康熙五年丙午（一六六六）春正月丁未（二十六日），福建總督李率泰卒；遺奏：『閩海余氛遠(yuǎn)竄臺灣，奉旨撤兵與民休息，洵為至計(jì)。惟是將眾兵繁，若撤之太驟，不無驚惶；太遲，又恐貽患。目下當(dāng)安反側(cè)之心，日久務(wù)防難制之勢。紅毛夾板船雖已回國，然而往來頻仍，異時(shí)恐生釁端。閩省兵馬、錢糧專望協(xié)餉，倘若外解不周，即有意外之虞。至數(shù)年以來，海禁甚嚴(yán)，遷移之民盡失故業(yè)；宜略寬界限，俾獲耕漁，稍蘇殘喘』。得旨：『李率泰原以才能，蒙世祖章皇帝特簡浙閩總督。自任總督以來，克副簡任之意，殫力報(bào)效；剿撫賊寇，多建功績。且忠清素著，正資調(diào)度料理。今以久任巖疆，積勞病殞；深可憫惻！應(yīng)得恤典，著察例具奏。余著該部議奏』。
己酉（二十八日），以張朝璘為福建總督（原任江西總督）。
二月庚午（十九日），以平廣東碣石衛(wèi)逆賊蘇利功，增給平南王尚可喜俸銀一千兩。
夏五月丙午（二十六日），命定南王孔有德婿孫延齡為廣西將軍。
秋七月壬辰（十三日），浙江總督趙廷臣奏：海逆鄭錦下偽都督李順率偽官、兵船投誠。命授都督同知銜。
九月辛卯（十四日），兵部議覆：『廣東鎮(zhèn)海將軍王國光奏：海賊駕舶七十余只突犯甲子所港口，總兵官許龍敗之。其水師提督常進(jìn)功等因修造船只，未及追擊，分別降罰』。得旨：『甲子所港口系極內(nèi)之地，七十余賊船直入，提督常進(jìn)功等假托修船，不親領(lǐng)官兵剿滅。爾部見議浙江提督總兵官見海內(nèi)賊船四只，不親領(lǐng)兵追趕，俱降二級；今以七十余只之賊船直入內(nèi)地，不行剿滅，止議提督罰俸一年、總兵降職一級。爾部所議輕重，任意顛倒徇情，殊為不合！其常進(jìn)功等議罪尚輕，著另議』。尋降常進(jìn)功二級，照舊管事；張國勛降二級調(diào)用。
康熙六年丁未（一六六七）春三月丙申（二十二日），以祖澤溥為福建總督（原任山東總督）。
夏四月丙午（初二日），戶部議覆：『海上投誠鄭世襲奏請給還伊父鄭芝龍?jiān)a(chǎn)，查此系已經(jīng)入官、估價(jià)變賣之產(chǎn)，不便準(zhǔn)給』。得旨：『此項(xiàng)田產(chǎn)，仍著給與鄭世襲』。
五月己酉（初六日），兵部遵旨議覆：『海澄公黃梧歸順之后，攻剿招撫，著有勞績。所得公爵，應(yīng)準(zhǔn)其襲替』。得旨：『海澄公黃梧投誠之后，攻取閩安鎮(zhèn)、克復(fù)廈門，招撫投誠兵丁，實(shí)心效力，屢著勞績。著授為一等公，準(zhǔn)襲十二次』。
辛酉（十八日），平西王吳三桂以目疾求解云、貴兩省事務(wù)。得旨：『王久鎮(zhèn)巖疆，總理兩省，勛勞茂著，倚毗方殷。覽奏知兩目昏瞀，精力日銷，皆因事繁過瘁，深軫朕懷！云、貴兩省事務(wù)應(yīng)作何管理？著該部議奏』。尋議：『吳三桂以目疾辭兩省事務(wù)，已奉諭旨；應(yīng)將該藩所管各項(xiàng)事務(wù)，照各省例責(zé)令該督、撫管理。其大小文官，亦照各省例由臣部題授』。從之。
秋九月丁卯（二十六日），云南貴州總督卞三元、提督張國柱、李本深合詞請平西王吳三桂仍總管滇、黔事務(wù)。得旨：『該藩以精力日為銷減奏請，故照所請?jiān)市?。今地方已平，若令王?fù)理事務(wù)，恐其過勞，以致精力大損。如邊疆地方遇有軍機(jī)，王自應(yīng)料理。該部知道』。
