生理構造

最具代表性的魚類不僅擁有四足動物（如部分兩棲動物、爬行動物以及哺乳動物）所具備的器官，同時也擁有十分獨特的生理結構。例如，肌肉組織呈集束狀，以便于游動。魚類身體的大部分都由肌肉組織構成，因此其消化系統被壓縮到身體前部。軟骨魚身體的內部結構與硬骨魚類似，但還是有著某些重要的區別。

肌肉

肌肉組織能夠讓魚類自主地活動，可以粗略地將其分為橫紋肌或隨意肌，內臟肌或非隨意肌。

魚類的消化道、呼吸道、循環系統以及腺體導管都是由平滑肌構成的。橫紋肌的作用是負責魚類的移動。肌肉組織由平行排列的細胞構成，通常會分區域固定在骨骼以及皮膚組織上，且垂直于結締組織。肌肉細胞的長度是異質的，從頭頂（身體前端）延伸到尾部（身體末端）。細胞的直徑也不一致，相比之下，腹部的細胞更寬。肌肉組織的功能單元即肌肉細胞，含有胞漿（肌細胞胞漿）、細胞核、線粒體、細胞器和肌原纖維。肌原纖維含有收縮蛋白、肌動蛋白和肌球蛋白，負責肌肉的收縮。這些蛋白或纖維會以非常獨特的方式交替排列，在顯微鏡下肌肉組織呈橫紋狀。通過解剖可以觀察到，腹部的肌肉組織比其他部分的顏色更紅，這是由于其含有肌原纖維。紅色的肌肉富含肌紅蛋白，可以吸收氧氣，從而能夠使肌肉長時間不疲勞地工作。因此，那些需要進行長途遷徙的魚類（如金槍魚、鱈魚、旗魚）會擁有更大比例的紅色肌肉。透明的肌肉含肌紅蛋白較少，吸收氧氣能力差，容易感到疲勞，但是可以在短時間內提供強大的爆發力。然而，肌肉的缺氧會提高乳酸濃度。只有當乳酸含量減少后，這些白色肌肉才能夠進行新的活動。那些運動量較少的魚類，它們的肌肉基本都是透明的，紅色肌肉的比例幾乎可以忽略不計。

消化

魚類的消化道與其他物種一樣，是從口腔到咽、食道、小腸，并最終由肛門（某些軟骨魚和肺魚則是泄殖腔）連接到身體外部。魚類的咽部通過鰓腔室與外部連通，延伸至食道區域。食道具有很大的彈性，并且有分泌黏液的分泌腺，這有利于將食物運送到胃部。食道的橫紋肌不但延展性良好，而且在必要時還具有反芻功能。

在某些情況下，魚類胃腸的長度要大大超過身體長度。魚類胃部生長呈“U”形、“Y”形、“V”形等，而腸道則彎曲生長。一些魚類，如海馬和全頭魚沒有胃部結構，胃部的消化功能是由腸道代替完成的，因此它們的腸道會更長。腸道的長度還會受其他因素的影響，例如食物類型。肉食性魚類的腸道通常較短，同時其內部褶皺較多，用以增加吸收面積；草食性魚類的腸道則較長，且內部無阻礙食物運輸的褶皺結構。

某些魚類還擁有一個叫作幽門盲囊的麻袋狀器官，長在腸道前面，參與消化過程。這些魚類的腸道同樣較短。鯊魚、鰩魚和銀鮫在腸道最后一節長有一個閥線圈狀的結構，呈螺旋形，這樣的構造讓它們擁有了更大的吸收面積。口腔中還有一些涉及消化過程的構造。硬骨魚的舌頭非常不發達，但是對于盲鰻和七鰓鰻來說，舌頭的作用非常重要，可以用于存留食物以及捕獲食物。其牙齒（與盾鱗結構同源）通常堅硬且鋒利，作用是對食物進行初步的機械物理分解。但是魚類無法像哺乳動物那樣咀嚼，它們只能將食物切割成小塊，或者干脆整個吞下。