迅雷高達被擊破后，薩拉隊不得已撤退，躲在暗處的紅凱看到他們已經離開了，時機已經成熟了，紅凱將迅雷高達的殘骸拿走了。

阿斯蘭說道：“原來紅凱將迅雷高達的殘骸全部拿走，一點都不剩啊”

基拉說道：“是啊，我沒有注意到。”

勝利歸來的基拉受到整備班的祝賀，但他本人卻因為殺人以及與阿斯蘭的關系而無法釋懷。

另一方面，薩拉隊的三人也因尼高爾的死而陷入痛苦之中，特別是阿斯蘭無法原諒尼高爾因自己的錯誤而戰死，決意殺掉基拉為尼高爾報仇。

薩拉隊再度對大天使號發動了攻擊。

強襲高達、空中霸王一號機與圣盾高達、決戰高達和暴風高達開始了慘烈的戰斗。

混戰中，大天使號遭受重創，多爾駕駛空中霸王二號機出擊。

被穆擊落的迪亞克向大天使號投降，趕去支援基拉的多爾被阿斯蘭擊墜，憤怒的基拉和阿斯蘭均發動了SEED模式。

一番死斗之后，阿斯蘭啟動了圣盾高達的自爆裝置并脫出，強襲高達和圣盾高達同歸于盡。

大天使號剛剛擺脫了薩拉隊的糾纏，卻又被奧斯曼隊追擊。

在戰力嚴重缺損的情況下，瑪琉不得已放棄了對強襲高達和空中霸王二號機的搜尋救援工作，下令撤退。

接受大天使號救援請求的奧布軍和紅凱在基拉與阿斯蘭激戰的地方。

紅凱救起了阿斯蘭，并移交給ZAFT軍，紅凱將圣盾高達的殘骸也拿走，一點都不剩了。

阿斯蘭說道:“原來紅凱將我的機體圣盾高達殘骸也拿走了。”

被瑪爾基奧導師救起的基拉在拉克絲家里蘇醒過來。

基拉說道：“拉克絲，那個時候謝謝你救了我了。”

拉克絲說道：“不客氣，基拉。”

大天使號終于到達了阿拉斯加，但卻被命令在艦內待機。

克魯澤告訴逐漸恢復的阿斯蘭，他因出色的表現而將被授予星云勛章。

塞一直安慰著因多爾在戰斗中失蹤痛苦的米麗亞莉雅。

大天使號的醫務室里，米麗亞莉雅對冷嘲熱諷的迪亞克舉起了刀，被剛剛進來的塞攔住；隨后而來的芙蕾對迪亞克開槍，卻因被米麗亞莉雅撲住而射偏。

米莉亞說道：“迪亞卡，那個時候，真的抱歉了。”

迪亞卡說道：“沒關系，米莉亞，我原諒你了。

大家都是伙伴，要道歉的人是我，我那個時候不應該刺激你的情緒和內心。”

以維利亞姆·薩扎蘭德上校為首，地球聯合軍軍令部開始對大天使號上的指揮人員進行審議。

另一方面，養傷中的基拉得到了拉克絲的精心照顧。

雖然肯定了大天使號的戰績，但薩扎蘭德上校認為瑪琉對此前一系列的事態應負相當的責任。

查問會結束后，薩扎蘭德還下達了穆、娜塔爾和芙蕾的轉屬命令。

為了接受星云勛章，阿斯蘭從地球乘坐穿梭機返回PLANT。

穆、娜塔爾和芙蕾三人告別了大天使號。隨后大天使號接到命令，由第八艦隊轉屬阿拉斯加守備軍第五護衛隊。

由帕特利克·薩拉親自發布命令，ZAFT軍發動了SpitBreak作戰。

然而其目標卻并非原先的巴拿馬，而是地球聯合軍總部所在的阿拉斯加。

除了紅凱和賽羅以外的新生代奧特戰士同時說道：“什么，目標不是巴拿馬，而是阿拉斯加。”

