一直清理北近江田地和人口，而按兵不動的黑川慶德，甚至于二十六日已經帶軍回師，直到了美濃國境內，但是在永祿八年七月一日，突然回軍率軍渡過琵琶湖，立刻包圍了比叡山。

由于大屠殺和小谷城的陷落，再加上黑川慶德的回師，四千退走的僧眾信徒在這時走向了分裂，大部分信徒僧眾就地解散各回本地本寺，而另有幾百人駐到了越前國，而退回到比睿山的不過三百人。

就這樣，在不到一天的時間內，二萬余大軍重重包圍...