康熙七年戊申（一六六八）春二月辛未（初二日），廣東提督常進(jìn)功奏：『逆賊魏韜嘯聚朝陽海面，臣會(huì)同左翼總兵官于奮起搜剿；康熙六年十月，大敗賊眾，獲偽參謀吳俊、親信陳阿五等，賊渠棄舟潛逃』。下部知之。
夏四月辛卯（二十三日），海澄公黃梧奏：『海疆底定，非昔日強(qiáng)寇出沒可比。福建全省之兵并歸經(jīng)制，獨(dú)同安城守一營官兵尚屬臣標(biāo)。請將城守營副將一員、兵一千名悉歸經(jīng)制，聽總督、提督管轄』。從之。
六月丁亥（二十日），平南王尚可喜奏：請遣子之信入侍。允之。
康熙八年己酉（一六六九）春二月丙辰（二十三日），以劉兆麒為浙江福建總督（原任四川總督）。
十一月癸巳（初四日），兵部議奏：『福建水師提督施瑯自海上投誠，授為右都督。今已歸入鑲黃旗，應(yīng)照例改為精奇尼哈番。但施瑯投誠后勞績甚多，請加伯銜』。從之。
康熙九年庚戌（一六七○）春二月甲申（二十六日），敘克取銅山、金門功，授福建隨征總兵官一等精奇尼哈番王之鼎為三等伯。
夏四月乙巳（十九日），以劉斗為福建總督（由甘肅巡撫遷）。
冬十月丁亥（初三日），浙江福建總督劉兆麒奏：偽寧遠(yuǎn)將軍林伯馨、偽都督施轟率偽官百四十四員、兵千六百九十名、船三十只自臺灣赴浙江投誠。下部議敘。
庚熙十年辛亥（一六七一）春正月戊辰（十六日），靖南王耿繼茂奏：『臣父子、祖孫受國厚恩，忝列王爵；捐軀報(bào)效，乃臣職當(dāng)然。乃臣自去年八月至今，舊疾日??；閩省濱海重地，盜賊蠢動(dòng)不測，病軀豈能料理。臣長子耿精忠侍從多年，在臣軍前閱歷又經(jīng)四載，盡堪報(bào)效；伏祈恩賜管理軍務(wù)，俾祗奉簡書，以任國事』。得旨：『覽王奏積勞成疾，情詞懇切；準(zhǔn)伊子耿精忠暫管軍務(wù)，王仍加意調(diào)理痊愈，副朕倚任至意』。
夏六月丁未（二十八日），以故靖南王耿繼茂子和碩額附耿精忠襲爵。
秋八月乙酉朔，福建總督劉斗奏：『?？茏猿匪畮熤螅珯{出沒，侵犯靡常；甚至在各島嶼蓋造房舍。臣等密商機(jī)宜，配發(fā)水陸官兵陸續(xù)搜剿，今已搜剿六十余島，斬溺賊眾五千三百八十余人』。
冬十月乙未（十七日），靖南王耿精忠奏：臺灣偽總兵柯喬棟率偽官五百四十九員、船十一只投誠。下部議敘。
十一月壬戌（十五日），平南王尚可喜以疾奏請其子之信回粵暫管軍務(wù)。從之。
康熙十一年壬子（一七六二）冬十月壬子（十一日），以范承謨?yōu)楦＝偠剑ㄓ烧憬矒徇w）。
康熙十二年癸丑（一六七三）春三月壬午（十二日），平南王尚可喜奏：『臣年七十，精力已衰，愿歸老遼東；有舊賜地畝、房舍，乞仍賜給。臣量帶兩佐領(lǐng)甲兵并藩下閑丁、孤寡、老弱共四千三百九十四家，計(jì)男婦二萬四千三百七十五名口。其歸途夫役口糧，請敕部撥給』。得旨：『王自航海歸誠，效力累朝，鎮(zhèn)守粵東，宣勞歲久。覽奏年已七十，欲歸遼東，情詞懇切；具見恭謹(jǐn)，能知大體，朕心深為嘉悅！今廣東已經(jīng)底定，王下官兵家口作何遷移安插？議政王大臣等會(huì)同戶、兵二部確議具奏』。
辛卯（二十一日），吏部議覆：『平南王尚可喜奏：臣年老且病，請以王爵令臣子尚之信承襲。查藩王見存子無移襲之例，應(yīng)無庸議』。從之。
丁酉（二十七日），議政王大臣等議奏：『平南王尚可喜奏請復(fù)歸遼東，應(yīng)如所請。但該王之子尚之信仍帶領(lǐng)官兵往居粵東，則是父子分離，而藩下官兵父子兄弟宗族亦至分離。今粵省已經(jīng)底定，既議遷移，似應(yīng)將該藩家屬兵丁均行議遷。惟廣東左、右兩營綠旗官兵仍留該省作何歸并之處？交兵部另議』。從之。
