剛被滅族的宇智波佐助，吞噬了一個穿越者靈魂，得到了每日進化的金手指（佐助自己不知道）。
但這個金手指出了故障，會吸收宿主的能量，每天吸收自身萬分之一的能量，次日增加萬分之一，第一萬天能量全部消耗穿越異界，穿越到其他世界。
這后，因金手指佐助每天都在快速發育，每天都會發現自己在快速發育，第三天開啟了雙勾玉寫輪眼，第二十一天開啟了三勾玉。
不到一年已經有了一米七的身高，寫輪眼進化三百多次，開啟了萬花筒，在一個神秘空間（大筒木的信息庫）中選擇最閃耀的那一個瞳術——高天原。
這是一個靈魂的世界，能完全復刻外界規則，佐助可以用瞳術調節里面的任何規則，另一個瞳術可以強制拉人的靈魂進來，但精神必須比他弱才行。
瞳力發生了質變，精神能力每日都在進步，他能感受到在木葉他已經沒有對手。
深夜，誘騙團藏進入根部，用瞳術拘謹所有人的靈魂，再單獨折磨每一個根部成員，得到滅族之夜的真相。
期間發現瞳術的不足，施法距離太短了，只有幾百米。
失去理智，強闖火影辦公室，被拘留，見到猿飛日斬，用瞳術拘謹木葉高層的靈魂，趁亂殺出木葉。
瞳力枯竭，瀕臨崩潰時，預估能量恢復瞳力，還讓瞳力不在枯竭，只要有查克拉，就能恢復瞳力。
于此，佐助也相信了穿越者的記憶，準備前往雨之國，找到宇智波鼬，讓他親身感受一下被萬花筒支配的恐懼。
路上想到漩渦香磷的感知能力，繞個小路，殺掉草忍村忍者，救出香磷，發現香磷現在才10歲，還沒有感知能力。
無奈，用不熟練的記憶探查秘術搜那些木葉上忍的記憶，找到了一些忍術，但那些上忍也死了，神魂寂滅的那種。
這讓他明白，必須學好一個這個忍術，不然太便宜他們了。
佐助離開了，但木葉中間力量也受損慘重，木葉F4全部死亡，留守暗部根部團滅，木葉死傷慘重，僥幸沒死的鹿久接過領導，尋找自來也和綱手。
命運的軌跡發生了偏轉，沙隱村和巖隱村發起了試探性騷擾，云隱村徹底開戰，在邊境屯兵，準備大局入侵。
鹿久一邊加派人手，一邊清理各忍村的間諜，還要安排族里撤離，等待第五代火影的誕生。
佐助沒想呢么多，帶著香磷進入雨之國，見到了已經等在路上的宇智波鼬。
宇智波鼬非常憤怒，佐助居然作出了那樣的事情，不可饒恕，必須活捉，跪在火影面前懺悔，得到原諒。
佐助看到了鼬心中的奴性，徹底死心，開啟萬花筒，把宇智波鼬的靈魂困在一個黑暗密閉的空間中，外面環繞著宇智波哀嚎聲，期間參雜著木葉高層對宇智波的看法。
外面的身體直接倒下，引誘帶土來撿尸，跟預想的一樣，宇智波帶土出現，佐助準備把他的靈魂也拉進去，但被什么東西阻止了一下（斑在帶土身上做的陰陽咒印），被他給跑了。
佐助有些可惜，毀掉宇智波鼬的身體，有些悵然、迷茫。
坐下了開始思考，發現他的仇人還是挺多的，宇智波帶土、黑絕、貴族、千手扉間、木葉、其他忍村……
還有穢土轉生，可以拉回宇智波的靈魂，可以結合自己的瞳術復活他人。
想到這里，佐助想到了大蛇丸，在他那里不經可以找到穢土轉生，還能學到生物知識，為復活宇智波做好準備。
期間發現，每日變強是因為凌晨左右身體內會消失百分之二左右的查克拉，佐助有些在意，但沒有收獲。
兩年過去，佐助十歲，已經進化了近千次，已經擁有碾壓五影的實力，但還沒抓到大蛇丸。
他游歷各國，殺了很多貴族、忍者，還得到了稱號紅眼殺神。
