大瘟疫對軍隊的影響也很大，疫病流行時正值帝國對波斯人作戰期間，大量士兵病倒、死亡使得軍隊作戰連連失利。后來波斯和其他的蠻族人也都受到瘟疫的襲擊，導致雙方不得不被迫停戰。瘟疫造成兵源大量短缺，繼而加快東羅馬帝國軍隊的蠻族化進程。查士丁尼發動的一系列對外戰爭本就消耗了大量的人力資源，這場瘟疫無疑更是雪上加霜。在查士丁尼大帝的統治后期，帝國之內幾乎找不到可以服兵役的人了。

這場瘟疫來得真不是時...