夏四月甲辰（初五日），兵部奏：『平南王藩下向有綠旗左、右翼總兵官二員，游擊、守備、千總各八員，把總十六員，兵六千名，俱駐扎廣州府。今平南王尚可喜父子已令遷移，此緣旗官兵應(yīng)仍留廣州府，令廣東提督管轄；其官員升轉(zhuǎn)，亦照各省緣旗官員例』。從之。
秋七月庚午（初三日），平西王吳三桂奏：『臣駐鎮(zhèn)滇省，臣下官兵家口于康熙元年遷移、至康熙三年遷完。雖家口到滇九載，而臣身在巖疆已十六年。念臣世受天恩，捐糜難報(bào)；惟期盡瘁藩籬，安敢遽請息肩。今聞平南王尚可喜有陳情之疏已蒙恩覽，準(zhǔn)撤全藩；仰恃鴻慈，冒干天聽，請撤安插』。得旨：『王自歸誠以來，克殫忠蓋，戮力行間，功績懋著；鎮(zhèn)守巖疆，宣勞歲久。覽奏請撤安插，著議政王大臣等會(huì)同戶、兵二部確議具奏』。
丙子（初九日），靖南王耿精忠奏：『臣襲爵二載，心戀帝闕。只以海氛叵測，未敢遽議罷兵。近見平南王尚可喜乞歸一疏已奉俞旨，伏念臣部下官兵南征二十余年，仰懇皇仁，撤回安插』。得旨：『王祖父以來，世殫忠蓋，戮力行間，功績懋著；及王襲封鎮(zhèn)守，勞著巖疆。覽奏請撤安插，恭謹(jǐn)可嘉！今福建已經(jīng)底定，王下官兵家口作何搬移安插？著議政王大臣等會(huì)同戶、兵二部確議具奏』。
乙未（二十八日），議政王大臣等議奏：『福建今已底定，地方有防守官兵。靖南王既請自福建遷移，應(yīng)將王本身并標(biāo)下十五佐領(lǐng)官兵家口均行遷移』。從之。
八月癸卯（初六日），議政王大臣等議奏：『平西王吳三桂具題請撤安插，應(yīng)將王本身并所屬官兵家口均行遷移在山海關(guān)外，酌量安插。云南地方有土司、苗蠻雜處，不得稍疏防御；今既將王遷移，應(yīng)暫遣滿洲官兵戍守。俟戍守官兵到日，該藩起程。滿洲官兵如何派撥及四營緣旗官兵作何歸并？該藩沿途須用錢糧人夫等項(xiàng)，俱聽該部詳議』。又一議：『吳三桂鎮(zhèn)守云南以來，地方平定，總無亂萌。今若將王遷移，不得不遣兵鎮(zhèn)守。兵丁往返與王之遷移，沿途地方民驛苦累；且戍守之兵系暫居住，騷擾地方亦未可定。應(yīng)仍令吳三桂鎮(zhèn)守云南』。得旨：『吳三桂請撤安插，所奏情詞懇切，著王率領(lǐng)所屬官兵家口俱行搬移前來。其滿洲官兵不必遣發(fā)；如有用滿兵之處，該藩于起行時(shí)另行奏請，然后遣發(fā)。俟官兵到后，王來亦不至遲誤。余依議』。
壬子（十五日），差侍郎折爾肯、學(xué)士傳達(dá)禮往云南，戶部尚書梁清標(biāo)往廣東，吏部右侍郎陳一炳往福建，經(jīng)理各藩撤兵起行事宜。
乙卯（十八日），命侍衛(wèi)傳諭福建總督范承謨：『爾向有賢聲，與他人不同。且福建邊疆重地，海氛未靖；爾其益加勉勵(lì)，副朕委任。于常例賞賜外，加賜衣帽及內(nèi)廄鞍馬一匹』。
壬戌（二十五日），議政王大臣等議奏：『投誠官兵慕化來歸，若移駐別省，則離故鄉(xiāng)；親戚未免苦累。以后將投誠官兵停其移駐』。從之。
冬十一月己巳（初四日），平西王吳三桂奏：『臣部下官兵家口，三十年來蒙恩豢養(yǎng)，生齒日眾；懇將賜撥安插地方較世祖章皇帝時(shí)所撥關(guān)外至錦州一帶區(qū)處更加增廓，庶臣部下官兵均沾浩蕩之恩矣』。得旨：『王所屬官兵家口遷移遠(yuǎn)來，自應(yīng)安插得所，俾有寧居，以副朕懷。此所請?jiān)鲑p地方，著速議具奏』。
