前言程壁四處求援，終在昆山、嘉定兩地求得先遣兵，隨后又在世子朱由梓處得到水陸援兵五千名。
但就在程壁外出求援之際，常山知府宗灝得到了被囚禁江陰知縣方亨的求援信。
信中言：“江陰民因抗拒剃發(fā)令全縣暴動，囚下官于驛館，卑職急請上府遣大兵來鎮(zhèn)壓，調(diào)營兵多殺立威，以嚴(yán)新朝法度。”
宗灝得到消息后不敢怠慢，當(dāng)即叫來常州守備副將駱如正，命他急調(diào)守備營兵馬往江陰鎮(zhèn)壓民亂。
駱如正接到命令后稍作一番準(zhǔn)備后，次日一早便點齊守備營三百兵丁，自通吳門東出，行九十里抵達(dá)江陰縣。
然而主持縣事的典史陳明遇早有預(yù)料，每日派人在常州門外盯點。
一看到常州城內(nèi)有兵丁出來，立馬撒開腿往江陰跑去，直到傍晚才趕回江陰。
陳明遇得知消息泄露，當(dāng)即意識到城內(nèi)有奸細(xì)。
為了防止清兵抵達(dá)時奸細(xì)里應(yīng)外合，連夜召集士民在公堂集會，讓各家配合游巡守備顧元泌搜索細(xì)作。
經(jīng)過一整夜的搜捕，果然在黎明時分抓住了想要潛入城中的外鄉(xiāng)人時隆以及其同黨四人。
在監(jiān)獄獄卒的審問下，很快就盤問出有七十多名清人奸細(xì)埋伏在城里。
他們都是常州知府宗灝安插進(jìn)來，每人給了火藥四斤，銀四兩，開元錢一百二十文。
約定今日夜里舉火為號，城外清兵見火便會沖進(jìn)城內(nèi)殺人。
拿著招詞，顧元泌果斷在奄觀搜捕了六十多人，又問出了義軍中的內(nèi)應(yīng)，武弁王瓏，可惜被他跑了，只有他在售山的家室被憤怒的縣民焚毀，連帶著沒跑掉的父親妻子也被毆死。
肅清了敵人在城內(nèi)的奸細(xì)，陳明遇決定先發(fā)制人，提前召集縣兵、鄉(xiāng)兵千余人埋伏在來江陰的必經(jīng)之路秦望山。
等到駱如正領(lǐng)兵路過秦望山時，金鼓聲四起，來犯郡兵盡數(shù)被全殲山下，唯有領(lǐng)頭的駱如正仗著馬快單騎跑回了常州。
經(jīng)過這一次情報戰(zhàn)，陳明遇果斷下達(dá)了《搜奸令》，明發(fā)城中百姓但有擒獲奸細(xì)者，賞銀五十兩，但有舉報奸細(xì)者，賞銀二十兩。
重賞之下，江陰百姓發(fā)揮出人民的力量，不過兩三日，就有人在城外一處集市上發(fā)現(xiàn)一個穿著青色衣服的人，行跡十分詭異。
鄉(xiāng)民們果斷將其抓捕，一番搜索下在他身上搜出地圖一張，上面寫滿了清軍兵馬進(jìn)入江陰的路線，以及江陰自境內(nèi)各山中布置的瞭望臺和埋伏點，加之私信一封。
大家將其扭送至顧元泌處拷訊，揪出了投靠滿清的諸生沈曰敬、吏書吳大成、任粹然、無賴馬三等人，盡數(shù)被陳明遇處死。
而通過奸細(xì)的招詞，陳明遇也得知了宗灝又派出水路兵馬千人前來攻打江陰。
聽聞清兵來襲，縣城內(nèi)的義兵，鄉(xiāng)野外的鄉(xiāng)兵秉持著義勇匯集而來的有十余萬，都表示愿意為了保衛(wèi)江陰而戰(zhàn)。
陳明遇決定出城御敵，將所有人派出各個要點嚴(yán)查死守。
來犯清兵見江陰到處都是義兵，都觀望不前。
