與此同時，內部矛盾這一最可怕的“敵人”也如暗潮涌動，再次洶涌襲來。這讓風雨中飄搖的元朝和忽必烈再次遭受這種內亂的考驗。

早在忽必烈與阿里不哥爭奪蒙古大汗汗位的過程中，帝國內部就出現了宗王勢力的分裂，本土的多數西道諸王紛紛選擇支持阿里不哥。

為了穩固自己的統治地位，并盡可能多的爭取到更多支持，忽必烈默許并賦予了幾位宗王對其封地的合法統治權。意思就是你們可以在自己的封地上稱王稱霸，但不能明著對外說，對外的口徑一致是都歸朕忽必烈管。

被賦權的宗王，包括了術赤兀魯思的后王別兒哥、察合臺兀魯思的后王阿魯忽和八剌，以及他的六弟旭烈兀（后來統治了被稱為伊利汗國的地區）。

忽必烈的想法很簡單，大家排排坐吃果果，好處均沾，利益共享。妄圖誘使這些宗王們能夠來支持自己的統治，但他還是嚴重低估了人性的丑惡，欲求不滿是人的天性，一時的利益難以讓人保持長期的效忠。這些宗王們表面上是唯他是從，但背地里早已商量好怎么瓜分忽必烈的地盤了。畢竟，在權利斗爭中，都只看重自己的利益和地位，不會輕易被人所左右。

忽必烈自然也明白這一道理，但是沒辦法，手心手背都是肉，一筆寫不出兩個王字，這些人不聽話要反抗，總不能全部干掉吧？！而且黃金部落的子子孫孫無窮匱也，怎么能殺得完呢？！只能在表面上裝作不知道，暗地里多安排點暗哨盯著那幾個蠢蠢欲動的宗王。

然而，并非所有宗王都順從于忽必烈的統治。特別是窩闊臺兀魯思的海都，自恃祖父合失曾有承襲汗位的資格，對忽必烈心懷怨念。早在阿里不哥叛亂之時，就與察合臺汗國等勢力勾結在了一起，聯合了術赤系的諸王，長期盤踞西北，時不時地如蚊子般侵擾元朝邊境。短期上看是為了給忽必烈“添堵”以及搶奪食物等必要的生活資源，長期上看則是妄圖顛覆忽必烈政權。

這一招不可謂不毒，蒼蠅不咬人但惡心人。說反抗吧，每次來也只是以騷擾為主，搶奪為輔，搶完就跑，絕不戀戰。說不反抗吧，邊疆時不時傳來戰報，擾得人心煩。

值得注意的是，原本被忽必烈提名的欽察汗國的忙哥帖木兒也是“墻頭草隨風倒”，看見眼前的局勢后也轉變立場，開始支持海都反對忽必烈。

在無奈之下，忽必烈決定給他們一點教訓，希望他們能夠安分守己，做好自己的王，守好自己的利。于是，他命令察合臺的八剌進攻海都。初期取得了一些勝利，但最終還是以失敗告終。

這些極限拉扯和沖突，讓海都的野心更加大了，沖突升級導致了政治事件的發生， 1269年的塔刺思會議上，術赤系、察合臺系和窩闊臺系的諸王決定聯合起來反對忽必烈。

而身在東北的乃顏，身為鐵木真幼弟帖木格的后裔，一直以來擁兵自重，心中不滿忽必烈在遼東設立東京行省，這一舉動極大地消減了自己的權力。于是，在1287年悍然起兵反叛，與海都遙相呼應，一南一北，形成夾擊之勢，妄圖對大元朝構成威脅。

這一事件給元廷帶來了不小的震動，因為可以視它為對年老忽必烈的試探，同時也提前暴露了元朝在邊疆地區統治脆弱性的問題。

但老虎老了，也是老老虎，并不會變成貓。年逾古稀的忽必烈面對內憂外患，想給鐵穆耳留一個風清氣正的好朝廷。不顧年邁體弱、痛風纏身，毅然決然地在1289年親率大軍北上，征討乃顏。

忽必烈作為一個軍旅出生的實戰派，本身就有著豐富的軍事素養，在帝位上又統治了這么多年，親自出征就已經顯示出了對這次叛亂和重視程度，同時也是一種震懾：他總是老了，并不是死了。

在遼河附近的會戰中，戰場上的忽必烈，如虎添翼、坐鎮中軍、指揮若定，連喘氣都勻了不少，將自己多年來已收入囊中的軍事經驗和技能充分地展現出來。當看見猶如小孩兒過家家般指揮的乃顏時，不禁暗笑：“就這么個水平，也敢跑來和朕玩兒。真是茅廁力點燈——純找死”。

就這樣，還沒過幾招癮，乃顏就兵敗被俘。忽必烈所統領的軍隊，尤其是其中的漢軍發揮了重要作用，他們死命力戰，幾乎以一“己”之力擊潰了叛軍，為平定叛亂立下了汗馬功勞。叛亂也隨之平息，東北局勢暫時穩定。忽必烈看著這一勝利，欣慰地笑了笑“自己的眼光果然沒錯”，漢人始終沒有辜負這位老帝王的心。

隨后，在玉昔帖木兒等人的指揮下，乃顏被擒殺，這標志著叛亂的直接參與者被清除。然而，乃顏的敗死，并沒有產生相應的震懾效果，東道的動蕩并沒有完全平息。就如蜻蜓點水般，大家該干啥還干啥，哈丹和其他東道叛王仍然不斷起兵作亂，他們甚至兩次進入高麗騷擾。

這些也表明了，元朝在忽必烈統治時期并沒有在遼東地區形成固的統治，只是草草地收尾，仍有很多不穩定因素存在。乃顏雖然死了，但余部仍然在興風作浪，對此，忽必烈采取了長期而堅決的軍事行動。因為“現在的家里真的時不富裕了，一下子拿不出那么多錢”。直到1292年才終于完全平息了這次叛亂，自此對遼東地區的統治由此獲得鞏固。

轉過頭來，為應對日益囂張、膨脹和強大的海都勢力，忽必烈潛心研究，因為乃顏和海都完全不同，一個是小孩過家家小打小鬧，一個卻是心頭大患。

1271年忽必烈命令北平王那木罕在阿力麻里建立幕府，將其作為遏制海都勢力的前沿陣地。阿力麻里的地理位置很特殊，位于中亞地區，是天山與伊犁河之間的戰略要地。作為絲綢之路上的關鍵樞紐節點，對于控制西部邊疆、抵御海都的進攻具有重要意義。

始終擔心此事，不放心的忽必烈，在1275年七月又派遣行中書省、樞密院事安童增援阿力麻里，協助那木罕鎮守邊疆。

然而，就是在這種嚴防死守之下，問題還是出現了，內部叛亂來了。1276年，那木罕所部的脫帖木兒（拖雷之孫）首先發難，他誘引昔里吉（蒙哥之子）、藥木忽兒（阿里不哥之子）等人發動兵變，企圖和海都形成結盟關系，以圖徹底顛覆元朝政權。

這些叛軍在回到拖雷系諸王份地所在的嶺北地區的途中，還與另一支叛王撒里蠻（蒙哥之孫）的部眾合并，反叛勢頭正盛時勢力進一步壯大。折讓這群人更加“如有天助”，相信這次一定能夠成功。