十二月丙辰（二十一日），差往貴卅備辦吳三桂夫船芻糗事務(wù)兵部郎中黨務(wù)禮、戶部員外郎薩穆哈馳驛到京，奏稱：『云南貴州總督甘文焜向臣等言：吳三桂于十一月二十一日殺云南巡撫朱國治，以所部兵反。前差往搬移吳三桂家口侍郎折爾肯等被留，臣等星夜馳驛來京』。上召議政王大臣等面議曰：『今吳三桂已反，荊州乃咽喉要地，關(guān)系最重。著前鋒統(tǒng)領(lǐng)碩岱帶每佐領(lǐng)前鋒一名兼程前往保守荊州，以固軍民之心；并進(jìn)據(jù)常德，以遏賊勢。前往官兵若沿途住歇，秣馬必至遲誤；著派戶部賢能司官于每日宿處齊備草豆應(yīng)付。其陸續(xù)遣大兵征剿之處，著議政王大臣等速議具奏』。尋議奏：『派八旗、滿洲、蒙古每佐領(lǐng)前鋒各一員、護(hù)軍各七名、驍騎各十名，漢軍每佐領(lǐng)驍騎各五名，官員酌量兵數(shù)派出』。從之。
丁巳（二十二日），四川湖廣總督蔡毓榮奏：『吳三桂反，偽稱「天下都招討兵馬大元帥」，以明年甲寅為周王元年；貴州提督李本深叛應(yīng)之。......』。
停撤平南、靖南二藩，召梁清標(biāo)、陳一炳還。
以廣西境鄰貴州，授孫延齡為撫蠻將軍、以線國安為都統(tǒng)，令統(tǒng)兵固守。
己未（二十四日），命順承郡王勒爾錦為寧南靖寇大將軍，總統(tǒng)諸將；貝勒察尼、都統(tǒng)覺羅朱滿、鄂內(nèi)、伯宜理布、覺羅巴爾布、護(hù)軍統(tǒng)領(lǐng)伊爾度齊、額司泰、前鋒統(tǒng)領(lǐng)碩岱，參贊軍務(wù)；都統(tǒng)范達(dá)禮、王國詔、副都統(tǒng)魯西巴圖魯、托岱、穆舒渾、希福、阿晉泰、肯齊、赫蘇虎、濟(jì)根特、祖澤純、宜思孝、柯彝、趙賴等同往。
壬戌（二十七日），命都統(tǒng)赫業(yè)為安西將軍，率兵同將軍瓦爾喀等由漢中入蜀；護(hù)軍統(tǒng)領(lǐng)胡禮布為副將軍，偕署前鋒統(tǒng)領(lǐng)穆占、副都統(tǒng)顏布往。
康熙十三年甲寅（一六七四）春正月庚辰（十五日），湖廣總督蔡毓榮奏：『賊于十二月二十九日陷阮州，總兵官崔世祿被執(zhí)；澧、辰路?！?。上命大將軍順承郡王勒爾錦于所領(lǐng)兵內(nèi)每佐領(lǐng)先出驍騎二名，以都統(tǒng)一員領(lǐng)之；繼都統(tǒng)巴爾布之兵，速往荊州。并令都統(tǒng)巴爾布、護(hù)軍統(tǒng)領(lǐng)伊爾度濟(jì)、額司泰等于所領(lǐng)護(hù)軍內(nèi)簡選肥馬，以護(hù)軍統(tǒng)領(lǐng)一員領(lǐng)之；繼前鋒統(tǒng)領(lǐng)碩岱之兵；馳赴荊州。
己丑（二十四日），四川巡撫羅森、提督鄭蛟麟、總兵官譚弘、吳之茂等以四川叛，降賊；聲言將分路寇漢中，下夔州。命彝陵總兵官徐治都自常德仍回彝陵防守。
二月辛酉（二十七日），廣東廣西總督金光祖奏：『廣西將軍孫延齡反，殺都統(tǒng)王永年、副都統(tǒng)孟一茂等，執(zhí)廣西巡撫馬雄鎮(zhèn)』。
癸亥（二十九日），諭兵部：『江西一省，東接福建、南界廣東、西通湖廣，為三省要地；令前往兗州副都統(tǒng)根特巴圖魯、前往安慶副都統(tǒng)席布率兵速赴江西省城，原駐江寧副都統(tǒng)馬哈達(dá)將自京所帶甲兵移駐安慶。其察哈爾左、右兩翼官兵于兗州秣馬之后，左翼官兵赴江寧，聽將軍統(tǒng)轄；右翼官兵赴安慶，聽馬哈達(dá)統(tǒng)轄』。