萬世德熟知倭情、職在經略，宜令酌議以聞』。從之。
（萬歷三十年三月癸酉），倭奴之兩遣橘智正脅款于朝鮮也，總督萬世德有「不過對馬一島尋盟請成，非關日本復仇雪恥」之議。兵科給事中孫善繼駁之，言『此實疇昔之故智，固不可以區區一島之倭而易視者。設中國以此緩朝鮮，朝鮮復以此自緩，恐互相推諉、坐失事機，其究必至于兩誤。宜責成該國自謀自強，勿得借口請裁，往返瀆奏！至今沿海地方——天津以至閩、廣綿亙萬有余里，彼何處不可犯，我何一之可恃？所應先事戒備以外警門庭、內護堂奧』。兵部復議：『在朝鮮，惟當計講款之可、不可，而不當計中國之許、不許；在中國，惟當問防海之備、不備，而不當問朝鮮之款、不款。請移文沿海各省直撫、鎮、司、道等官時時訓練兵船、修繕險隘、整頓器械、興復屯餉及鄰近防汛地，無事則會哨分防、有事則合〈舟宗〉協剿，仍仿各邊甄別之法，每遇兩汛完日聽撫、按分別舉刺，以憑黜陟；及行經略衙門轉行朝鮮國王鼓舞將吏誓守封疆，毋得 自諉積衰，徒長戎心』。詔嘉納之。
（四月癸卯），倭國王清正將被虜人王寅興等八十七名，授以船只、資以米豆并倭書二封與通事王天佑送還中國。天佑，原莆田人；少而被虜，久住倭國，取妻生子女二人，原無歸國之意。來書復類華字跡，果否出自清正，皆不可曉。福建巡撫以其事聞，下兵部——復議：『閩海首當日本之沖，而奸宄時構內訌之釁；自朝鮮發難挫衄而歸，圖逞之志未嘗一日忘。今跡近恭順，而其情實難憑信；與其過而信之，寧過而防之。除通事王天佑行該省撫按徑自處分、王寅興等聽發原籍安插及將倭書送內閣兵科備照外，請移文福建巡撫衙門亟整搠舟師，保固內地；仍嚴督將士偵探，不容疏懈』。上然之。
（六月戊申），倭送回被虜盧朝宗等五十二名并縛南賊王仁等四名，福建撫、按以聞。下兵部——復議：『島夷送回被虜至再，今且解南賊四名，跡似恭順矣。但夷性最狡，往往以與為取；則今日之通款，安知非曩日之狡謀！委當加意堤備，以防叵測。除盧朝宗等發回原籍安插外，請將王仁等即行處決，仍申飭將吏訓練兵船，嚴防內地；密差的當員役，遠為偵探。諸凡海防、兵食等項，悉心計處，期保萬全，毋致誤事』。報可。
（七月）丙戌，左都御史溫純言：『年來部臣、言官以及撫、按力陳榷采之患。……魯登科、余元俊有「懸空張網進五十萬」之奏，閻應隆、張嶷有「航海貿易進金十萬、銀三十萬」之奏。此其言真如戲劇博笑，以皇上之天聰天明，亦信以為庶幾可望。……至于閻應隆、張嶷之奏，尤為悖謬不道。臣等聞海澄市舶抽稅，高寀巳每歲得銀三萬，決不遺余力而讓利。竊料機易山雖在海外，決無金銀成斛遍地，任人淘取之理！又料稅珰惡弁參隨諸奸之威能行于中國，決不能行于外夷。安所得金十萬、銀三十萬以報皇上，其意不過假借明旨大弛通番之厲禁。硝磺、生鐵、軍器、船只犯禁愈重、取利愈饒者，滿載揚帆，任其所往；從此漏泄軍機、勾引諸國，其患寧止嚇詐公私、騷擾海澄一邑巳哉！