擁有醉人風光的同時，云仙岳在歷史上曾經多次噴發，造成了巨大災害。最大的一次是在1792年2月10日，云仙岳東北斜坡開始噴火。10天后，熔巖流涌出，沿著山波直瀉而下，把森林、道路和各種房屋建筑一掃而光。同時，出現了大塌方，山體落入海中，引發了海嘯。山崩和海嘯導致15000人死亡，這是日本史上造成傷亡人數最多的火山災難。這次噴發后，云仙岳平靜了整整200年，重新展露了草木蔥蘢的美景。

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