在聯合軍主力全往巴拿馬布防的情況下，作為守備隊的大天使號不得不出擊迎戰。

正在拉克絲家里休養的基拉得知了SpitBreak作戰發動的消息，為大天使號上的友人們擔心不已。

進入聯合軍總部的克魯澤遇到了尚未離開的芙蕾。

聽到克魯澤的聲音，芙蕾的眼前出現了父親的幻覺。

克魯澤將芙蕾擊昏并帶走。

拉克絲領著基拉來到自由高達的格納倉庫。

帶著拉克絲的期盼，基拉駕駛著自由高達離開了PLANT。

依靠著自由高達的強大力量，基拉輕易擊破了兩架攔截的MS，卻與剛從地球返回的阿斯蘭失之交臂。

“真·SpitBreak作戰”進行中。

雖然ZAFT軍取得了壓倒性的優勢，但由于聯合軍的頑強抵抗所造成的傷亡也不少。

克魯澤、穆和娜塔爾得知了聯合軍真正的作戰計劃，即以阿拉斯加基地為誘餌，把ZAFT軍吸引到這里，然后使用半徑為10千米的破壞武器——“獨眼巨人”予其毀滅性的打擊。

穆返回到大天使號上，并將聯合軍的真意告訴了瑪琉等人。

瑪琉決定撤出戰場。

然而，大天使號正被密密麻麻的ZAFT部隊重重包圍著。

千鈞一發之際，駕駛自由高達的基拉趕到，為大天使號解了圍。

基拉將通過瑪琉得知的聯合軍的作戰方案，于是通告了正在交戰的雙方，并勸雙方停止交戰，迅速撤離阿拉斯加基地。

“獨眼巨人”系統啟動，并造成了巨大的破壞。

奧特之父說道:“沒想到聯合軍居然這么狡猾，早就料到扎夫特就會去攻打阿拉斯加。”

“SpitBreak作戰”失敗的消息傳到了剛剛回到PLANT的阿斯蘭耳中，同時，他還得知了“在拉克絲的幫助下，新MS被奪取”的消息。

由于“SpitBreak作戰”的失敗及自由高達被奪取，PLANT陷入一片混亂之中。

PLANT最高評議會議長帕特利克·薩拉命令剛回到PLANT的阿斯蘭去搜索自由高達被盜的協力人——拉克絲。

另一方面，與大天使號合流的基拉與眾人商討今后的出路。

因為大天使號是未經許可私自撤離戰場，所以返回聯合軍的話肯定會以敵前逃亡罪被拘捕，還不如流亡到奧布。

阿斯蘭終于找到了拉克絲，然而對于拉克絲“戰斗的意義”的疑問，他卻無以為答。

被拉克絲告知基拉在地球上，阿斯蘭駕駛著正義高達開始出擊。

大天使號到達奧布，然而卻無法自由行動。

奧布原代表烏茲米·納拉·阿斯哈接到了地球聯合“若不協力則視為敵對行為”的威脅。

在地球聯合軍的另一處重要據點巴拿馬，于“SpitBreak作戰”中遭受嚴重失敗的ZAFT軍卷土重來，想要破壞巴拿馬的質量加速機。

聯合軍方面則投入了量產型MSGAT-01強襲短劍以對抗，但在ZAFT軍的超級武器“貢格尼爾”面前幾無抵抗之力。

武藏說道:“凱，扎夫特為什么開發這個貢格尼爾。”

紅凱說道“扎夫特為了報復聯合軍，才會開發可怕的武器。”

奧布將回收修復后的強襲高達轉交給了大天使號，換成可由自然人進行操作的操作系統之后，配給了穆駕駛。

巴拿馬之戰的結果是聯合軍高層萬萬沒有想到的，焦慮的他們派藍色波斯菊的總帥穆爾塔·阿茲拉艾爾率領太平洋艦隊前往討伐“非我即敵”的奧布。

隨同他們前往的除了量產型MS外，還有最新的三部GAT系列高達。

狩矢說道:“沒想到，聯合軍居然開發新的高達災厄高達和禁斷高達以及強奪高達”

聯合軍的太平洋艦隊兵臨城下，一直保持中立的奧布不得不準備開戰。

大天使號決定幫助奧布抵抗聯合軍的進攻，因此基拉駕駛的自由高達和穆駕駛的強襲高達與奧布的M1異端一起并肩作戰。

眾人陷入了與無視光束攻擊的禁斷高達、強力的接近戰型強奪高達以及高火力的災厄高達的苦戰之中。

而在這時，前來援助基拉等人的，是阿斯蘭駕駛的正義高達和被釋放的迪亞克駕駛的暴風高達。

在阿斯蘭及迪亞克的幫助下，基拉等人擊退了駕駛三部最新的GAT系列高達的克羅特、夏尼和奧爾加，聯合軍太平洋艦隊也因此被迫撤退。

原來克羅特等三人并非像基拉那樣天生具有MS機師的稟賦，而是要借助藥物人為地獲得操縱MS的能力，所以實際上也是一種“強化人”。

另一方面，基拉和阿斯蘭這對好朋友終于可以笑顏相對，站到一條戰線上來。

而此時的聯合軍太平洋艦隊重整了態勢，以駕駛高達的克羅特三人為核心，再度來襲。

喜比隊長說道：“凱，什么是強化人。”

