揚州城內的軍隊，原本只有何剛的忠貫營。劉肇基也才來揚州幾天，比高杰還要晚兩天。

他原本駐扎在宿遷、邳州一帶，多爾袞圍盱眙，他跑去支援。結果剛到盱眙，就聽到盱眙已破，他只能帶著手底下的人馬向南。斥候打探到多爾袞沒去南京，而是直奔揚州，他便抄近路率先趕到揚州協助守城。

劉肇基籍貫遼東，曾在盧象升和洪承疇手下效命過。崇禎十二年冬，時任薊遼總督的洪承疇任命劉肇基為署總兵官，分練寧遠諸營卒。

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