Mark.06抵達最終教條區前，指揮室。

美里已經去尋找明日香了，赤木律子注視著大屏幕，那里展現出地面上的監控。

由于使徒的攻擊，初號機，以及自戰隊的士兵，所有人都失去了行動能力，漆黑色的EVA，闖入了NERV本部。

赤木律子不清楚那臺EVA的駕駛員是誰，但是SEELE來到本部的目的只會有一個，一定是第二使徒莉莉絲的本體。

人類補完計劃條件之一是亞當與莉莉絲的融合，而且在S...