空閑，他折磨空間中的各種靈魂，開創了一個忍術，可以完全查探記憶的忍術，也不會讓宿主死亡，只是很痛而已。
因此，他現在已經五遁屬性忍術熟練，對各忍村的忍術都有了了解。
還活捉了過來邀請加入云隱村的四代雷影艾，得到了云隱村的所有忍術。
佐助發現他的留人能力太少了，萬花筒的能力也對這個層次的人起不了作用了。
因此，又去空虛的木葉，綱手繼任了火影，自來也輔佐，完全得到了木葉和大名的全力支持。
但對現在的佐助而已這些不夠看，讓宇智波鼬看著，殺了個對穿，得到了封印之書，飛雷神之術，封印術，期間自來也被通靈回來，得到兩個蛤蟆的靈魂，里面有著修煉仙術的方法。
找到漩渦納面堂中封印著九尾的面具，把波風水門的靈魂拉出來，殺死死神，把九尾封印在體內。
六道佩恩過來邀請，跟佐助打了個平手，無奈退走，如果沒有九尾，佐助輸定了。
忍界也很熱鬧，三個忍村圍攻木葉，讓木葉節節敗退，但也至到如此，沒有更進一步，大部分各村精英都在貴族那里當安保，防止佐助。
宇智波帶土沒有再次出現，佐助也沒找到他，有時會抓到一些白絕，可惜靈魂被做了手腳，抓到時就會崩潰。
佐助的賞金已經漲到了百億兩，可惜沒人能殺死他。
各國大名協商，組建忍者聯軍，準備討伐佐助，為首的是漩渦長門，還有帶土，加上五影。
佐助得到了雷影的消息，但沒當回事，但被伏擊，香磷瞬間被秒，佐助目眥欲裂，收好香磷的靈魂，開啟仙人模式，九尾模式，硬頂著地爆天星，殺了長門，綱手，自來也，大野木，照美冥，把艾打成重傷，搜他們的記憶，把所有大名全殺掉，誅九族，跟大名扯上關系的全殺了，忍界人口直接少了一成。
時間已經過了一年，佐助沒找到大蛇丸，自己開始學習基礎知識，進化開始作用在學習能力上，學的越來越快，讓云隱村統一忍界，讓他選找各種資源。
五年后，他從零開始開創了生物科技，復活了香磷，正準備復活宇智波時，被六道仙人附身的漩渦鳴人出現了，開始講那些愛啊，和平啊，佐助不想聽，直接把漩渦鳴人拉進了瞳術空間。
五年的進化，他已經開啟了輪回眼，還是血色的，在哪個神秘空間挑選，得到了對他最合適的瞳術——真理之眼，可以觀察宇宙中所有物質，以及所有能量形式，附帶真理空間，可以控制所有物質和能量，還能調動身體的百分百，進入“真理”模式。
六道仙人出陰招，在佐助弱小時讓因陀羅的靈魂附身在佐助靈魂，現在發動，讓佐助所受不急，可，佐助已經無敵了，發現的瞬間重組自身的靈魂和肉身，脫離了控制，吞噬了六道仙人，得到了六道仙人的凈土空間。
金手指修復，恢復了所有功能，離開火影世界還有十九年。
復活了所有宇智波，讓他們接管忍界，復活漩渦鳴人和那些無辜牽連的人。
在家里留一個“宇智波佐助和宇智波鼬”，開始清理一遍忍界，所有大筒木危險物品摧毀，打散龍脈，調理整個星球的氣候。
找到被背刺的宇智波帶土，循著物質軌跡，找到在地心附近沉睡的黑絕，再吞噬掉大筒木輝夜，制造一艘太空艦船，離開忍界。
在外飛行十年，進化出長距離空間跳躍能力，找到大筒木的殖民星球，得到大筒木族星的信息，直接過去屠殺大筒木，得到他們的所有知識。
在太空看宇宙風景，一遍吸收大筒木的遺產，一遍研究自身的進化……
九年后，佐助成為徹底究極體生物，可以在宇宙中任何物質和能量中自由轉化，已經可以不死不滅了，可系統太離譜，徹底吸干了他所依附的本宇宙最大黑洞，讓他的真靈穿越了。