朱文公祠：在府學左。本朝康熙五十一年建。

功臣生祠：在府治御碑亭后。本朝乾隆五十三年，平定逆匪林爽文后奉旨建，祀領兵大臣福康安、海蘭察、鄂輝、普爾普、舒亮及守土大員李侍堯、徐嗣曾等七人。御制功臣生祠志事詩一首繕寫清漢字勒石。

五忠祠：在臺灣縣安平鎮水師協署之左。本朝雍正五年建，祀水師副將許云、游擊游崇功、千總趙奇奉、林文煌、把總李茂吉。

八蠟祠：在鳳山縣興隆莊龜山之陰。本朝康熙四十五年建。

天后廟：在臺灣縣西定坊，本朝康熙二十三年建。一在縣西澎湖媽祖澳，本朝康熙二十二年，大兵克澎湖，靖海將軍施瑯入廟，見神像衣濕，知為神助，事聞，遣官致祭。一在鳳山縣興隆莊，本朝康熙二十二年奉旨建。又嘉義、彰化、淡水各廳縣皆有廟。

吳真人廟：在臺灣縣西定坊，祀宋封英惠侯吳本。又澎湖奎壁嶼及鳳山、嘉義二縣皆有廟。

田祖廟：在臺灣縣鎮北坊，本朝康熙五十五年建。又廣儲西里、保大東里亦有廟。

將軍廟：在臺灣縣澎湖將軍澳。澎湖舊祀其神，因以名澳。

元帥廟：在嘉義縣治東，祀唐張巡，本朝康熙二十八年建。一在鳳山縣觀音山。

忠烈廟：在嘉義縣西門內玉峰書院之左，本朝乾隆二十五年建，祀北路參將羅萬倉及妾蔣氏。

水仙宮：在臺灣縣西定港口。一在安干鎮渡口。一在澎湖。又嘉義縣笨港亦有宮。