只有一支五百人的水師，他們許多人原來是江陰縣里的盜賊出身，后來被清廷詔安。
他們的船隊經(jīng)過葫橋時，被人發(fā)現(xiàn)，田夫們都在岸上罵他們。
水師里的士卒被激怒，想要上岸抓住這些田夫，但被田夫拔出青苗投擲到船上，青苗上自帶的淤泥滑不溜秋，使得船上的士卒站立不穩(wěn)，紛紛落水。
好不容易游上岸，被鄉(xiāng)民們團(tuán)團(tuán)圍住，士卒們丟掉兵器跪下來請求饒命，但憤怒的鄉(xiāng)民們不予理會，鋤頭、鐵鍬齊下將他們?nèi)看蛩溃w堆滿了整個河面。
如此一來，來犯的清兵更加不敢前進(jìn)，停在江陰與武進(jìn)縣交界處，不管宗灝如何催促，說什么都不敢再往前。
隨著江陰民變的消息傳到南京，多鐸果斷益兵兩萬往攻。
隨著時間不斷接近七月中旬，抵達(dá)江陰界外的清兵兵馬也逐漸增多，接近三千人。
陳明遇自知對于武事不甚熟練，故而拜縣內(nèi)武藝出眾的邵康公為將，讓他統(tǒng)領(lǐng)縣內(nèi)義兵抵御清兵，自己總覽后勤，帶著縣內(nèi)諸生、士紳們協(xié)助他防守。
及至清兵兵力抵達(dá)萬人，程壁求援的兵力顧炎武等人抵達(dá)江陰，帶來了程壁往杭州面見世子的消息。
聽說了昆山義軍的義舉，且為了堅定全縣人民的抵抗決心，徹底斷絕內(nèi)應(yīng)，陳明遇在當(dāng)晚領(lǐng)人將關(guān)押在縣監(jiān)獄中的清委知縣方亨、親北主簿莫士英斬殺。
隨著時間來到七月末，清兵兵力增至兩萬，領(lǐng)頭的清軍將領(lǐng)變成了原明朝降將劉良佐，之前俘虜弘光皇帝也是他的手筆。
由于江陰百姓眾志成城，全縣十余萬鄉(xiāng)兵、義兵充盈于野，有的鄉(xiāng)保距縣城五、六十里，鄉(xiāng)里的百姓每天都會背著武器和糧食進(jìn)城打仗，也沒有心思種地了。
但是若有誰不用命，立即就會遭到大家的批評，說他沒良心，要當(dāng)漢奸。
礙于清兵時不時就會遭到鄉(xiāng)兵的襲擊、埋伏，有時候是放炮，有時候是縱火，這使得清軍連日連夜無法好好休息。
劉良佐領(lǐng)兵攻打江陰西門，邵康公奮力領(lǐng)兵抵抗，加之清軍因為鄉(xiāng)兵每晚襲營，休息不好的他們最終以失敗告終。
派人外出搜捕吧，前一秒遇到的還是淳樸的百姓，后一秒拿起武器就變成義勇鄉(xiāng)兵了，加之鄉(xiāng)兵不斷劫掠清軍的糧道，讓清軍不堪其擾。
為了躲避鄉(xiāng)兵的襲擾，劉良佐將營地移動到南關(guān)，并不斷增修營壘，從東門到北門修了十六座圍城。
為了解決士氣和軍糧的問題，劉良佐又縱火焚燒東城，派兵搶掠城外的富戶，數(shù)萬鄉(xiāng)兵們聚集起來想要拼死一戰(zhàn)，但最終還是敗走了。
不過清軍損失了一員騎將，損兵百余名。
劉良佐又分兵攻打北門，鄉(xiāng)兵分三路防御，最終兩路被擊潰，只有數(shù)十人據(jù)橋力戰(zhàn)，清軍見不能奏效，于是收兵回營。
另一邊，由于劉良佐久攻江陰無功，多鐸調(diào)集進(jìn)攻蘇州失敗的恭順王孔有德、李率泰、土國寶三部合計四萬余人增援江陰，獨留下梅勒額真伊爾德領(lǐng)兩萬人駐守?zé)o錫，防備蘇州明軍。
