三號機事件的余波，如同投入平靜湖面的巨石，在NERV內部掀起了經久不息的漣漪。

戰后清理工作緊張而有序地進行著。

被力場尖刺貫穿得千瘡百孔的二號機，與那臺徹底沉寂的黑色三號機，一同被運回了格納庫深處。

跟著，一份來自醫療部門的緊急報告，讓指揮室里剛剛松弛下來的空氣再度凝固。

報告上的數據冰冷而刺眼：三號機內部的使徒反應，在機體停止活動后，徹底消失了。

但幾乎在同一時間...