昔年倭變，正緣奸民下海私通、大姓設計勒價，以致倭奴怨僨，稱兵焚劫；今以皇上之命行之，禍當更速。及至兵連禍結，彼張嶷諸奸不過曾一本、林道干、徐明山、汪直之續耳；負島列寨，稱王犯順，近可以規重利，后不失為尉佗：于諸亡命之計得矣，如國勢何！伏望皇上留神深思，將……閻應隆、張嶷敕錦衣衛拏送臣等法司正罪，宗社幸甚』！不報。是時武弁及市井奸人莫不紛紛言利，……閻應隆奏：「福建海澄縣機易山上產金銀，備船往淘，每歲可獻金十萬兩、銀三十萬兩」……。科臣姚文蔚等、道臣金忠士、史學遷、湯兆京、溫如璋、朱吾弼等各隨事交章極言其釀禍害民；疏雖留中，然上未賞不容其切直也。
（九月）壬午，應天蘇松地方南匯獲夷男婦尼失由弗多等五十七名、浙江獲夷婦烏多十郎、烏石、賣多三口，同時以聞。
兵部覆：『海外情形，茫乎莫測。茍涉疑似，不厭致詳；蓋多命所關外夷觀望，誠當慎重也。南匯所獲各夷，譯審三變其說；
雖情偽不可盡知，而貌服、動履實類琉球。且身無寸刃，駢首就擒。浙省所獲夷婦、夷船同在一時，供吐相類。應俱填給勘合，應付口糧、腳力，差官押送福建巡撫衙門責令慣熟琉球音語通事詳加譯審：果系該國人民、別無他故，遇有便船，轉令順帶 回國交割。如其中有隱情或系奸細，應否作何區處？不妨詳譯，據實奏請定奪』。報可。
（萬歷三十一年十一月）甲子，福建礦稅務太監高寀以奉旨差官過海勘明機易不出金銀，因參奸民張嶷與百戶閻應隆妄奏。詔以張嶷虛誑，著內官高寀會同撫、按等官差官拏解來京，與同百戶閻應隆一并究問。
（萬歷三十二年五月壬申），兵部覆福建總兵朱文達等擒斬倭賊功次：沈奪倭船二十五只，擒斬一百三十二名顆，奪回男婦一百七十五名口、器仗一千二百九十三件。詔實授朱文達都督僉事，僉事王左晉、徐應奎等各升職一級，副總兵官施德政 、同知陶囗圣等各賞銀有差。
（十一月丁亥），兵部覆福建巡撫徐學聚等奏：『紅番闖入內洋，宜設法驅回，以清海徼；勾引奸民潘秀、張嶷等，均應究處』。上曰：『紅毛番無因忽來，狡偽叵測；著嚴行拒回。呂宋，也著嚴加曉諭：毋聽奸徒煽惑，擾害商民！潘秀等，依律究處』。
（甲辰），兵部題：『朝鮮國王將該國外洋二次所獲被擄人民及同船倭蠻男婦五十五名口解送中國，聽候處分。審得久石門等既稱貿易被獲，釜幕游魂，不足以膏斧锧。合無查照舊例，分解薊鎮、宣大、山西各軍門分發各將領收置效用。溫進等既稱華人，有言販賣下海遭劫、有言釣魚被擄；合解閩撫詳查明確，安插復業』。報可。
（十二月）戊午，刑部等衙門右侍郎董裕等題：『福建奸民張嶷陰懷竊叛之謀，陽獻采榷之策；黨結弁珰，釁挑蠻丑。閻應隆同肆欺罔，致呂宋酋長懷疑蓄憾，屠戮商民二萬余。是嶷以一己之狡圖，基八閩之顯禍；萬鬼之冤未雪，千里之首宜傳』。上曰：『張嶷等無端欺誑朝廷、生釁海外，以致二萬商民盡遭屠戮；損威遺禍，死有余辜。即行梟首，傳示該省。其呂宋番酋擅殺官民，還行與撫、按官議處，奏請定奪』。