得到孔有德三部的增援，整個江陰城被清軍六萬人團(tuán)團(tuán)圍住，水泄不通，這使得江陰的守城戰(zhàn)愈加艱難。
劉良佐命人作招降書一紙，從東城外射了進(jìn)來，想要勸降，被陳明遇言辭拒絕，言：“江陰素來禮儀之邦，向來以忠義著稱，若沒有大的變化，沒有什么不可以聽從的。”
“但只剃頭一令，大拂人心，所以鄉(xiāng)城老幼，誓死不能聽從，堅持不二。”
又談及清軍在蘇杭的失利，如果蘇杭都收服了，怎還會有江陰的事呢？
要不然的話，就算是有百萬大軍來攻城，江陰死守的決心也不會改變，絕不會茍且偷安。
總的來說，他們會以蘇杭為表率，讓他們攻下了蘇杭，再來與他說話。
孔有德、劉良佐等人無奈，只能讓人加急攻城。
而這封招降書對江陰也不是沒有威力。
陳明遇的得力助手顧元泌此后因為私通清軍，因為登城射箭軟弱無力被眾人察覺，一番搜索下來果然在他住處發(fā)現(xiàn)清軍文書一封。
陳明遇只得揮淚斬之。
隨后，武力擔(dān)當(dāng)邵康公又因為私放鄉(xiāng)民出城被民眾下獄。
整個江陰城防戰(zhàn)斗一下子全壓在了陳明遇一人身上擔(dān)著。
若不是陳明遇做事公道，凡是博戰(zhàn)到城下的人，必定會開城獎賞，以忠義的精神鼓勵，有功必賞。
再加上來援顧炎武，城內(nèi)孝廉夏維新，諸生章經(jīng)世、王華中書戚勛、貢生黃毓祺，癢生許用等二十多人的幫助，江陰早就不為江陰人所有了。
可如此大的壓力，讓陳明遇深感自己能力的不夠。
于是他再次想到了自己的前任，原江陰典史閻應(yīng)元。
早在江陰事變最初，陳明遇和縣里的民眾就想要請他出山，但顧元泌與其有舊怨，從中作梗。
如今顧元泌被誅殺，于是大家決心顧元泌。
當(dāng)夜陳明遇特地派了十六人，用繩子綁在身上從城門上吊了下來，趁著夜色出了城。
找到閻應(yīng)元說明來意，閻應(yīng)元也沒有拒絕，而是有言在先：“要我入城主持也行，但前提是你們要聽我的。”
眾人自然說道：“敢不惟命是從。”
最終閻應(yīng)元在同鄉(xiāng)鄉(xiāng)兵的護(hù)送下，進(jìn)入了江陰城，代替陳明遇成為了江陰主事。
剛進(jìn)城，閻應(yīng)元就把邵康公從獄里放了出來，讓他繼續(xù)負(fù)責(zé)防御。
又叫來原任兵使徐世蔭、曾化龍制造火藥和火攻用的器具，這些人也都是他在任時的監(jiān)造者。
然后又通知那些有錢的人出資助餉，無錢的人出人守城。
將所有的東西統(tǒng)一放到察院里，用這些物資犒賞有功的民眾。
隨之開始統(tǒng)計戶口，編戶造冊，從中選取有勇力人單獨編為一營，作為總預(yù)備隊，其余人編為民夫，協(xié)助運輸守城器械，搬運傷員。
就這樣，整個江陰縣肅然一整，衣甲、器械和旗幟準(zhǔn)備妥當(dāng)，整理出火藥三百甕，鉛彈子千石，大炮百座，鳥槍千張，錢千萬貫，絮帛千萬端，酒千壇，水果萬鐘，其余雜物不計可數(shù)。
以武舉人王公略守東門，汪把總某守南門，陳明遇守西門，自己守北門。
他與陳明遇分班次每日總督四門，日夜巡歷。
有了閻應(yīng)元的幫助，江陰城的守衛(wèi)更加嚴(yán)密，清軍連日攻城受阻，雙方陷入僵持。