紅凱說道：“強化人是聯合軍秘密制造出來的產物，在地球聯合與PLANT的戰爭中，即便地球聯合擁有人物和資源，在數量上壓倒性的優勢。

PLANT憑借調整者各方面優秀的能力可以與之分庭抗禮，為了能對抗調整者，地球聯合也是下足功夫嘗試各種辦法解決兵員素質差距的困擾。

尤其是駕駛員能力上的差異，自然人在駕駛技術上無法與調整者相比是地聯面臨的最大難題。”

阿斯蘭說道：“也就是說，他們根本不是人類，是戰斗而活下去的生物兵器。”

紅凱說道：“是的，阿斯蘭，強化士兵的構想早在與調整者關系開始惡化的C.E.60年左右就開始建立的。

藍宇宙組織/LOGOS的影響下，原合資創造PLANT的各理事國最早計劃制造出戰斗專用的調整者來對抗PLANT。

但是因戰斗中，調整者的逃走與叛亂相繼發生，加上藍宇宙憎惡調整者等等原因，使得戰斗調整者的計劃被中止，改成培養以自然人為主的生體CPU。

生體CPU計劃由藍宇宙和LOGOS出資開發，因為使用了非人道的殘酷方法，一旦被曝光必定會受到社會輿論強烈抵制，所以開發生體CPU的計劃對外是嚴格保密的。

生體CPU沒有人權，在地球聯合眼里他們只是戰斗工具，是戰爭消耗品，沒有任何自由選擇的余地。”

伽古拉說道：“照你這么說的話，在C.E.71年的戰爭中，地球聯合軍將生體CPU投入實戰，取得了巨大的戰果，但因生體CPU對藥物的依賴性很強。

而且容易暴走（易怒），停戰后，地球聯合軍仍在秘密進行強化人的研究，開發出擴展人，在之后的戰爭中繼續投入實戰。”

紅凱說道：“沒錯，伽古拉。”

中島說道：“生體CPU是通過非人道的外科手術、使用藥物、精神控制、戰斗訓練等強化措施，獲得了遠遠超過一般調整者水平的戰斗能力的自然人。”

良說道：“強化人的腦內實施了特殊的植入處理，受此影響，他們可以發揮超越人類理性控制的格斗能力，甚至可以排除一切對敵人的同情。”

紅凱說道：“兩位前輩說的話沒有錯，強化植入階級分Stage1~4級，等級4是最高強化程度，強化程度越高，在戰斗中越容易失控。

生體CPU的實驗素體基本上是低年齡的孩子，為此地球聯合與藍宇宙組織從各地四處搜掠來大量的孤兒。

強迫將他們送入研究所進行改造，讓這些孩子從小接受強化性的殺戮訓練，采用生死淘汰制的方法篩選其中優秀者，能活下來的屈指可數，大量被淘汰的失敗品，只會被廢棄處理掉，那些孩子都是一般在10多歲左右的。”

我夢說道:“凱，強化人一共有多少個。”

紅凱說道:“一共有六個。”

聯合軍太平洋艦隊再度對奧布發起攻擊，戰斗越發激烈，奧布本土岌岌可危，隨時都有可能陷落，奧布原代表烏茲米再三權衡后，決定放棄奧布本土。

奧布的殘存部隊集中在宇宙艦草剃號及大天使號上，預備由質量加速機上向宇宙發進。

在基拉和阿斯蘭兩人的聯手通力支援下，草剃號和大天使號成功地擺脫了太平洋艦隊的攻擊，自大氣圈脫出。

臨行前，卡嘉莉終于知道了自己和基拉的姐弟關系，目送草剃號和大天使號離開后，仍留在奧布的烏茲米按下按鈕，進行了壯烈的自爆。

脫離了大氣圈的草剃號和大天使號準備前往位于L4的廢棄了的殖民衛星群。